Дальше было больше, и с помощью иностранного капитала к 1912 году во Владивостоке появился еще и современный судостроительный завод. Он располагал двумя открытыми 220-метровыми стапелями для больших кораблей, еще двумя 150-метровыми для крейсеров и эсминцев, котельной, механической и башенной мастерскими и мог производить по полному циклу все, вплоть до линкоров, исключая разве что броню и артиллерию для них.
Претерпела изменения и сама структура Морского министерства, не прошедшая испытание войной. Так, наконец-то в нем появился Морской генеральный штаб именно как инструмент для выработки стратегии и тактики применения военно-морских сил. Кроме того, вскрытые системные недостатки в подготовке флота потребовали принятия кадровых решений — и одним из таковых стала тихая, можно сказать, келейная отставка генерал-адмирала Алексея Александровича. Вместе с ней прекратил существование и сам этот пост — его заменила должность полноценного Морского министра, равного с прочими членами правительства. Первым Морским министром еще 29 июня 1905 года был назначен А. А. Бирилев.
При этом больше всего вопросов у новообразованного МГШ возникло с дальнейшим распределением сил на балтийском и тихоокеанском морских театрах. Ведь по окончании боевых действий русская эскадра на Дальнем Востоке по сути состояла почти исключительно из кораблей Балтийского флота, тогда как в «Маркизовой луже» оставались лишь разномастные «старожилы» с весьма условной боевой ценностью.
После всех размышлений и возвращения интернированных кораблей на Тихом океане были оставлены броненосцы «Цесаревич», «Князь Суворов», «Император Александр III», «Слава», «Бородино», «Ретвизан», «Ослябя», «Пересвет», «Победа», броненосные крейсера «Баян», «Громобой», «Россия», бронепалубные «Аскольд», «Диана», «Паллада», «Аврора», «Жемчуг», «Изумруд», безбронный крейсер «Алмаз» (переоборудованный в минный заградитель), минные транспорты «Алеут» и «Монгугай», 17 эсминцев, минный крейсер «Абрек» и 8 миноносцев. Помимо того, в качестве учебных артиллерийских кораблей оставались старые броненосные крейсера «Память Азова» и «Дмитрий Донской», а минные крейсера «Всадник» и «Гайдамак» передавались Корпусу пограничной стражи. После начала работы «Дальзавода» дошли руки и до «Владимира Мономаха», который был перестроен в минзаг и возвращен в состав действующего флота под названием «Обь».
Соответственно, на Балтику возвратились эскадренные броненосцы «Император Николай I», «Наварин», «Синоп», «Двенадцать Апостолов», бронепалубные крейсера «Богатырь» и «Олег» и эскадренные миноносцы «Властный» и «Грозовой», а также переименованный в «Адмирала Макарова» «Ики», на котором наконец-то привели в порядок ходовую часть и устроили временные ходовую рубку и носовой мостик взамен уничтоженных взрывом. Последний еще ждали ремонт и перевооружение на орудия отечественных типов (за исключением главного калибра), после которого он мог похвастаться четырьмя 254-мм, дюжиной новых 50-калиберных 203-мм и тем же количеством 110-мм 55-калиберных пушек. Причем для размещения последних были переделаны бывшие казематы двух центральных 190-миллиметровок, а также устроены два бронированных каземата в носу и корме на батарейной палубе.
И Балтийский, и Тихоокеанский флоты пополнялись также новыми кораблями. Так, первому предназначались четыре канлодки типа «Гиляк» и единичный «Хивинец», второму — десять речных канонерок типов «Бурят» и «Монгол» и восемь заложенных чуть позже бронированных мониторов типа «Шквал», образовавших костяк Амурской флотилии. На Дальний Восток пошли строившиеся в Германии десять миноносцев типа «Инженер-механик Зверев» и восемь новых минных крейсеров «добровольческого» типа (эти — вместо отмененного заказа на миноносцы типов «Деятельный» и «Твердый»). А на Балтику отправились восемь самых первых «добровольцев» и десяток эсминцев типа «Лейтенант Бураков», собранных на двух заводах во Франции.
Однако за редкими исключениями французская школа кораблестроения, на которую в большей мере до войны ориентировались русские, показала себя не с самой лучшей стороны. Поэтому два новых броненосных крейсера для Балтийского флота, получивших названия «Рюрик» и «Варяг», были заказаны в Англии у Виккерса. Корабли получились весьма удачными, сочетая в себе вполне приемлемую скорость (свыше 21 узла), мощное вооружение (четыре 254-мм и восемь 203-мм пушек с длиной ствола в 50 калибров в шести башнях, а также двадцать 110-мм 55-калиберных скорострелок в казематах) и развитую схему броневой защиты, включавшую и два полных пояса, и противоминную переборку.