В середине 20-х годов отношение советской власти к церкви стало непримиримо агрессивным. «Христиане – враги большевиков» – это слова еще не самого ортодоксального и кровожадного члена ленинского правительства Луначарского, среди чекистов было множество еще более агрессивно настроенных против церкви людей. Тогда на заметку ГПУ с печальными для него последствиями мог попасть даже не ревностный поборник веры, а тот, кто, например, праздновал Рождество или Новый год и ставил дома рождественскую ель. Еще одна мощная кампания против церкви была проведена уже в 30-х годах, кульминацией которой стало символичное разрушение храма Христа Спасителя в Москве. Православная церковь в России в своем дореволюционном виде была практически добита, да к тому же подорвана не без участия госбезопасности изнутри политикой сергианства по имени соглашавшегося с советской властью и во всем ей послушного патриарха Сергия.
После первых силовых акций чекистов против православной церкви 1918–1919 годов церковное руководство в лице патриарха Тихона практически смирилось и отказалось от борьбы против советской власти даже на уровне проповедей. В сентябре 1919 года Тихон даже выпустил официальное обращение «О прекращении духовенством борьбы с большевиками» и ни разу затем не выступил в поддержку Белого движения (как раз выступавшего в большей части под знаменами православной веры), надеясь хотя бы на встречный нейтралитет со стороны власти Ленина. В ответ на миролюбивую инициативу Тихона и попытку как-то ужиться с новой властью церковь получила в 20-х годах от Советов массовые гонения и спланированную кампанию террора против нее непосредственно со стороны советской спецслужбы ГПУ.
Православная церковь в России и раньше вступала в непростые отношения с верховной властью в стране и ее системой тайных служб. Был страшный раскол при Никоне, была и отмена Петром I патриаршества, и прямой петровский приказ предавать тайну исповеди в случае дела о политическом преступлении, и вербовки священников в агенты, много чего было в непростой истории церкви в Российской империи. Но никогда романовский тайный сыск не организовывал лобовой атаки на церковь, не громил храмы, сдирая позолоту с куполов для продажи за границу, и ни в какой Тайной канцелярии, Третьем отделении или охранном отделении не додумались бы создать в структуре спецотдел по работе против церкви.
В ГПУ при Дзержинском такое подразделение появилось, оно именовалось 6-м отделением Секретного отдела, и возглавлять его Феликс Эдмундович доверил ветерану ЧК Евгению Тучкову, прошедшему школу «красного террора» на фронтах Гражданской и руководившему кровавым подавлением Мензелинского восстания крестьян на Волге. Собственно, этот отдел Тучкова ведал кроме православия и работой против служителей других культов, поскольку мусульманское, иудейское, буддистское, католическое духовенство в те же годы подверглось столь же безжалостному давлению ГПУ.
Именно этот отдел ведал арестами священников, дискредитацией высшего руководства церкви, разгромом христианских храмов, репрессиями против пытавшихся защитить церкви и священников прихожан. После первых массовых расправ при участии чекистов над верующими в Шуе на Вологодчине в 1921 году, где при разгроме церкви было убито четверо прихожан и десятки ранены или арестованы затем ЧК, в начале 20-х по стране прокатилась волна таких осквернений храмов и убийств противостоящих погромам жителей.
Тучков, помимо постоянных допросов арестованных священников, курировал и проект ГПУ по созданию альтернативной «обновленческой церкви», союзной большевистской власти, – своего рода коммунистического суррогата православия, это тоже была большая операция чекистов. Патриарх Тихон за свои выступления против обновленцев и гонений на церковь несколько раз арестовывался. Особенно яростно чекисты из отдела Тучкова требовали от Тихона и подконтрольной ему церкви в Советской России открытого разрыва с созданной эмигрировавшим духовенством Русской православной церковью зарубежья, организованной в 1921 году на первом ее соборе в югославском городе Сремски-Карловцы. Биограф патриарха Тихона М.И. Вострышев описал этот арест в мае 1922 года, когда чекисты увезли патриарха из Троицкого подворья, заключив его под арест на территории Донского монастыря, где вскоре они оборудуют места для тайных расстрелов своих заключенных. Именно здесь от Тихона потребовали осуждения собора «заграничников» и полного отказа от связей с ними, причем чекисты держали себя с главой православной церкви очень развязно, а ставший здесь его главным тюремщиком чекист Рыбкин снисходительно похлопывал Тихона по плечу и издевательски называл его «сеньором». В надежде на сохранение хоть каких-то послаблений для своей паствы Тихон и здесь пошел на компромисс, заявив о разрыве Московского патриархата с Зарубежной церковью, после этого его выпустили.
