Подобные родоплеменные связи были характерной особенностью всех среднеазиатских, кавказских, закавказских и автономных республик. К примеру, еще в Туркестанской губернии Российской империи существовали самаркандско-бухарский, ферганский, ташкентский и кашкадарьинский кланы. Самаркандско-бухарские клановые элиты, исторически происходящие из центров Бухарского эмирата — Самарканда и Бухары, сохранили свое влияние и при советской власти.
В 20–30-е годы наиболее влиятельным был бухарский клан, самым ярким представителем которого в 1925–1937 годы стал председатель Совнаркома республики Файзулла Ходжаев. Он родился в Бухаре в семье купца-миллионера, сделавшего состояние на экспорте каракуля, и в 11 лет вместе с отцом выехал в Россию и до 1911 года учился в Москве. В 1913 году он включился в движение либеральной и духовной интеллигенции бухарских джадидов (от араб. «джадид» — новый). С 1916 года при активной роли Р. Фитрата и Ф. Ходжаева объединение бухарских джадидов стало оформляться в политическое движение младобухарцев, примером для которых стали младотюрки, пропагандирующие идеи пантюркской общности.
Бухара стала самостоятельной республикой БНСР в 1920 году. Младобухарцы заняли в ней лидирующее положение, а 24-летний Ф. Ходжаев получил пост главы правительства — председателя Совета народных назиров. В августе 1921 года в Бухаре был учрежден тайный Национальный союз Туркестана. Его целью являлось создание самостоятельной Тюркской республики от Башкирии до границ Афганистана на основе единства языка, религии, традиций и обычаев.
В составе ЦИК Бухарской республики, избранном в августе 1922 года, оказалось 14 крупных и 25 средних торговцев, 9 баев, 8 аминов, 7 мулл, а председателем стал сторонник Ф. Ходжаева Муинджан Аминов. В марте 1923 года произошло «экономическое объединение» Туркестанской, Бухарской и Хорезмской республик. Однако после принятия в январе 1924 года первой Конституции СССР в продолжение сталинского плана строительства СССР 27 октября территория Бухарской ССР вошла в состав вновь образованных Узбекской, Туркменской и Таджикской республик. Как уже говорилось, с 1925 по 1937 год правительство Узбекистана возглавлял Ф. Ходжаев, принадлежавший к бухарскому клану. Но с перемещением в 1930 году столицы Узбекской ССР из Самарканда в Ташкент Сталин фактически «сменил» руководство республики уроженцами из Ферганы. И все-таки наиболее крупным и влиятельным в республике оказался ташкентский клан, к которому принадлежал первый секретарь ЦК КПУ в 1929–1937 годах Акмаль Икрамов.
Противостояние элит иллюстрирует телеграмма Икрамова, направленная в Москву летом 1937 года: «ЦК КП(б) Узбекистана просит санкции ЦК ВКП(б) на снятие Файзуллы Ходжаева с поста председателя Совнаркома за связь с националистическими контрреволюционными террористами. Файзулла Ходжаев систематически поддерживал связь с рядом крупных националистов… ныне арестованных: Аминов, Атаходжаев, Курбанов Н., Сатарходжаев, Ибад Ходжаев и др. На квартире его брата Ибад Ходжаева… было совещание национал-террористов… Все участники этого совещания арестованы и признали себя виновными».
И если в первой половине 1937 года Сталин тормозил процесс междоусобной борьбы, резко осаживая экстремистов, то после июльского пленума он уже не возражал против настоятельных требований с мест. Исходя из того, что в мае НКВД почти случайно удалось предотвратить государственный переворот, Политбюро решило полностью очистить политические «конюшни» опасного хлама. Просьбу Икрамова ЦК утвердил 24 июня. Вместо Ф. Ходжаева председателем Совнарком Узбекистана в 1937–1938 годах стал Султан Сегизбаев, как и Икрамов, принадлежавший к ташкентскому клану.
Позже, в заявке по «уголовно-кулацкой» операции, именно Икрамов наметил подвергнуть репрессиям в республике 5441 чел. Но уже на состоявшемся в сентябре пленуме ЦК КП(б) Узбекистана, прошедшем с участием приехавшего из Москвы Андреева, резкой критике был подвергнут и сам первый секретарь, а в марте 1938 года Икрамов и Ходжаев окажутся на одной скамье подсудимых в процессе по делу «Антисоветского правотроцкистского блока». В хрущевско-брежневской историографии Ф. Ходжаев с А. Икрамовым причислялись к «верным большевикам». Но в действительности лидеры национальных республик, состоявшие в правящей партии и попавшие в жернова чистки, были вылеплены совершенно из другого теста.
Если до революции в Казахстане не было социалистических партий, то еще в 1905 году возникла группа кадетов, выражавшая интересы баев, феодалов и зарождавшейся казахской буржуазии. На 1-м «всекиргизском» съезде, прошедшем в Оренбурге в июле 1917 года, она оформилась в организацию «Алаш», проповедовавшую идеи панисламизма и пантюркизма. И на 2-м «общекиргизском» съезде, состоявшемся в Оренбурге в декабре, была образована автономия казахских областей «Алаш-орда». Главой ее правительства избрали Алихана Букейханова, а центром автономии был определен Семипалатинск. Правительство «Алаш-орды» организовало свои отделения в Уральской, Тургайской, Семипалатинской областях, установив тесную связь с Кокандской автономией и с башкирскими националистами. Отряды алаш-ордынцев входили в состав белогвардейских войск Дутова, Колчака, Анненкова и др., но в марте 1920-го правительство «Алаш-орды» было ликвидировано.