Между тем Бибул после неожиданной переправы Цезаря блокировал Адриатическое море. Цезарь был полностью отрезан от войск, которые находились еще в Италии. Военные операции сначала проводились с целью захвата Диррахия (Дуррес), главной крепости и продовольственной базы албанского побережья. Но это были не бои, а соревнование на скорость между Цезарем и Помпеем, которое с небольшим опережением выиграл Помпей. Потом войска несколько недель стояли друг против друга у реки Апс. Помпей надеялся, что блокада и изоляция от Италии измотают Цезаря. Цезарь же ждал прибытия из Италии остального войска. Он терял терпение и даже однажды попытался переплыть Адриатику на небольшом суденышке, чтобы самому привести войска. Разразился шторм, и Цезарь прикрикнул на мертвого от страха перед бушующим морем шкипера: «Ты везешь Цезаря и его судьбу!» Однако вынужден был уступить силам природы. В конце концов ему удалось отослать письмо в Италию.
Наконец после трехмесячного ожидания пришел Антоний с остальными легионами. Правда, прежде чем они высадились, корабли отнесло далеко на север от стоянки Цезаря, но воссоединение состоялось. Теперь Цезарь имел в своем распоряжении более 34 000 пехотинцев и около 1400 всадников, однако его кавалерийский корпус уступал Помпею, у которого было 8000 всадников. После того как Цезарь отправил часть этих войск в Фессалию и Грецию, чтобы образовать прикрытие с востока и обеспечить себя провиантом, он предложил Помпею сражение, но безуспешно. Не удалась также попытка взять Диррахий или по крайней мере отрезать от него Помпея. Помпей поддерживал связи с городом со стороны моря и мог пользоваться гаванью. Вот тогда и произошла одна из самых выдающихся военных операций античной истории. Чтобы победить Помпея, избегавшего сражения, Цезарь окружил его на территории около 56 квадратных километров системой редутов, которая полукругом длиной свыше 25 км простиралась от моря до моря, и перекрыла все водоснабжение, чтобы одолеть его недостатком воды и фуража.
Об этом величайшем примере позиционной войны античности стоит почитать классическое произведение по военной истории, которое обязано своим возникновением удачному стечению обстоятельств. Оно написано австрийским офицером Генерального штаба Вейтом («Диррахийский поход»). Вейт основательнейшим образом проанализировал поход Цезаря, и во время первой мировой войны это помогло ему во время военных действий в этом районе. Сочетание глубокого знания истории и собственного практического военного опыта придает этому труду исключительную ценность. Параллели с методами позиционной войны первой мировой войны поразительны, вплоть до заменителя хлеба, который Цезарь выпекал для солдат из корней для преодоления продовольственных трудностей. Наступление, блокирование, контрудар определяли в редутах Цезаря, следы которых можно было обнаружить еще в двадцатых годах нашего столетия, исход битвы точно так же, как через две тысячи лет в окопах Франции.
Помпей попал в крайне затруднительное положение, но ему все-таки с помощью кораблей удалось осуществить обход и прорыв южной оконечности редутов в том месте, где они прилегали к морю, что закончилось катастрофическим поражением Цезаря (17 июля 48 г. до н. э.). Цезарь напрасно пытался остановить бегство своих солдат и потерял 1000 человек и 32 боевых знамени, сказав при этом, что в этот день противник выиграл бы войну, если бы у него был полководец, умеющий побеждать. Как и после Герговии, в результате этого поражения полководческий гений Цезаря засверкал еще ярче. Цезарь без дополнительных потерь оторвался от врага, как тогда, от отступления быстро перешел к атаке, выйдя из операционной базы на вражескую территорию: тогда навстречу Лабиену, теперь — своим войскам в Фессалию. Там спустя месяц в маневренном сражении он наголову разбил в два раза более сильного противника.
Это был день Фарсала (9 августа 48 г. до н. э.), одно из тех сражений, которые, как Марафон, Пуатье, Вальштатт, определили облик мира. Цезарь подтянул стоявшие в Северной Греции войска и пресек все попытки сопротивления греческих городов ужасной штрафной акцией в Гомфах, которые закрыли перед ним ворота. Помпей, преследующий Цезаря, хотел оттянуть решающее сражение и заставить время работать на себя. Но после победы у Диррахия самоуверенность его сторонников-оптиматов не знала пределов, и они требовали битвы. Цезарь уже был готов к уходу, когда Помпей предложил ему сражение. Цезарь выиграл его благодаря своему непревзойденному полководческому искусству. Он расставил против флангов Помпея подвижные резервы и ввел их в бой в нужный момент; Цезарь победил также благодаря беспримерной храбрости и смекалке своих солдат, самостоятельно делавших в решающие моменты то, что нужно. Помпей приказал не атаковать, а ждать нападения цезарианцев в надежде, что они из-за увеличения в два раза расстояния, которое должны были преодолеть форсированным маршем, вступят в бой изнуренными. Но пройдя половину пути, они сделали привал, отложили копья и таким образом избежали переутомления.