6 апреля было объявлено, что Игнатьев «лично виновен в создании дела врачей», а 28 апреля бывшего министра исключили из членов ЦК. Уже 3 мая, по настоянию Берии, Президиум ЦК принял решение о пересмотре дела Кузнецова, Попкова, Вознесенского, главную роль в расследовании которого играли Хрущев и Маленков. Однако Берия не думал ограничиваться этим. 25 июня 1953 года он направил в Президиум ЦК записку «О ходе следствия по делу М.Д. Рюмина». В ней говорилось, что «непосредственным руководителем Рюмина был Игнатьев». И именно с его «ведома и одобрения Рюмин… ввел широкую практику применения мер физического воздействия к необоснованно арестованным гражданам и фальсификации на них следственных материалов».
После ознакомления с запиской Берии Хрущев запаниковал. Он не скрыл этого даже в своих «мемуарах»:
«Тут уж я Маленкову говорил:
— Неужели ты не видишь, куда дело клонится? Мы идем к катастрофе. Берия ножи подобрал.
Маленков мне тогда ответил:
— Ну, а что делать? Я вижу это, но что делать?
Я говорю:
— Надо сопротивляться… Ты же видишь, что вопросы, которые ставит Берия, часто имеют антипартийную направленность. Надо не принимать их, а возражать против этого».
Хрущев так объяснял свои дальнейшие действия: «Мы видели, что Берия форсирует события. Берия уже чувствовал себя над членами Президиума… Мы переживали очень опасный момент. Я считал, что нужно действовать. Я сказал Маленкову, что надо поговорить с членами Президиума. Видимо, на заседании этого не получится, а надо с глазу на глаз с каждым переговорить и узнать их мнение по коренному вопросу отношений в Президиуме и их отношение к Берии…».
Страх охватил Хрущева не случайно. В случае ареста Игнатьева в процессе следствия неизбежно должно было вскрыться его участие вместе с бывшим министром в убийстве Сталина. Берия думал, что он держит Хрущева за горло и сможет им манипулировать, однако он ошибся. Загоняемый в угол и почувствовавший холодок дула «расстрельного» пистолета, Хрущев не просто впал в панику, он пошел на отчаянный ход. Записка Берии «тов. Маленкову Г.М.» от 25 июня оказалась его последней. На срочно созванном Хрущевым заседании Президиума ЦК КПСС 26 июня Берия был арестован, а позже расстрелян.
Вместе с тем, чтобы заткнуть рот своему сообщнику Игнатьеву, уже 7 июля Хрущев восстановил его в качестве члена ЦК КПСС. Заметая следы своего участия в убийстве Сталина, Хрущев предпринял и другие шаги. Вскоре исчезло большинство врачей из двух комиссий, участвовавших во вскрытии тела Сталина. «Внезапно» умер патологоанатом профессор Русаков. Лечебно-санитарное управление Кремля, ответственное за лечение Сталина, было упразднено, а его начальник И.И. Куперин арестован. 1 января 1954 года сняли с должности министра здравоохранения СССР А.Ф. Третьякова, «стоявшего по чину во главе обеих комиссий». Его арестовали, а затем вместе с Купериным и еще с двумя врачами, членами комиссии, отправили в Воркуту, где он получил должность главврача лагерной больницы».
После расстрела Берии и уничтожения компрометирующих документов из его сейфа у Хрущева появилась уникальная возможность не только замести следы своего участия в убийстве вождя, но и переложить на чужие плечи вину за репрессии. Примечательно, что в принятом 3 мая 1954 года постановлении Президиума ЦК «О деле Кузнецова, Попкова, Вознесенского и других» говорилось, что судьбу участников «Ленинградского дела» решала комиссия ЦК, в состав которой входили Маленков, Хрущев и Шкирятов.
Но спустя два дня в выступлениях Хрущева и генпрокурора Руденко на закрытом заседании ленинградского партактива 6–7 мая было объявлено, что «Ленинградское дело» было «сфальсифицировано бывшим министром госбезопасности Абакумовым и его подручными по указанию врага народа Берии». На процессе, состоявшемся в декабре, бывший министр был назван «членом банды Берии», и в день завершения суда 19 декабря Абакумов, его заместители В.И. Комаров и М.Т. Лихачев, а также следователь по особо важным делам МГБ А.Г. Леонов были расстреляны.
Однако, убрав свидетелей, Хрущев понимал, что в одиночку так же просто уничтожить все документы своего участия в репрессиях он не сможет. Поэтому поднаторевший в интригах негодяй осуществил многоходовый отвлекающий маневр. Еще 4 мая 1954 года Президиум ЦК принял решение о пересмотре всех дел на лиц, осужденных за «контрреволюционные преступления» и находившихся в местах заключения. С этой целью были созданы комиссии. Центральную возглавил Генеральный прокурор Р.А. Руденко, местные — прокуроры республик, краев и областей.