Новым мотивом, который в послевоенный период начинает набирать силу и часто звучит в унисон с критикой «физического идеализма», является обвинение в «космополитизме», одним из истоков имевшем государственный антисемитизм (более подробно об этом — см. [11, 16, 17]). Удивительным образом в число «космополитов» в физике попали всё те же Иоффе, Фок, Френкель, Ландау, Хайкин, а также Леонтович, Гинзбург — об этом говорили на заседании Учёного совета физфака МГУ В. Н. Кессених (в это время декан), А. А. Соколов, В. К. Семенченко и др. 13 ноября 1947 г.
О назревшем противостоянии между группой преподавателей физфака и «академическими» физиками, по преимуществу учениками Л. И. Мандельштама писал в письме к Сталину физик член-корр. АН СССР С. Т. Конобеевский, пробывший в течение года деканом физфака и уступивший это место В. Н. Кессениху: «В 1944 г. умер выдающийся, талантливый учёный акад. Л. И. Мандельштам, создавший крупную школу и научное направление в области физики колебаний и радио. Школа Мандельштама и его ученики постепенно, один за другим стали отходить от Университета (далее автор письма рассказывает о том, что факультет пришлось покинуть таким замечательным физикам и преподавателям, как акад. Г. С. Ландсберг, член-корр. АН СССР И. Е. Тамм, акад. М. А. Леонтович, проф. С. Э. Хайкин и др.— В. В.)… Наряду с уходом с факультета многих выдающихся учёных укрепилось положение группы профессоров старшего поколения „профессиональных“ преподавателей и мало активных научных работников (далее Конобеевский рассказывает, как не увенчалась успехом попытка улучшить положение на факультете посредством назначения его самого на пост декана вместо А. С. Предводителева, поскольку он встретился с основательной, глубоко эшелонированной обороной физфака и его партийной организации, а также о том, как его не приняли в партию по совершенно абсурдным соображениям „космополитического“ сорта — В. В.)… Развивается и своеобразная „идеология“, распространяется теория особой, университетской науки, в противоположность нездоровой академической науке и т. д.» (цитир. по [3, с. 6—13]).
Письмо датировано 26 октября 1947 г. Вскоре С. Т. Конобеевский перешёл в один из ведущих закрытых институтов, связанный с реализацией атомного проекта, НИИ‑9 (впоследствии ВНИИ неорганических материалов), став «отцом отечественного радиационного материаловедения» [48, с. 412]. Там же в 1948 г. был принят в партию.
В это время (1947—1948 гг.) работы по реализации советской Ядерной программы выходят на промышленный уровень [48, 49]. В декабре 1946 г. в «Лаборатории № 2» под руководством Курчатова запущен первый в Европе реактор (физический реактор Ф‑1). Полным ходом идёт сооружение плутониевого и уранового газодиффузионного комбинатов. В июне 1948 г. выходит на проектную мощность промышленный реактор для наработки плутония‑239. В течение 1948 г. проходят испытания и приёмку газо-диффузионные каскады машин для основного завода (Д‑1) по разделению изотопов урана. В Арзамасе‑16 (КБ‑11) завершаются необходимые для создания атомной бомбы конструкторские разработки. Добавим, что в это время к работам по созданию ядерного оружия подключены ведущие советские физики, многие из них возглавляют эти работы: И. В. Курчатов, Н. Н. Семенов, И. К. Кикоин, Л. А. Арцимович, Г. Н. Флёров, А. И. Алиханов, Ю. Б. Харитон, Я. Б. Зельдович, Д. А. Франк-Каменецкий, А. П. Александров, Л. Д. Ландау, И. Я. Померанчук, И. М. Франк, И. И. Гуревич, А. И. Лейпунский и др. Несколько позже к ним присоединяются И. Е. Тамм, Н. Н. Боголюбов, В. Л. Гинзбург, А. Д. Сахаров, М. А. Леонтович и др.
Эти имена, за небольшими исключениями, не упоминаются в философско-физических дискуссиях этих лет. В число исключений входили Л. Д. Ландау, который всё-таки не относился к числу главных теоретиков атомного проекта и выполнял лишь некоторые (важные впрочем) задания, и сравнительно поздно (в 1948 г.) призванные к «атомному делу» фиановцы Тамм, Гинзбург и др.
Возможно, «мировые линии» «философии физики» и советского атомного проекта так и не пересеклись бы явным и существенным образом, если бы к концу 1948 — началу 1949 гг. общее положение в физической науке не стало достаточно острым, критическим. Обострение было вызвано нагнетанием «космополитической» шумихи и получившей широкий резонанс сессией ВАСХНИЛ в августе 1948 г., нанёсшей непоправимый урон советской биологии, прежде всего генетике. Это мероприятие было признано властями образцовым в борьбе с идеализмом и «космополитизмом». С конца 1948 г. в течение нескольких лет в стране прокатилась волна «философско-космополитических» совещаний, заседаний, стимулированная этой сессией. Победа «мичуринского направления» в результате её проведения подстёгивала противников «Компании» Иоффе, Вавилова, Фока, Тамма, Френкеля (затем в этот список попадают также Капица, уже умерший Мандельштам, Леонтович, Хайкин, Марков и др.) — как физиков, так и философов — устроить аналогичное «побоище» с «естественными» оргвыводами, способными нанести серьёзный ущерб и физике переднего края, и преподаванию современной физики в ВУЗах.