Однако Гитлер попытался все же расстроить Сталинские планы, начав войну первым. Огромные советские силы, предназначенные для «освобождения» соседей России, были совершенно бесполезны в оборонительной войне против Германии. Воздушно-десантные корпуса использовались как простая пехота против наступающих немецких танков. Много отрядов и групп воздушно-десантных сил и коммандос были вынуждены отступить или зарываться в землю, чтобы остановить наступающие немецкие войска. Эти воздушно-десантные отряды, тренированные для действий на территории иностранных государств, можно было использовать во вражеском тылу, но не на его территории, а больше на оккупированной немецкой армией советской территории.
Изменение всей философии Красной Армии, которая училась вести оборонительную войну не на чужой территории, было очень болезненным, но сравнительно коротким. Спустя шесть месяцев Красная Армия научилась обороняться, и на следующий год она начала наступательные операции. С этого момента все встало на место, и Красная Армия, созданная исключительно для наступательных действий, снова начала побеждать.
Процесс реорганизации вооруженных сил для действий на своей территории затронул все виды войск, включая специальные силы. В начале 1942 года в Красной Армии было организовано тринадцать батальонов Спецназа для действий в тылу противника (В советской армии звание «гвардейский» можно было получить только в бою, единственное исключение составляли соединения, которые получали это звание при формировании. К ним относились и подразделения Спецназа), кроме того, одна гвардейская инженерная бригада Спецназа, состоящая из пяти батальонов. Число батальонов прямо соответствовало количеству воюющих фронтов. Каждый фронт получил под свое командование один такой батальон. Гвардейская бригада Спецназа оставалась в распоряжении Верховного Главнокомандующего, для использования только по личному приказу Сталина в наиболее ответственных местах.
Для того, чтобы не показать настоящее имя Спецназа, отдельные гвардейские батальоны и бригада получили кодовое название «гвардейские минеры». Лишь ограниченный круг людей знал, что это название означает.
В Управлении разведки каждого фронта был создан специальный разведывательный отдел, чтобы направлять работу «гвардейских минеров». Каждый отдел имел в своем распоряжении батальон Спецназа. Позже специальные разведывательные отделы начали вербовать агентуру Спецназа на территориях, оккупированных противником. Эти агенты предназначались для оказания поддержки «минерам», когда те появлялись во вражеском тылу. Позднее каждый отдел специальной разведки был обеспечен разведывательный частью Спецназа для вербовки агентов.
Гвардейскую бригаду Спецназа возглавлял один из выдающихся советских практиков по борьбе в тылу противника полковник (позднее генерал-лейтенант) Моше Иоффе.
Количество Спецназа очень быстро росло. По неклассифицируемым советским данным мы можем говорить о 16–33 инженерных бригадах Спецназа. Кроме частей, действующих позади линии фронта, были сформированы для различных целей другие отряды Спецназа: например, радиобатальоны для нарушения вражеской радиосвязи, распространения дезинформации и отслеживания штабов и центров связи противника, чтобы облегчить работу спецназовским террористическим группам. Известно, что с 1942 года существовали 130-й, 131-й, 132-й и 226-й отдельные батальоны Спецназа.
Операции, проведенные «минерами», отличались смелостью и эффективностью. Обычно они просачивались в тыл противника маленькими группами. Иногда они действовали независимо, в других случаях они объединяли свои действия с партизанами. Эти совместные операции всегда были выгодны как партизанам, так и Спецназу. Минеры учили партизан наиболее трудным аспектам минирования, более сложной технологии и более современной тактике. Когда они находились вместе с партизанами, они имели настоящие убежища, охрану при выполнении своих операций, медицинскую и другую помощь в случае нужды. Партизаны хорошо знали свой район и могли быть использованы в качестве помощников и проводников. Это была великолепная комбинация: местные партизаны, знающие каждое дерево в лесу, и первоклассное оборудование для взрывов, демонстрируемое настоящими специалистами.
«Гвардейские минеры» обычно выходили на сцену на короткое время, делали свою работу быстро и хорошо, а затем возвращались туда, откуда явились. Главным путем транспортировки их за линию фронта была высадка их на парашютах. Их возвращение выполнялось самолетом, использующим секретные партизанские аэродромы, или они могли своими ногами пересечь линию фронта.
Высшей точкой партизанской войны против Германии были две операции в 1943 году. В тот период в результате действия Осназа в партизанских соединениях был наведен порядок: они были «очищены» и переведены под жесткий контроль центра. В результате работы Спецназа партизанское движение научилось последним достижениям ведения войны и более современной технике саботажа.
В течение шести недель с августа по сентябрь 1943 года была проведена операция, известная как «Война на рельсах». Было выбрано очень удачное время. Это был момент, когда советские войска, измотав немецкую армию в оборонительной битве под Курском, внезапно сами перешли в наступление. Для поддержки развития мощнейшей операции было решено парализовать вражеские подвозные пути, не давая противнику подвозить амуницию и горючее для войск, делая невозможным для него перебрасывать резервы. В операцию было вовлечено 167 партизанских отрядов общей численностью 100 000 человек. Все отряды Спецназа были посланы за линию фронта для помощи партизанам. Более 150 тонн взрывчатки, более 150 километров проводов и свыше полумиллиона детонаторов было переброшено по воздуху в партизанские отряды. Отрядам Спецназа было приказано полностью выполнить их задачи. Большинство из них действовали независимо в наиболее опасных и важных местах, но они также выделяли людей для инструктирования партизанских отрядов по использованию взрывчатки.
Операция «Война на рельсах» проводилась одновременно на территории по фронту более 1000 километров и в глубину более 500 километров. В первую же ночь действия этой операции на железнодорожных линиях было произведено 42 000 взрывов, и активность партизан возрастала с каждой ночью. Немецкое высшее командование бросило огромные силы для обороны коммуникационных линий, поэтому каждую ночь были слышны не только звуки взрывов мостов и железнодорожных линий, но и звуки битвы с немецкими войсками, поскольку партизаны с боем прорывались к месту диверсий. Всего во время этой операции было взорвано 215 000 рельсов, 836 эшелонов, 184 железнодорожных и 556 автомобильных мостов. Также было уничтожено огромное количество вооружения и боеприпасов противника.
Победив в чудовищной битве под Курском, Красная Армия устремилась вперед к Днепру и переправилась через него в нескольких местах. Вторая обширная операция в поддержку наступающим частям была проведена в тылу противника под названием «Концерт», которая по содержанию и по духу являлась продолжением «Войны на рельсах». На конечной стадии этой операции все спецназовские соединения, не получив отдыха, были выведены в новые районы вместе с партизанскими соединениями, не участвовавшими в операции. Теперь пришло их время. Операция «Концерт» началась 19 сентября 1943 года. В эту ночь в Белоруссии только рельсов 19 903 штуки взлетело на воздух. В ночь на 25 сентября было разрушено 15 809 рельс. Все отряды Спецназа и 193 партизанских отряда принимали участие в операции «Концерт». Общее число участников в этой операции составляло 120 000 человек. В течение всей операции, продолжавшейся до конца октября, было разрушено 148557 рельс, было пущено под откос несколько сотен эшелонов с войсками, оружием, боеприпасами, были взорваны сотни мостов. Несмотря на нехватку взрывчатки и других материалов, необходимых для данной работы, в канун операции партизанам было переброшено только восемьдесят тонн взрывчатки. Невзирая на это «Концерт» имел грандиозный успех.