Внутриполитическое положение тоже было очень тяжелым. Правда, Цезаря осенью 48 г. до н. э. снова назначили диктатором: его помощник (magister equitum) Антоний привел победителей Фарсала в Италию и принял на себя управление страной. Сенат постановил оказать Цезарю большие почести, до его возвращения отменили почти все выборы. Экономические трудности еще не были преодолены. В минувшем году не без труда предотвратили попытку трибуна Целия добиться полного освобождения от долгов. Теперь народный трибун Публий Долабелла (47 г. до н. э.) возобновил агитацию. Дело дошло до столкновения, росло недовольство даже в войсках Цезаря, стоящих в Кампании.
Другую огромную опасность представлял Фарнак, сын и наследник Понтийского царя Митридата. Он хотел воспользоваться трудностями Рима для восстановления отцовского царства и с этой целью перебрался из Лента в Крым, у Никополя в Армении разгромил легата Цезаря Кальвина, завоевал Понт и Вифинию, проник в провинцию Азия, однако вынужден был остановиться из-за известий о беспорядках на родине. Поскольку Цезарь все равно находился на Востоке, он решил навести там порядок. Точность и быстрота решения этой задачи доказывает, что время после победы в Египте не было только досугом, но производилось планирование и подготовка предстоящих мероприятий.
Цезарь через Сирию прошел в Малую Азию, повсюду урегулировал обстановку, вознаградив при этом своих сторонников, и общины, сделавшие ставку на Помпея, почувствовали свою ошибку. Но везде Цезарь проявил также и милосердие, которое он уже давно объявил своей программой. Сразу же после сражения у Фарсала он приказал, не читая, сжечь всю корреспонденцию Помпея и всем обратившимся к нему пообещал беспрепятственно вернуться на родину. Исключением были только уже однажды помилованные, которые снова переметнулись к врагу. Одним из первых, кто получил помилование, был будущий убийца Цезаря Брут. Цезарь сразу же включил его в свое самое близкое окружение. Во время путешествия Цезаря по Азии многие помпеянцы приняли его благородное предложение. Когда он после победы над Фарнаком вернулся в Италию, состоялась решающая встреча с Цицероном. Оратор шел на эту встречу со страхом, но Цезарь обошелся с ним исключительно любезно, и их свидание не было для Цицерона унизительным. Едва Цезарь заметил Цицерона, он вышел из повозки и прошел длинный участок пути навстречу своему знаменитому противнику, чей ум и способности он очень ценил (октябрь 47 г. до н. э.). Война с Фарнаком очень быстро закончилась. Фарнак у Зелы в Понте разбил укрепленный лагерь и надеялся добиться чего-нибудь с помощью переговоров. Но Цезарь использовал выигранное таким образом время для наступления и наголову разбил войско всего за четыре часа (2 августа 47 г. до н. э.). Фарнаку удалось скрыться, но на родине он попал в руки мятежников. «Пришел, увидел, победил!» (Veni, vidi, vici!) В этой лаконичной фразе Цезарь выразил то, что произошло. В начале октября он снова находился в Риме.
Ближайшей задачей являлась война в Африке. Но до этого нужно было навести порядок в Италии. В Риме из-за попыток Долабеллы погасить долги дело дошло до кровопролития, так что в конце концов Антоний при осадном положении вынужден был применить оружие. Сотни людей погибли в уличных боях, Цезарь, как и раньше, отказался от полного погашения долгов, заметив при этом, что он сам будет первым из тех, кто больше всего выиграет, так как снова получил большие кредиты.
Потом были выбраны магистраты на текущий и на 46 г. до н. э. Консульство в 46 г. до н. э. снова получил Цезарь вместе с Марком Лепидом, который еще в 49 г. до н. э. в качестве претора являлся представителем Цезаря в Риме. На тот момент очень опасной была деморализация состарившихся на службе легионеров, чья воинская дисциплина сильно упала из-за долгого отсутствия их полководца. Посланцев Цезаря забросали камнями и избили, два сенатора были убиты. Взбунтовавшееся войско двинулось на Рим. Цезарь опять усмирил мятежников личным вмешательством. Он появился среди войска и объявил об их демобилизации одним словом, обратившись к ним «граждане» (quintes), а не «боевые товарищи» (commilitones). Цезарь заявил, что исполнит данное солдатам обещание после похода, если одержит победу над другими солдатами. Тогда настроение резко изменилось, и солдаты, только что упорно добивавшиеся демобилизации и вознаграждения, слезно умоляли взять их в поход. В конце концов Цезарь дал себя уговорить.
Осенью он начал новый поход. В конце сентября (вернее, в начале октября) Цезарь с рекрутами, за которыми должны были следовать четыре старых легиона, переправился в Африку и высадился на юге провинции, соответствующей приблизительно современному Тунису. При высадке с корабля Цезарь споткнулся и упал. Но сохранив присутствие духа, он превратил плохое предзнаменование в хорошее, ухватившись за землю и воскликнув: «Я держу тебя, Африка!» Отсутствие остальных войск привело сначала к полной лишений позиционной войне. Цезарь опять начал пропаганду против вражеских войск, причем снова указал на национальные различия, назвал Сципиона прихвостнем Юбы и посчитал безумием, когда римляне предпочитают служить варвару, а не жить в мире с остальными римлянами.