Ответной реакцией Аматуни и Мугдуси стал вызов представителей Эчмиадзина в суд для разбирательства по неуплате налогов. Между тем на прошедшем 26 мая — 4 июня X съезде КП(б)А делегаты подтвердили статус и первого секретаря ЦК А.С. Аматуни, и второго — С.Е. Акопова. А 11 июня начальник Управления НКВД ЗСФСР в Армении Х.Х. Мугдуси подал на имя Аматуни докладную записку: «Материалами следствия установлено: Тер-Габриелян С.М. в 1931 году совместно с Ерзынкяном, Есаяном, Тер-Симоняном и другими организовал антисоветский центр… Член контрреволюционного троцкистского террористического центра Армении — Бакунц, находившийся до ареста в близких отношениях с Тер-Габриеляном, характеризует его как армянского националиста».
Саак Тер-Габриелян, о котором шла речь в докладной, в 1928–1935 годах был председателем Совнаркома Армении. Описывая обстановку, в письме Сталину Аматуни сообщал: «Во главе молодой Компартии Армении почти за все годы Советской власти, сменяя друг друга, стояли выходцы из «спецификов» — Лукашин, А. Иоаннисян, А. Овсепян, Тер-Габриелян и Ханджян… Костанян (быв. секретарь ЦК Армении) никакой борьбы, по существу, с армянским национализмом не организовал… Дашнако-троцкистским агентам фашизма в Армении удалось навредить нам не только в деревне, в промышленности, но и в особенности им удалось навредить на фронте идеологическом… За время после разоблачения Ханджяна (10 месяцев) по Армении изобличено и арестовано 1365 человек (из них дашнако-троцкистов 900 человек)».
По просьбе Аматуни в июле в Москве были задержаны и доставлены в Ереван заместитель наркома легкой промышленности СССР Саак Тер-Габриелян — бывший председатель Совнаркома Армении и заместитель директора Института истории АН СССР Ашот Ованнисян, занимавший в 1922–1927 годах пост первого секретаря ЦК КП(б)А. А 30 июля оперативным приказом № 00447 в операции по репрессированию бывших кулаков и уголовников Ежов утвердил запрошенные республикой лимиты на осуждение 500 человек по первой категории и 1000 — по второй.
Тер-Габриеляна Мугдуси вызвал на допрос 21 августа. Считается, что поскольку в Ереване царил палящий зной, то когда следователь открыл в кабинете окно, в следующую минуту подследственный выбросился вниз головой с 3-го этажа. Смерть наступила мгновенно. В Москву о происшествии не сообщили. Однако Сталин узнал о случившемся, и на внеочередном пленуме ЦК Армении, открывшемся в Ереване 15 сентября, в президиуме появились «московские гости» — заведующий отделом руководящих партийных органов ЦК ВКП Георгий Маленков и член Политбюро Анастас Микоян. Кроме того, с группой офицеров НКВД в Ереван приехал начальник 4-го Секретно-политического отдела ГУГБ Михаил Иосифович Литвин. Работа пленума началась с того, что Маленков зачитал привезенное с собой письмо:
«Правительство СССР и ЦК ВКП(б) считают, что дела в Армении как хозяйственные, так и партийные и культурные идут из рук вон плохо. Сельское хозяйство развалено, строящиеся промышленные предприятия в застое. Деньги отпущены правительством согласно требованию ЦК КП(б) Армении, а куда идут деньги — трудно сказать…
Последние события, в связи с «самоубийством» Тер-Габриеляна, отражают как в фокусе весь тот максимум гнили и разложения, которые подводят итог состоянию партийных и советских организаций в Армении. Трудно представить, что Тер-Габриелян выбросился в окно, это совершенно несовместимо с его боязливой и расчетливой натурой. Скорее всего, его выбросили и заткнули ему глотку, чтобы он не мог разоблачить врагов Советской власти. Довольно странно, что руководство Армении не сочло нужным сообщить об этом СНК СССР или ЦК ВКП(б). Хотели, видимо, скрыть этот вопиющий факт и наивно предполагали, что удастся скрыть.
ЦК ВКП(б) и СНК СССР не могут допустить, чтобы враги армянского народа гуляли свободно в Армении, вредили народному хозяйству и разоряли крестьянство, рабочий класс. ЦК ВКП(б) и СНК СССР не могут допустить, чтобы покровители врагов армянского народа прятали от народа язвы руководства и для сокрытия этих язв выдавали убийство врага народа, взявшегося разоблачить оставшихся на свободе врагов народа, за «самоубийство». В качестве первой меры ЦК ВКП(б) и СНК СССР постановили арестовать Мугдуси и Гулояна (пред- совнаркома Арм. ССР), которые не могут не нести прямой ответственности за все вскрывшиеся безобразия. Ответственность падает само собой и на первого секретаря ЦК КП(б) Армении, в связи с чем и командируется представитель ЦК ВКП(б) тов. Маленков для расследования на месте».
Обсуждение состояния дел в республике продолжалось четыре дня. 18 сентября, по предложению Маленкова, избрав комиссию для подготовки проекта решения, пленум прервал работу. Узнав о прибытии высоких чинов НКВД из Москвы, арестованный Ашот Ованнисян попросил о конфиденциальной встрече и на ней сообщил Литвину, «у кого тот может получить интересующие его документы». 22-го числа, после возобновления заседаний, к находившимся в президиуме Маленкову и Микояну присоединился Берия.