Цезарь справедливо подчеркнул, какое психологическое преимущество имел Помпей, заранее настроив свои войска на оборону. Но в своей речи перед сражением Цезарь призвал солдат в свидетели, что он никогда зря не проливал кровь и делал все для сохранения обеих армий для государства. И перед усыпанным трупами полем битвы — Цезарь оценивает число павших в 15 000, среди них 6000 римских граждан — он воскликнул: «Они этого хотели. После таких деяний я, Гай Цезарь, был бы обречен, если бы не имел поддержки своих солдат». Помпей своевременно удалился с поля битвы, на некоторое время задержался в своей палатке, а потом бежал. Путь бегства проходил через Геллеспонт в Малую Азию и Египет. Там он был убит при высадке по распоряжению Потина, царедворца и учителя царя Птолемея XIV.
Цезарь бросился за ним вслед. Он хотел поймать его, помириться и дать ему рядом с собой какую-нибудь почетную должность, хотя бы синекуру, чего Помпей всегда боялся. Во время преследования Цезарь привел в порядок провинцию Азия и собрал повышенные налоги. Там его нагнали два легиона. С ними Цезарь отправился с Родоса в Александрию, где узнал об убийстве Помпея: ему прислали голову Помпея и кольцо. Восемь лет назад он последний раз видел его живым, теперь он смотрел на застывшие черты своего зятя, многолетнего политического соратника, и мы можем полагать, что его слезы упали на кольцо Помпея. Кольцо как вещественное доказательство Цезарь отослал в Рим, голову же приказал похоронить и позаботился о безопасности друзей Помпея, которые остались в живых.
Из убийства Помпея Цезарь мог сделать вывод, что Египет тоже был на его стороне. Так как Цезарь нуждался в деньгах, он решил воспользоваться этой возможностью, чтобы взыскать старый долг египетского царя, покойного Птолемея Авлета. В сопровождении ликторов он сошел на набережную Александрии не как воин, а как консул, то есть гражданский магистрат, однако ликторы вызвали негодование легко возбудимой столичной черни. В царском дворце Цезарь столкнулся с внутренними распрями. Птолемей Авлет завещал совместное правление своим царством сыну Птолемею XIV и дочери Клеопатре, которая по египетскому обычаю стала женой своего брата. Но Потин, полностью подчинивший себе тринадцатилетнего Птолемея, изгнал Клеопатру.
В тот момент она стояла с небольшим войском на сирийской границе. Когда Цезарь был в Александрии, и Потин и Птолемей установили с ним контакты, она немедленно поспешила туда. Слуги тайно пронесли Клеопатру во дворец, завернув в ковер[8], и она предстала перед Цезарем. Он уже знал Клеопатру по письмам, которые она посылала ему по поводу своих претензий на наследование трона. Теперь молодая царица (ей был 21 год) появилась перед ним собственной персоной. Она не была красавицей, но являлась одной из остроумнейших, прелестнейших и обворожительнейших женщин на свете. Пятидесятидвухлетний Цезарь еще раз познал любовь.
Когда на следующее утро Птолемей увидел рядом с Цезарем ненавистную сестру, он устроил бурную сцену и позвал на помощь народ. Начались беспорядки, и чтобы успокоить толпу, Цезарь попытался в присутствии народа уладить спор о наследстве, огласил завещание отца, постановил, что Птолемей и Клеопатра должны царствовать вместе и посадил царями на Кипре молодых брата и сестру, Птолемея XV и Арсиною. Этой уступкой Цезарь хотел успокоить национальное движение александрийцев, так как Кипр десять лет назад принадлежал еще Египту. Однако Потин, не без оснований опасавшийся Клеопатры, не сдался и призвал в город египетскую армию под командованием Ахилла, который вместе с александрийской чернью окружил Цезаря в районе порта. Ввиду большого количества врагов помощь могла прийти только извне. Цезарь передал послание союзному царю Пергамона Митридату и приказал ему немедленно подойти с войском с суши и моря для снятия блокады.