Тем временем командир «мусульманского» батальона получил задачу выдвинуть батальон на Ташкентский аэродром в готовности к переброске в Кабул для «охраны» генерального секретаря ЦК НДПА Тараки. Однако вскоре последовала команда «отбой», так как Андроповым было принято решение о нейтрализации Амина другим способом, которое впоследствии не было реализовано.
В ЦК НДПА произошел окончательный раскол, Амин провел все необходимые мероприятия по захвату власти и потребовал от Тараки в ультимативной форме убрать с государственных постов его последних ближайших соратников, но получил отказ. Конфронтация лидеров ДРА достигла апогея — Амин перестал приезжать в резиденцию генсека и распространял слухи, что тот собирается его убить. Через личного телохранителя Тараки, давно работавшего на Амина, тот узнал о московском разговоре и понял, что необходимо действовать на опережение, причем быстро. Остается тайной, кто организовал покушение на Амина во время его приезда в резиденцию Тараки. Все свидетели тех событий были арестованы и бесследно исчезли. В перестрелке погиб телохранитель Тараки, а два аминовских офицера были ранены. Амин успел добежать до машины и уехать. Вся ответственность за случившееся была возложена на Тараки.
Далее события развивались стремительно. Начальник Генерального штаба Якуб поднял по тревоге войска Кабульского гарнизона, которые взяли под охрану все правительственные объекты, блокировали резиденцию Тараки, отключили все каналы связи и фактически изолировали его от управления страной.
Советский батальон был в готовности вылететь в Кабул и освободить Тараки, однако начальник Ген-штаба ДРА приказал подразделениям ПВО, прикрывавшим аэродром, сбивать все садящиеся и взлетающие самолеты. Батальон снова получил команду «отбой».
Ночью Амин собрал Политбюро ЦК НДПА, а утром — пленум партии, на котором Тараки был освобожден от всех должностей, а его соратники сняты с занимаемых ими постов и исключены из партии. Генеральным секретарем был избран Амин. Вечером об этом было сообщено по радио. Таким образом в ДРА произошел малокровный военный переворот, не контролируемый нашими спецслужбами, но очень жестокий по своим последствиям.
Советскому послу А.М. Пузанову «за укрывательство заговорщиков, вредительство Амину, поддержку оппозиции и тесные контакты с Тараки» было «рекомендовано» покинуть страну. Новым послом был назначен первый секретарь Татарского обкома партии Ф.А. Табеев. Устинов отозвал главного военного советника генерала Горелова, которому не простили срыв высадки мусульманского батальона. В ноябре на эту должность был назначен генерал-полковник С.К.Магометов.
Только 10 октября было официально объявлено о смерти Тараки, скончавшегося якобы в результате непродолжительной и тяжелой болезни. Позже стало известно, что его по личному приказу Амина задушили подушкой три офицера под руководством начальника президентской гвардии. Родственники и сподвижники Тараки оказались в тюрьме.
Советское руководство по отношению к Афганистану продолжило прежнюю линию. В наших газетах печатались приветствия по случаю смены руководства ДРА и дежурные хвалебные оды «товарищу Амину». Советская общественность была спокойна: видимость полного благополучия была достигнута. И тогда, и позже, во время декабрьских событий, многие наши офицеры не понимали, зачем нужно было свергать нашего друга Амина.
Вся практическая деятельность Амина вела к установлению в стране тоталитарного диктаторского режима с масштабным террором, насилием и репрессиями. В первую очередь были физически уничтожены все, кто когда-либо или выступал против него, или был с ним не согласен. Затем дошла очередь до самых авторитетных партийных руководителей — потенциальных конкурентов на пост генсека. Подверглись репрессиям различные неаминовские группировки и фракции в партии и государстве. Велась широкомасштабная охота на всех парчамистов и некоторых халькистов, сторонников бывшего генсека.
В сентябре был опубликован список казненных — 12 тысяч фамилий. В действительности же, по некоторым данным, с апреля 1978 года было уничтожено более 50 тысяч человек. Убивали всех, в том числе и ни в чем не повинных, без суда и следствия. Так сторонники Амина сводили счеты со своими недругами. Основой кадровой политики стала личная преданность Амину. Глядя на портрет Сталина, висевший в его кабинете, Амин любил повторять: «Товарищ Сталин научил нас, как строить социализм в отсталой стране: сначала будет больно, а потом будет очень хорошо».