Последний раз Тучков выпустил его из внутренней тюрьмы на Лубянке лишь после подписания очередного покаяния перед советской властью, в котором Тихон сдавался перед обновленцами. Выйдя из тюрьмы, Тихон вновь попытался возвысить свой голос в защиту церкви. И к нему, уже смертельно больному, в палату приезжал Тучков с решением об очередном аресте патриарха, которого Тучков во всех документах принципиально именовал «гражданином Белавиным» без уважения к сану патриарха и его церковному имени. Но в 1925 году Тихон из этой больничной палаты уже не вышел, умерев своей смертью и избежав тем очевидно надвигавшейся расправы с ним ГПУ. Пришедший ему на смену патриарх Сергий полностью стал подконтролен новой власти, вызвав тем уход многих истинных верующих в нелегальную «катакомбную» церковь в России. Наследие сергианства наша православная церковь переживает до сих пор, и в плане восстановления своих позиций в обществе, и в попытках преодолеть раскол с зарубежниками и катакомбниками, продолжающихся и сегодня, в ХХI веке.
На то же время пришлись роковые годы в России для многих иных конфессий. Так, в 1923 году нанесен удар по российским католикам, которых после выхода из России Польши и стран Балтии осталось в стране не так уж много. Уже Новый 1923 год многие католические священники встретили под арестом ГПУ, а их храмы были опечатаны, советская власть тогда объяснила это необходимостью изъятия ценностей из католических храмов в помощь голодающему Поволжью. В том числе был арестован и глава российских католиков архиепископ Иоанн Цепляк, его осудили за контрреволюционную агитацию к десяти годам тюрьмы и лишь после яростных протестов из Европы выслали за пределы Советской России. Менее известные католические священники в 1923 году стали жертвой чекистского террора, как расстрелянный в марте того года во внутренней тюрьме на Лубянке прелат Буткевич. Также в 1927 году после протестов за рубежом ГПУ вынуждено было освободить и выпустить из Союза арестованного главу иудеев-хасидов раввина Шнеерсона, за католиков и иудаистов хотя бы было кому заступаться на Западе, чего не хватало в неравном противостоянии ГПУ оппозиционно настроенной части православного духовенства. В годы больших репрессий Сталина в конце 30-х остатки католической церкви в Советском Союзе были добиты, а священники рассажены по лагерям ГУЛАГа.
После 1925 года православная церковь была в России надломлена, обновленческий проект сыграл свою роль, и в итоге православие было отделено от государства и по полной программе поставлено под контроль советских спецслужб. Очень большую роль в этом сыграло то самое 6-е отделение ГПУ и лично его начальник Тучков, переживший затем и сталинские чистки в НКВД и до своей смерти от рака в конце 50-х годов возглавлявший какой-то комитет атеистов в Советском Союзе.
Считается, что с начала 40-х годов репрессии советских спецслужб против православной церкви и других конфессий в СССР в духе некоего указания Сталина были остановлены, по крайней мере заметно смягчены. Хотя до конца дней Советского Союза эти отношения были непростыми. Да и удар 20 – 30-х годов уже так подорвал позиции церкви, так она была ограблена и так было подорвано ее положение в обществе, что особенно давить на нее теперь уже не было необходимости. Все мы помним, что до конца 80-х ни одна из существующих в СССР конфессий серьезной политической опасности для советской власти не представляла.