После того, как Красная Армия продвинулась на территорию соседних государств, Спецназ претерпел радикальную реорганизацию. Были сохранены во всей полноте отдельные разведывательные отряды, разведывательные пункты, которые вербовали агентов для террористических акций и отдельные радиобатальоны для проведения дезинформации. В советской военной печати есть масса ссылок на операции специальных разведывательных подразделений на конечных стадиях войны. К примеру, во время Висло-Одерской операции специальные группы из Управления разведки штабов 1-го Украинского фронта разведали масштабную сеть аэродромов и точное положение вражеских воздушных баз, обнаружили штабы 4-й Танковой армии и 17-й Армии, 48-го Танкового корпуса и 42-го Армейского корпуса, а также много другой очень важной и необходимой информации.
Подразделения «гвардейских минеров» Спецназа были реформированы, хотя и в регулярные гвардейские саперные подразделения, и использовались в этом виде до самого конца войны. Только сравнительное небольшое число «гвардейских минеров» было сохранено и использовалось в тылу врага в Чехословакии, Болгарии и Югославии. Для того времени это было абсолютно правильное решение. Главными целями спецназовских операции являлись линии коммуникаций противника. Но таковыми они становились перед тем, как Красная Армия начинала с огромной скоростью наступать. Когда это происходило, то уже не было больше необходимости взрывать мосты. Их надо было захватывать и охранять от разрушения. Для этой работы в Красной Армии имелись отдельные ударные бригады моторизированных гвардейских инженерных частей, которые, действуя совместно с передовыми отрядами, захватывали особенно важные строения и другие объекты, очищали их от мин и охраняли их до подхода основных частей. Гвардейские формирования Спецназа использовались в основном для усиления таких специальных инженерных бригад. Некоторые из существовавших гвардейских батальонов Спецназа были переброшены в августе 1945 на Дальний Восток, и использовались против японской армии.
Применение Спецназа в Маньчжурской наступательной операции в 1945 году представляет особый интерес, так как именно она наилучшим образом иллюстрирует, что должно было случиться с Германией, если бы она не напала на СССР.
У Японии с Советским Союзом был договор о мире. Но Япония воевала с другими странами и истощила свою военную экономику и другие ресурсы. Япония захватила обширные территории, населенные сотнями миллионов людей, жаждавших освобождения и готовых приветствовать и поддержать любого пришедшего освободителя. Япония находилась в такой же самой ситуации, в которой Сталин хотел видеть Германию: она была ослаблена войной с другими государствами, с войсками, рассеянными на огромных территориях, населенных людьми, которые их ненавидели.
Вот так, исключительно в интересах мира и человечности Сталин нанес внезапный сокрушительный удар по вооруженным силам Японии в Манчжурии и Китае, нарушив подписанный четырьмя годами ранее договор. Эта операция проводилась на огромной территории. По показателям пройденных расстояний и скорости, с которой она проводилась эта операция, не имеет аналогов в мировой истории. Советские войска действовали на территории в 5000 километров в ширину и 600–800 километров в глубину. Более полутора миллионов солдат принимали участие в этой операции, свыше 5000 танков и около 4000 самолетов. Это действительно была молниеносная операция, во время которой было убито 84 000, а 593 000 японских солдат и офицеров взято в плен. Было захвачено колоссальное количество оружия, боеприпасов и другого оборудования.
Можно возразить, что Япония была уже на краю катастрофы. Правда. Но в этом и состоит советская стратегия: оставаться нейтральным пока противник истощает свои силы в боях против кого-то еще, а затем нанести внезапный удар. Именно так и планировалась война против Германии, и именно поэтому партизанские отряды, препятствия и оборонительные сооружения были разрушены, и вот почему в 1941 году были созданы десять воздушно-десантных корпусов.
В Маньчжурском наступлении подразделения Спецназа проявили себя с самой лучшей стороны. Двадцать высадок с парашютом было произведено не воздушно-десантными войсками, а специальными разведывательными подразделениями. Спецназовские отряды Тихоокеанского Флота высаживались субмаринами и надводными кораблями. Некоторые из этих отрядов пересекали фронт пешком, захватывали японские машины и использовали их для своих операций. Заботясь о железнодорожных туннелях в полосе 1-го Дальневосточного Фронта, высшее советское командование создало специальные группы для захвата этих туннелей. Группы скрытно пересекли границу, перерезали глотки охранникам, отсоединили провода от взрывчатки и вывели из строя детонаторы. Они удерживали туннели вплоть до подхода главных сил.
Во время наступления Спецназом был применен новый и очень рискованный тип операций. Старшие офицеры ГРУ в ранге полковников или даже генерал-майоров ввели в состав маленьких групп. Такая группа могла внезапно приземлиться на аэродроме вблизи с важными японскими штабами. Появление советского полковника или генерала глубоко в японском тылу никогда не терпело неудачу, вызывая реакцию изумления и у японского высшего командования, и у японских войск, и у населения. Транспортные самолеты, переносившие эти группы, сопровождались советскими истребителями, но истребитель вскоре должны были вернуться на свои базы, оставляя советский транспортник после приземления без охраны. После приземления в нем находились, в лучшем случае, один высокопоставленный офицер, экипаж и не больше взвода солдат для охраны самолета. Советский офицер должен был потребовать и, как правило, добивался встречи с японским генералом, во время которой он требовал капитуляции гарнизона. Он и его группа ничего не имели за спиной: советские войска находились еще за сотни километров, а до конца войны оставались еще недели. Но местные японские военные руководители (да и эти советские офицеры) в действительности не понимали этого. Возможно, Император и решил бороться до последнего человека...
В нескольких описанных случаях, японский высший военный руководитель самостоятельно решал капитулировать без получения разрешения от своего начальства. Можно себе представить улучшение морального состояния и позиций советских войск.
После окончания Второй Мировой войны Спецназ практически прекратил свое существование на несколько лет. Его реорганизация, в конечном итоге, была произведена под руководством нескольких генералов, являвшихся фанатиками идеи Спецназа. Одним из них был Виктор Кондратьевич Харченко, которого совершенно справедливо называют отцом современного Спецназа. Харченко был выдающимся спортсменом и экспертом в теории и практике использования взрывчатых веществ. В 1938 году он закончил Военную Электротехническую Академию, которая, помимо обучения специалистов по связи, выпускала специалистов по применению наиболее сложных способов подрыва зданий и других объектов. В течение войны он был начальником управления специальных работ на Западном Фронте. С мая 1942 года он являлся начальником штаба отдельной гвардейской бригады Спецназа, а с июля – заместителем командира этой же бригады. В июле 1944 года его бригаду реорганизовали в отдельную гвардейскую моторизованную инженерную бригаду.
Когда после войны Харченко работал в Генеральном Штабе, он написал письмо Сталину, основной мыслью которого было: «Если перед началом войны наши спортсмены, из которых сформированы подразделения Спецназа, проведут некоторое время в Германии, Финляндии, Польше и других странах, то их можно будет использовать в военное время на территории противника с большой „вероятностью успеха“». Многие специалисты в Советском Союзе сейчас считают, что Сталин положил конец самоизоляции Советского Союза в спорте именно из-за того впечатления, которое произвело на него письмо Харченко.