Получив решение Политбюро, 25 июля Ежов разослал всем управлениям НКВД оперативный приказ № 00439. В нем говорилось: «Агентура из числа германских подданных, осуществляя уже сейчас вредительские и диверсионные акты, главное внимание уделяет организации диверсионных действий на период войны и в этих целях подготавливает кадры диверсантов. Для полного пресечения этой деятельности германской разведки приказываю:
1. В трехдневный срок… точно установить и мне донести списки германских подданных: а) работающихна всех военных заводах и на заводах, имеющих оборонные цеха, согласно прилагаемому списку заводов; б) отдельно список германских подданных, в разное время работавших и уволенных с этих предприятий и цехов, но оставшихся на территории СССР, вне зависимости от того, где они в настоящее время работают; в) отдельно список германских подданных, работающих на железнодорожном транспорте…
2. Начиная с 29 июля с. г. приступить к арестам всех установленных вами германских подданных… Всю операцию по арестам закончить в пятидневный срок.
3. Германских политических эмигрантов, работающих на военных заводах и заводах, имеющих оборонные цеха, арестовывать только в случае, если они сохранили германское подданство…
4. Следствие по делам арестованных вести особо тщательно. Добиваться исчерпывающего вскрытия не разоблаченной до сих пор агентуры германской разведки и окончательного разгрома диверсионной низовки, заложенной ею на промышленных предприятиях. Дела арестованных по окончании следствия направлять в НКВД СССР, для последующего рассмотрения их Военной коллегией или Особым совещанием НКВД.
5. Вновь выявляемых в процессе следствия германских агентов-шпионов, диверсантов и террористов, как из числа советских граждан, так и подданных других государств, немедленно арестовывать, независимо от места их работы».
Одновременно он предписывал «приступить к проведению тщательного учета всех германских подданных, работающих на всех других промышленных предприятиях, в сельском хозяйстве и советских учреждениях, а также бывших германских подданных, принявших советское гражданство и работавших ранее на военных заводах и оборонных цехах других промышленных предприятий. К 1 сентября (ДВК и ВСО к 15 сентября) с. г. представить мне на каждого из указанных лиц подробный меморандум с изложением в нем установочных данных и подробных компрометирующих материалов для решения вопроса об аресте».
Таким образом, в дополнение к готовившейся ранее операции по очистке крупных городов и приграничных областей страны от уголовных элементов и бежавших с мест поселения кулаков ставилась задача по выявлению лиц с немецким гражданством, работавших на оборонных предприятиях. Информация, поступавшая Сталину из разных источников, указывала, что мир стоит на грани начала «Большой войны». Об этом свидетельствовало все: и провокации японцев на советской и китайской границе, и заявление госсекретаря США о нейтралитете, распространенное именно в эти дни июля, когда Япония спешно сосредотачивала свои войска в Китае. И хотя теперь никто не мог предугадать, каким образом сложатся дальнейшие события, советское правительство не могло исключить возможности подобной агрессии на своих западных границах.
Ситуация в мире приобретала чрезвычайный предвоенный характер. Поэтому, руководствуясь принципом «хочешь мира — готовься к войне», Сталин осуществил комплекс мероприятий, имевших превентивный характер. И своевременность их подтвердилась уже на следующий день после рассылки приказа Ежова: 26 июля 40-тысячная японская армия перешла к боевым действиям к северу от реки Хуанхе.
«Немецкая операция» началась в ночь на 30 июля, а 6 августа Ежов доложил Сталину, что в целом по стране арестовано «340 граждан Германии. В результате следствия уже в настоящее время вскрыто 19 шпионско-диверсионных резидентур на ряде крупнейших промышленных предприятий… По полученным к 5 августа показаниям германских подданных арестовано 43 немецких агента из советских граждан и дополнительно арестовывается 52 человека». Однако проведенная акция оказалась локальной и не дала контрразведке значительного улова. Спустя месяц, информируя Сталина об итогах завершившейся операции, нарком НКВД писал: «С 30 июля по 28 августа всего по СССР арестовано 472 германских подданных. Москва и Московская область — 130, Ленинград и Ленинградская область — 79, Украинская ССР — 106, Азово-Черноморский край — 54, Свердловская область — 26, другие области и республики — 77».