После первых силовых акций чекистов против православной церкви 1918–1919 годов церковное руководство в лице патриарха Тихона практически смирилось и отказалось от борьбы против советской власти даже на уровне проповедей. В сентябре 1919 года Тихон даже выпустил официальное обращение «О прекращении духовенством борьбы с большевиками» и ни разу затем не выступил в поддержку Белого движения (как раз выступавшего в большей части под знаменами православной веры), надеясь хотя бы на встречный нейтралитет со стороны власти Ленина. В ответ на миролюбивую инициативу Тихона и попытку как-то ужиться с новой властью церковь получила в 20-х годах от Советов массовые гонения и спланированную кампанию террора против нее непосредственно со стороны советской спецслужбы ГПУ.
Православная церковь в России и раньше вступала в непростые отношения с верховной властью в стране и ее системой тайных служб. Был страшный раскол при Никоне, была и отмена Петром I патриаршества, и прямой петровский приказ предавать тайну исповеди в случае дела о политическом преступлении, и вербовки священников в агенты, много чего было в непростой истории церкви в Российской империи. Но никогда романовский тайный сыск не организовывал лобовой атаки на церковь, не громил храмы, сдирая позолоту с куполов для продажи за границу, и ни в какой Тайной канцелярии, Третьем отделении или охранном отделении не додумались бы создать в структуре спецотдел по работе против церкви.
В ГПУ при Дзержинском такое подразделение появилось, оно именовалось 6-м отделением Секретного отдела, и возглавлять его Феликс Эдмундович доверил ветерану ЧК Евгению Тучкову, прошедшему школу «красного террора» на фронтах Гражданской и руководившему кровавым подавлением Мензелинского восстания крестьян на Волге. Собственно, этот отдел Тучкова ведал кроме православия и работой против служителей других культов, поскольку мусульманское, иудейское, буддистское, католическое духовенство в те же годы подверглось столь же безжалостному давлению ГПУ.
Именно этот отдел ведал арестами священников, дискредитацией высшего руководства церкви, разгромом христианских храмов, репрессиями против пытавшихся защитить церкви и священников прихожан. После первых массовых расправ при участии чекистов над верующими в Шуе на Вологодчине в 1921 году, где при разгроме церкви было убито четверо прихожан и десятки ранены или арестованы затем ЧК, в начале 20-х по стране прокатилась волна таких осквернений храмов и убийств противостоящих погромам жителей.
Тучков, помимо постоянных допросов арестованных священников, курировал и проект ГПУ по созданию альтернативной «обновленческой церкви», союзной большевистской власти, – своего рода коммунистического суррогата православия, это тоже была большая операция чекистов. Патриарх Тихон за свои выступления против обновленцев и гонений на церковь несколько раз арестовывался. Особенно яростно чекисты из отдела Тучкова требовали от Тихона и подконтрольной ему церкви в Советской России открытого разрыва с созданной эмигрировавшим духовенством Русской православной церковью зарубежья, организованной в 1921 году на первом ее соборе в югославском городе Сремски-Карловцы. Биограф патриарха Тихона М.И. Вострышев описал этот арест в мае 1922 года, когда чекисты увезли патриарха из Троицкого подворья, заключив его под арест на территории Донского монастыря, где вскоре они оборудуют места для тайных расстрелов своих заключенных. Именно здесь от Тихона потребовали осуждения собора «заграничников» и полного отказа от связей с ними, причем чекисты держали себя с главой православной церкви очень развязно, а ставший здесь его главным тюремщиком чекист Рыбкин снисходительно похлопывал Тихона по плечу и издевательски называл его «сеньором». В надежде на сохранение хоть каких-то послаблений для своей паствы Тихон и здесь пошел на компромисс, заявив о разрыве Московского патриархата с Зарубежной церковью, после этого его выпустили.
Последний раз Тучков выпустил его из внутренней тюрьмы на Лубянке лишь после подписания очередного покаяния перед советской властью, в котором Тихон сдавался перед обновленцами. Выйдя из тюрьмы, Тихон вновь попытался возвысить свой голос в защиту церкви. И к нему, уже смертельно больному, в палату приезжал Тучков с решением об очередном аресте патриарха, которого Тучков во всех документах принципиально именовал «гражданином Белавиным» без уважения к сану патриарха и его церковному имени. Но в 1925 году Тихон из этой больничной палаты уже не вышел, умерев своей смертью и избежав тем очевидно надвигавшейся расправы с ним ГПУ. Пришедший ему на смену патриарх Сергий полностью стал подконтролен новой власти, вызвав тем уход многих истинных верующих в нелегальную «катакомбную» церковь в России. Наследие сергианства наша православная церковь переживает до сих пор, и в плане восстановления своих позиций в обществе, и в попытках преодолеть раскол с зарубежниками и катакомбниками, продолжающихся и сегодня, в ХХI веке.