С учетом ситуации Тассило мог бы быть доволен таким решением. Но этого не случилось. Он поставил на карту свою власть по своей же собственной глупости. Подстрекаемый женой, дочерью Дезидерия, он не только позволил себе оскорбительные высказывания в адрес своего сюзерена, но и установил контакт с аварами (с которыми он прежде воевал), чтобы любой ценой освободиться от навязанных ему обязательств. Вместо освобождения он добился своей гибели.
Карл начал действовать еще до того, как Тассило смог реализовать свой план. В 788 г. на королевском совете в Ингельгейме он предал Тассило суду, на который герцог был доставлен уже как пленник. Обвиненный своими же собственными баварскими вельможами, он был осужден вместе с женой за нарушение клятвы, за подстрекательство к отколу от короля и за сговор с аварскими врагами королевства. Обвинения, конечно, соответствовали действительности, так как начавшиеся вскоре нападения аваров, явно были связаны с заговором Тассило. Судьями были саксонские, франкские и баварские феодалы; они приговорили его к смерти. Карл заменил казнь на пожизненное содержание в монастыре. Примечательно то, что приговор, как можно было ожидать, основывался не на свежих фактах нарушения клятвы и договора, а на давно минувшем поступке: на дезертирстве, которое совершил Тассило в 763 году в Аквитании. Смещение акцентов столь же удивительно, сколь и непонятно. Но так как речь шла об обычном судопроизводстве, можно предположить, что определяющим моментом для такой мотивировки был труднодоступный современному мышлению формализм средневекового процессуального права. Как бы то ни было, Тассило на законных основаниях потерял свое герцогство. С ним закончилась власть над Баварией его рода Агилофингов.
Для франкского королевства был достигнут важный результат: баварское герцогство Агилофингов было последним племенным герцогством во франкской сфере влияния. Таким образом, свержение Тассило привело не только к включению Баварии, но и к унификации структуры королевства.
В Баварии, как и повсюду, было введено деление на графства. Это требовало времени, поэтому для осуществления перехода к новой системе префектом Баварии с особыми полномочиями был назначен зять короля Герольд, который пользовался его большим доверием. Герольд исполнял эту должность, пока Карл не удостоверился, что графы правят в соответствии с его замыслом.
Кроме того, приспосабливая Баварию к франкским порядкам, Карл довел до конца организацию баварской церкви, осуществленную в общих чертах Бонифацием. По просьбе Карла папа в 798 г. сделал Зальцбург архиепископством и подчинил ему все остальные баварские епископства, так что зальцбургская епархия охватывала весь баварский племенной округ. Четкая церковная граница должна была стать опорой единства племени.
Наряду с внутренними задачами баварского племени, Карл взял в свои руки также и внешние: поощряемую еще Тассило миссионерскую деятельность на юго-востоке и оборону от аваров, которую герцог успешно осуществлял долгие годы, пока в слепой ненависти к Карлу не вступил с ними в союз. Когда эти азиатские кочевники, как до них гунны, а после них магийары, напали в 788 г. на Баварию и Северную Италию, Карл не ограничился тем, что отразил нашествие захватчиков. Он позаботился о том, чтобы их нападения не повторились.
После долгой тщательной подготовки, длившейся два года, в 791 г. он начал широкомасштабную ответную операцию. Карл повел свое войско по древнему пути нибелунгов вдоль Дуная, а его сын продвигался из Италии. Но когда войско в очередной раз остановилось на границе, чтобы постами и молитвами испросить у Бога удачу, они увидели перед собой огромную пустыню без единой дороги. После того как началась еще и эпидемия, унесшая много жизней, Карл, дойдя до реки Раб, вынужден был повернуть назад, вообще не встретив аваров. Поход закончился неудачей, но цель осталась; как всегда, неудавшееся начинание не заставило Карла свернуть с намеченного пути. Мудрый король только лучше приспособил свои действия к конкретным обстоятельствам. Сразу же после возвращения начались новые приготовления. Как показал поход, необходимо было застать аваров там, откуда они не могли бы ускользнуть, а именно: в центре их владений, в венгерской степи по ту сторону от Раба, где находились их большие «кольца». Как сообщает сен-галльский монах, основываясь на рассказе старого воина, это были похожие на вал земляные укрепления с четырьмя воротами; они имели внушительные размеры, а внутри находились многочисленные постройки. В самом большом «кольце» была резиденция кагана. Вот это «кольцо» и нужно было захватить в первую очередь. Так как Карл снова был на севере из-за вспыхнувшего восстания саксонцев Северной Эльбы, он поручил эту задачу своему зятю Герольду (который в этот момент находился в Баварии), сыну Пипину и маркграфу Фриольскому Эриху. Дело облегчалось тем, что аварские вожди из-за усиленного франкского давления потеряли уверенность и единодушие. В 785 г. увенчался успехом первый сильный удар: маркграф Эрих Фриольский захватил большое аварское «кольцо» и взял множество трофеев. На следующий год по приказу Карла король Пипин нанес новый удар аварам, разрушил «кольцо» и привез много золота и серебра. В Аахене с изумлением взирали на эти сокровища. Их было так много, что, как поясняет Эйнгард, «франки до сих пор казались бедными», а благодаря этим трофеям стали богатым народом. Карл щедро разделил большую часть добычи между своими сподвижниками, церквами и бедными. В монастыре Сен-Морис д’Агон хранится золотой кувшин, украшенный львами и грифами, который, по-видимому, был сделан из скипетра кагана: последнее воспоминание о том золотом великолепии.