Участие «бешеного Никиты» в организации репрессий продолжилось и позже, когда в декабре 1949 года он вновь занял пост первого секретаря Московского областного и городского комитетов партии, одновременно став секретарем ЦК по кадрам икуратором МГБ. Уже на следующий год он сумел протолкнуть на должность заведующего отделом партийных, профсоюзных и комсомольских органов ЦК украинца Семена Игнатьева, с которым Хрущев был знаком с 1935 года, когда тот начал работать в промышленном отделе ЦК. Их связь возобновилась в 1947 году, после назначения Игнатьева секретарем по сельскому хозяйству, а затем вторым секретарем ЦК КП Белоруссии.
Именно с помощью Игнатьева и следователя МГБ Рюмина в 1951 году Хрущев организовал дискредитацию и арест министра МГБ Абакумова. Результатом этой интриги стало то, что 9 августа, с подачи того же Хрущева, Игнатьев занял пост руководителя госбезопасности, а в декабре, после отстранения генерала Власика, стал еще и начальником Управления охраны МГБ. Уже на первом совещании в министерстве, ссылаясь «на указания ЦК», то есть фактически на Хрущева, он заявил, что «нужно снять белые перчатки и… прибегнуть к избиениям арестованных». Причем роль Хрущева как секретаря ЦК и куратора Министерства госбезопасности не ограничивалась расстановкой кадров. С 1950 года именно под его непосредственным контролем расследовались «Ленинградское дело», «дело Еврейского комитета», «дело врачей» и другие акции МГБ.
Однако в конце осени 1952 года, когда Маленков передал Сталину жалобу Абакумова на издевательства со стороны Рюмина, 14 ноября заместитель Игнатьева был смещен с поста. На следующий день Абакумова перевели из Лефортова в Бутырскую тюрьму, где он получил медицинскую помощь, а к концу февраля 1953 года стали сгущаться тучи уже над Игнатьевым и Хрущевым. Казалось, что их карьера должна была оборваться, но обстоятельства сложились странным образом.
В ночь на 28 февраля на даче в Кунцево прошло совещание Сталина с членами Президиума ЦК Маленковым, Хрущевым, Берия и Булганиным. На нем было принято решение о реорганизации Совета министров и объединении МГБ и МВД под руководством Берии. Обсуждение закончилось около четырех часов утра 1 марта, а дальше началось невероятное. Сталин не начал работу в обычное время, и только поздно вечером в 23 ч 30 мин охрана обнаружила его лежащим на полу в столовой.
Поразительно, но после обращения охраны к министру Игнатьеву и секретарю ЦК Хрущеву те не вызвали врачей, и потерявший сознание руководитель страны оставался без медицинской помощи в течение 30 часов, до утра 2 марта! Как рассказывал в интервью журналисту Караулову бывший вице-премьер правительства России и председатель комиссии по рассекречиванию архивов КГБ М. Полторанин, документы вскрытия, осуществленного Русаковым, свидетельствуют, что Сталин был отравлен цианидами.
По-видимому, Берия знал о преступлениях Игнатьева и Хрущева. И после смерти Сталина, оказавшись во главе объединенного Министерства МВД, он демонстративно заявил о прекращении «дела врачей» и создал следственные группы по пересмотру других дел, возбужденных его предшественником. По предложению Берии 3 апреля 1953 года Президиум ЦК принял постановление, в котором указывалось: «Предложить б(ывшему) министру государственной безопасности СССР т. Игнатьеву С.Д. представить в Президиум ЦК КПСС объяснение о допущенных Министерством государственной безопасности грубейших извращениях советских законов и фальсификации следственных материалов… Ввиду допущения т. Игнатьевым С.Д. серьезных ошибок в руководстве быв. Министерством государственной безопасности СССР признать невозможным оставление его на посту секретаря ЦК КПСС».[100]