В конце января 1906 года отец Варнава тяжело занемог. Еще в начале года он многим загадочно говорил: «Скоро поеду к Царице», однако, никто и не думал, к чему относились эти слова. Несмотря на высокую температуру и сильное недомогание, 31 января старец отправился в поездку в Иверско-Выксунский женский монастырь. Здесь, едва держась на ногах, преподал он благословение сестрам, всем до единой. На слова соболезнования батюшка отвечал: «Грехи мои разболелись ныне…» Затем отслужил Литургию и вновь собрался в дорогу: «Ну, уже теперь имейте меня отреченна! Я сегодня же уеду, а вас всех вручаю Царице Небесной. Мне необходимо съездить в Петербург проститься со всеми и поблагодарить этих добрых людей…»
В северной столице батюшка Варнава всегда был желанным гостем. В Петербурге старец провел два дня, встречаясь со своими любимыми «детками», благодаря их за любовь к нему и благодеяния обители Иверской, прося их не оставлять ее впредь своей помощью. В те дни Василий Николаевич и его супруга Ольга Ивановна в последний раз видели своего духовного отца.
Благословляя чету Муравьевых на будущие монашеские подвиги, отец Варнава подарил им свои рясу и скуфеечку. С великим благоговением берегли эти святыни преданные духовные чада преподобного старца в течение последующих затем десятилетий открытого богоборчества. В дни тяжелых искушений и особых скорбей они доставали одеяния своего великого наставника, прикладывались к ним, иногда надевали их и просили его заступления. Дар батюшки Варнавы по сей день хранится в семье Муравьевых.
9 февраля 1906 года старец вернулся в Москву. Он едва мог говорить и с трудом передвигался, но по-прежнему продолжал принимать людей, идущих к нему на исповедь и за духовным советом.
17 февраля он исповедовал в Сергиево-Посадском Доме призрения. Исповедовав начальницу Дома Е. Н. Гончарову, батюшка попросил пригласить следующую исповедницу, а сам зашел в алтарь. В поручах и епитрахили, с крестом в руке склонился до земли пред Престолом Божиим в алтаре и уже более не встал…
«Так умирает воин на поле брани с оружием в руках, – говорил об этом Владыка Трифон (Туркестанов), – Его давно предостерегали от переутомления и советовали отдохнуть, но он всегда отвечал: “Пока живешь, надо приносить пользу людям”».
Скорбная весть о кончине богомудрого старца быстро разнеслась по стране. Дрогнули любящие сердца. Осиротевшие чада поспешили ко гробу старца. В Сергиев Посад прибыло множество людей со всех концов России.
21 февраля после торжественного, архиерейским чином, служения Божественной Литургии было совершено отпевание. Три московских архиерея – преосвященные Трифон (Туркестанов), епископ Дмитровский, Евдоким (Мещерский), епископ Волоколамский и Никон (Рождественский), епископ Муромский в сослужении многочисленного духовенства и при огромном стечении народа проводили отца Варнаву в последний путь.
«Он жил во славу Божию», – такой надписью было украшено его надгробие в Иверской пещерной часовне, расположенной за алтарем пещерного храма во имя Архистратига Михаила. В этой часовне уединялся отец Варнава для чистой молитвы в годы своей земной жизни. Как он сам говорил: «Ухожу в затвор Иверский».
Тысячи людей испытали на себе силу молитвы батюшки Варнавы. В течение многих лет всероссийская православная паства свято хранит память о великом гефсиманском подвижнике. По его молитвенному предстательству множество дивных чудес явил милосердый Господь нашим современникам.
Уникальным духовно-литературным памятником являются письма, слова и поучения духоносного старца, изданные как при жизни, так и после блаженной его кончины. А таких книг только до 1917 года вышло около десяти. Святость преподобного старца Гефсиманского скита Свято-Троицкой Сергиевой Лавры иеромонаха Варнавы никогда не вызывала сомнения у верующего народа, в том числе и в годы его земной жизни.
19 июля 1995 года, в день Собора Радонежских святых, в Успенском соборе Свято-Троицкой Сергиевой Лавры Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II в сослужении многочисленного духовенства был совершен чин канонизации иеромонаха Варнавы (Меркулова).