После реорганизации задачи органов безопасности остались прежними: войсковая контрразведка занималась ликвидацией неприятельских шпионов и агитаторов в войсках, местным органам контрразведки вменялось в обязанность ведение борьбы с антигосударственными элементами в тылу. С целью выяснения отношения войск и населения к существующему строю агентура насаждалась во все подразделения, вплоть до рот и эскадронов, и во все населенные пункты[78].
Органы государственной охраны МВД пытались добиться передачи им от контрразведки всего собираемого материала по уличению большевиков и прочим государственным преступникам. Однако в действительности предписания военного министра игнорировались контрразведывательными органами, управление госохраны и КРО штаба Иркутского военного округа действовали разобщенно, о чем указывал управляющий Иркутской губернией начальнику штаба округа 22 октября 1919 года[79].
В ноябре 1919 года председатель комиссии по ревизии омского экономического офицерского общества генерал-майор В.Н. Фельдман, обобщив опыт работы органов безопасности в колчаковский период, в частности, не согласился с тем, что контрразведка являлась официальным учреждением «публичного характера». По его мнению, это позволяло большевикам установить наблюдение за зданиями, где размещались спецслужбы, и тем самым выявить их штатных сотрудников и агентуру. В качестве меры противодействия генерал предлагал вывести контрразведку из состава военного ведомства и законспирировать ее под какое-нибудь учреждение или заведение, чтобы «скрыть от взоров общества». Аресты и «прочие акты» предлагалось проводить «гласным аппаратом старого типа»[80]. Ничего нового данное предложение В.Н. Фельдмана не содержало. Создавая в 1911 году контрразведывательную службу, ГУГШ законспирировала ее деятельность. По этой причине сотрудники КРО были лишены всякой исполнительной власти, даже той, которую они имели как жандармские офицеры. Инструкцией им предписывалось только вести наружное наблюдение, а в случае обысков и арестов обращаться к местным жандармским органам[81].
Осенью 1919 года руководителям колчаковских спецслужб становится понятно, что поражение армии — дело времени, и они начинают подготовку к подпольной работе. При отступлении войск контрразведка оставляла в тылу противника офицеров для создания партизанских отрядов, организации восстаний, взрывов мостов, диверсий на железных дорогах и линиях связи. Когда об этом стало известно особым отделам и местным ЧК, они предприняли меры для их задержания[82].
Таким образом, в Сибири и на Дальнем Востоке в 1918–1919 годах просматриваются четыре основных этапа в развитии контрразведки, тесно связанные с развитием вооруженных сил. Первый: до объединения антибольшевистских правительств спецслужбы имели лишь штабы армий на театре военных действий. Второй: после образования Всероссийского (колчаковского) правительства была создана децентрализованная система контрразведывательных органов, подчиненных Ставке и Главному штабу. Третий: проведенная реорганизация военно-управленческих структур позволила создать модель с единым руководящим центром — управлением 2-го генерал-квартирмейстера. Однако при этом централизации деятельности органов безопасности добиться не удалось. Это связано с тем, что на театре военных действий функционировали контрразведывательные и военноконтрольные органы, подчинявшиеся, соответственно, армейским штабам и начальникам военно-административных управлений. И на четвертом этапе органы безопасности на ТВД были переданы в подчинение начальнику военно-административного управления.
Как видим, колчаковские органы безопасности развивались несколько иначе, нежели деникинские. В то же время следует отметить и общий момент — автономность деятельности спецслужб казачьих атаманов.
Вместе с тем, несмотря на имевшиеся недостатки, созданная во время правления Л.В. Колчака система контрразведывательных органов покрывала всю малозаселенную Сибирь и Дальний Восток сетью отделений и пунктов, что позволило властям держать под контролем армейские части, местное население, большевистское подполье и эсеровские организации.