Не признавало ГПУ до последних дней существования системы спецслужб Советского Союза и другие ликвидации своих политических противников за границей. В том же 1926 году в Париже прямо на улице некто Шварцбард застрелил главного украинского эмигранта Симона Петлюру, в войну возглавлявшего армию украинской сепаратистской Директории. Сам Шварцбард на суде заявил, что действовал в одиночку и убил Петлюру в отместку за еврейские погромы петлюровцев на Украине и гибель своих родственников. Большинство же исследователей ликвидацию Петлюры считают также акцией внешней разведки ГПУ, полагая ее организатором чекистского разведчика из ГПУ Володина. Сами деятели петлюровского движения УНР не сомневались в том, кто направлял руку убийцы их вождя. Они в отместку планировали тогда убить в зале суда самого Шварцбарда, а в советской Украине организовать покушение на главу Совнаркома Украинской ССР Чубаря – так об этом сообщали сводки ИНО ГПУ со ссылкой на агентуру в петлюровском эмигрантском центре.
Внутри петлюровской эмиграции, как и среди альтернативных ей украинских движений в эмиграции (УВО, ОУН или монархистов-гетманцев), уже с начала 20-х годов активно действовала внедренная агентура ГПУ. Одним из самых ценных агентов чекистов среди украинских эмигрантов был Дмитрий Бузько по кличке Профессор, до революции известный террорист из эсеров, бежавший с царской каторги в эмиграцию, но после ареста ЧК сломленный в 1919 году и завербованный в агенты. Бузько все 20-е годы работал агентом ГПУ в украинской диаспоре в Западной Европе, после отзыва в СССР стал писателем и проживал в Одессе, в 1937 году ликвидирован НКВД в разгар репрессий.
Кроме Европы, тайные силовые акции и ликвидации ГПУ в 20-х годах практиковало и в других регионах мира. Например, на территории Афганистана и Ирана, где укрылись крупные формирования выбитых из пределов СССР басмачей из узбеков, туркменов, таджиков. Здесь лидеры басмаческого движения создавали свои эмигрантские национальные союзы, как, например, «Фаал» в Афганистане или «Комитет счастья Бухары» в английском еще тогда Пешаваре, забрасывая через советскую границу своих эмиссаров и боевые отряды басмачей. В северных провинциях Афганистана прямо у границ СССР обосновался один из самых непримиримых и деятельных лидеров узбекского басмачества Ибрагим-бек, именно против него ГПУ провело точечную операцию на афганской территории. От имени завербованного ГПУ агента Ибрагим-беку назначили встречу недалеко от афганского города Мазари-Шариф, где в горном селении приехавшего с небольшой охраной лидера басмачей сотрудники ГПУ расстреляли на месте из засады, убив его вместе с охранниками в ходе короткой перестрелки.
В 1929 году ГПУ на Дальнем Востоке организована одна из самых кровавых вылазок среди операций против эмигрантов по ту сторону границы – так называемый «Трехреченский рейд». Отборная группа сотрудников ГПУ и поддерживавших их бойцов пограничных войск через границу ворвалась в принадлежавший Китаю район Трехречья (у трех притоков реки Аргунь, местные называют этот район Барга), перебив в нескольких селах более сотни поселившихся здесь казаков Семенова и членов их семей, поскольку из Барги ранее семеновцы тоже совершали вылазки на территорию СССР. При этом границу перешли нагло и в открытую, отойдя после бойни назад, а пытавшийся оказать слабое сопротивление пост китайской пограничной стражи был просто перебит, убито 6 китайских солдат. Командовал этим «Трехреченским рейдом» чекист Моисей Жуч из ГПУ, запомнившийся спасшимся тем, что посреди подожженных сел гарцевал в знаменитой кожаной чекистской куртке и революционных красных штанах, подобно герою культового советского кинофильма «Офицеры». Сейчас эту кровавую акцию ни в каких славящих ЧК – ГПУ энциклопедиях особо не поминают, предпочитая рассказывать только о белоэмигрантских вылазках в СССР. А тогда эмиграция после событий в Трехречье была в шоке, 16 октября 1929 года было объявлено по русской эмиграции днем траура по жертвам акции ГПУ в Трехречье, этот вопрос тогда обсуждался в Лиге Наций в Женеве.
Во Франции же с начала 20-х годов обосновался самый опасный тогда центр активной русской эмиграции, более других тревоживший Лубянку, – Российский общевоинский союз (РОВС). Это организация эмигрантов из Белого движения из бывших офицеров и рядовых армий Деникина, Врангеля, Миллера, Колчака. Еще в годы нахождения ушедшей в 1920 году из Крыма врангелевской армии в Турции барон Врангель преобразовал свое войско в этот союз, сохраняя боеготовность своих офицерских кадров на случай новой войны с Советской Россией.