После этого и была 7 декабря 1953 г. учреждена специальная комиссия в составе: В. А. Малышев (председатель), С. В. Кафтанов, И. В. Курчатов, А. Н. Несмеянов, И. Г. Петровский, а также представители отдела науки и культуры ЦК КПСС А. Румянцев и Г. Алексеенко (ими подписано заключение комиссии). Несколько ключевых фраз из несколько более «мягкого» заключения: «Однако уровень учебной и научной работы (на факультете — В. В.) по основным физическим специальностям не соответствует современным требованиям… Крупнейшие советские физики, успешно разрабатывающие важнейшие проблемы в области современной физики, не принимают участия в работе физического факультета МГУ… Учёные факультета слабо привлечены к разработке важнейших проблем современной физики в специальных институтах АН СССР и Министерства среднего машиностроения СССР. На постановке научной и учебной работы на факультете отрицательно сказывается проявление групповщины… (Акулов, Королёв, Ноздрёв, Шушпанов), что мешает привлечению на факультет крупных учёных из Академии наук СССР… и т. д.» (цитир. по [10, с. 261—262]).
В постановляющей части заключения («представляется целесообразным») было два блока рекомендаций. Первый блок — относился к Министерству культуры и содержал важные предложения, касающиеся «укрепления руководства» физфака, радикального повышения качества профессорско-преподавательского корпуса (за счёт привлечения «крупных специалистов по новым областям физики»), улучшение преподавания философских дисциплин и т. п.
Второй блок мероприятий поручался трём заинтересованным «кураторам»: Минсредмашу, Академии наук и Министерству культуры. В нём рекомендовалось «шире использовать учёных физического факультета МГУ в исследованиях по важнейшим проблемам современной физики», устранить «имеющуюся в настоящее время разобщённость между учёными физиками Академии наук СССР и Московского университета», привлечь студентов, аспирантов и докторантов физфака к стажировкам и работе в академических и средмашевских институтах. Рекомендовалось также закрыть Лабораторию № 15.
По итогам работы комиссии Малышева было принято постановление ЦК КПСС от 5.Ⅷ.1954 «О мерах по улучшению подготовки кадров физиков в Московском государственном университете», которое во многом повторяло принципиальные положения заключения комиссии, но содержало и дополнительные конкретные предложения (например об освобождении от работы Акулова и Ноздрёва и предупреждении Соколова и Королёва о необходимости изменения их отношения к «привлечению на факультет крупных учёных из АН СССР». В постановлении говорилось также об освобождении от должности декана Соколова и назначение на эту должность «курчатовца» В. С. Фурсова (причём было оговорено, что Фурсову разрешается продолжить работу в Минсредмаше).
Внимания заслуживают дополнительные «Замечания» к проекту постановления, подписанные Курчатовым и Несмеяновым, в которых более чётко конкретизированы причины неблагополучного положения дел на физфаке.
В декабре 1954 г. новый декан, отчитываясь в выполнении Постановления ЦК КПСС, сообщал (под грифом «сов. секретно»), что к чтению лекций на факультете привлечены академики Тамм, Леонтович, Арцимович, Кикоин, Ландау и профессор Лукьянов, что лаборатория № 15 реорганизована и А. П. Знойко освобождён от работы и что к участию в тематике МСМ (Минсредмаша) привлечены Соколов и Иваненко.
На этом этапе «академические» учёные, и снова «с помощью ядерного оружия», несколько «приструнили» наиболее реакционное крыло университетских физиков, пытавшихся в конце 1940‑х — начале 1950‑х гг. использовать «философско-космополитическую» аргументацию в борьбе за контроль над физфаком МГУ и вообще за руководство физической наукой в СССР. Конечно, философские позиции участников конфликта в этом случае были как бы «за кадром», но «ядерный механизм» сработал примерно так же, как в 1949 и в 1952—1953 гг.
После Сталина: рецидивы противостояния в 1950‑е — 1960‑е гг.
Всё-таки, и после смерти Сталина и даже после ⅩⅩ съезда КПСС вроде бы сильно умощнившийся «ядерный щит» не был абсолютной гарантией «неприкосновенности» даже для таких ведущих фигур атомного проекта, как Я. Б. Зельдович, Л. А. Арцимович, М. А. Леонтович, А. И. Алиханов или ещё недавно причастных к нему выдающихся физиков И. Е. Тамма, Л. Д. Ландау и др. При этом, стоит заметить, что середина и вторая половина 1950‑х гг. были временем стремительного прогресса в делах атомного проекта (который уже давно перерос рамки «проекта», став могущественным ядерным «военно-промышленным комплексом»).