Среди прочих националистических правительств, множившихся, как ядовитые грибы после дождя, в пределах Туркестанского генерал-губернаторства, с ноября 1917 года по февраль 1918-го на территории современных Узбекистана, Казахстана и Киргизстана возникло и так называемое правительство Туркестанской, или Кокандской, автономии, ставившее своей целью восстановление Кокандского ханства, отделение Туркестана от Советской России и объединение мусульман под эгидой Турции. В начале 1918 года это правительство было разогнано, а в конце следующего была разгромлена и «Алаш-орда», действовавшая против советской власти в Центральном Казахстане. Потерпела поражение и малая «Алаш-орда» в Западном Казахстане, но именно Кокандская автономия стала основоположницей басмаческого движения в Средней Азии.
Поэтому после установления в Казахстане и Средней Азии советской власти националисты изменили свою тактику. Многие из них «вступили в ВКП(б) и заняли руководящие посты». Среди тех, кто поменял цвет своего «флага», был С.Х. Ходжанов. Он вступил в партию в марте 1920-го и вскоре получил пост народного комиссара внутренних дел Туркестанской республики и заместителя председателя Туркестанского ЦИКа. С 1925 года он стал секретарем Казахского краевого комитета ВКП(б), а перед арестом в 1937 году занимал должность заместителя уполномоченного Комиссии советского контроля по Узбекской ССР.
Протокол допроса Ходжанова, проведенного помощником начальника 7-го отделения 4-го отдела ГУГБ старшим лейтенантом ГБ Гнединым и оперуполномоченным 7-го отделения ГУГБ младшим лейтенантом ГБ Нейманом, был представлен Сталину 31 июля 1937 года. На допросе Ходжанов признался, что еще в декабре 1919 года, на съезде Советов в Актюбинске, он встретился с руководителем «Алаш-орды» Байтурсуновым, который «сообщил, что для дальнейшей борьбы с советской властью» лидеры движения «считают необходимым войти в блок с пантюркистами». В 1920 году в Москве «состоялось подпольное совещание между Байтурсуновым, руководителем башкирских националистов Заки Валидовым и туркестанским пантюркистом Рыскуловым». На совещании было принято решение о совместной борьбе против советской власти на платформе пантюркизма всех буржуазно-националистических организаций Средней Азии, Казахстана и Башкирии.
Создание пантюркистской организации «Иттихад-Ва-Таракки» («Единение и прогресс») на территории Туркестанского края произошло еще в 1918 году, при участии турецких офицеров. В нее вошли видные националисты Туркестанского края и Бухары: Рыскулов, Файзулла Ходжаев, Рахимбаев, Ходжибаев, Каримов, Низаметин и другие. И когда позже эти люди вступили в ВКП(б) и заняли высокие посты в республиках, это не означало изменения их убеждений. Наоборот, избрав свой центральный комитет и имея филиалы во всех областях, руководители «Иттихад-Ва-Таракки» стремилась к объединению тюрко-татарских народов и установлению буржуазной республики, независимой от России. На допросе 31 июля 1937 года Ходжаев показал, что «после 1923 года алаш-ордынская организация наметила следующую программу действий:
1) проникать в советский аппарат, взяв его под влияние байско-националистических элементов. В особенности «наркоматы финансов, юстиции, земледелия, народного просвещения, милиции; 2) проникнуть в культурные учреждения и вербовать националистические кадры среди молодежи; 3) бороться за сохранение авторитета родоначальника в казахском ауле, дав возможность баям и полуфеодалам влиять на перевыборные кампании; 4) поднимать авторитет мусульманского духовенства и способствовать его религиозной деятельности; 5) способствовать проникновению в ВКП(б) и комсомол…». Осуществляя эту программу, руководители алаш-ордынской организации комплектовали своими людьми центральные учреждения. Политику, направленную на засорение советского аппарата баями и муллами, осуществляли в аулах и волостных учреждениях».