Значительно труднее было приспособить систему организации специальных военных служб к новым условиям. Ранее, уже в 1920 году, на западе и юге страны были созданы отделения II Отдела ВКВП (в Кракове, Познани и Грудзоньдзе). Таким же способом на Восточном фронте II отделы отдельных армий преобразовались в отделения II Отдела ВКВП, которые непосредственно подчинялись руководителю Информационных служб Верховного командования ВП. 1 июня 1921 года вместо II Отдела Командования 6-й Армии было создано отделение II Отдела ВКВП во Львове. Точно так же из II Отдела Командования 2-й Армии было создано отделение II Отдела в Гродно, а позднее оно передислоцировалось в Вильно. Из разведывательных органов остальных армий (1, 4 и 7) организовалось отделение II Отдела в Бресте-над-Бугом. Заслуживает внимания тот факт, что контрразведывательные секции II отделов ликвидированных армий были отделены от вновь созданных отделений и передавались в контрразведывательные подразделения соответствующих Командований генеральных округов (КГО) — II отделов. Например, секция контрразведки II Отдела Командования 6-й Армии была принята КГО Люблин и Львов. Вновь образованные отделения должны были заниматься неглубокой разведкой.
Потребность их создания объяснялась следующим: «В целях функционирования постоянного разведывательного центра на юго-восточной границе, центра, организующего работу постоянной сети разведывательных приграничных и заграничных отделений и пунктов, необходимо создать отделение II Отдела ВКВП во Львове. Одним из мотивов его создания уже в данный момент, перед общей реорганизацией верховных военных властей, является потребность унифицирования условий разведывательной работы на всей территории РП. Наличие командований армий на восточной границе не препятствует со зданию отделений на постоянной основе. Сегодня эту работу ведут II отделы армий. Однако отсутствие постоянных центров работы, независимых от изменений, которые должны произойти в армии, вызывает необходимость ускорения создания этой организации».
Отделения в своем большинстве имели ту же самую внутреннюю структуру. В них входили следующие подразделения: организационный реферат, реферат кадров, технический реферат, реферат разведывательной агентуры, хозяйственная комиссия, канцелярия.
В ходе процесса организационных преобразований органов военной разведки и контрразведки в августе 1921 года было принято решение о ликвидации Верховного командования Войска Польского. Отдельные подразделения ВКВП вошли в состав Особого военного совета, Генерального штаба и Министерства военных дел. II Отдел ВКВП был принят в Генеральный штаб.
Иным способом преобразовывалась организация военной контрразведывательной службы на территории внефронтовой зоны.
В июне 1919 года из Верховного командования ВП в Министерство военных дел было передано 2 секции — политическая и военно-полицейская. На основе этих секций в июле того же года создается Информационный департамент в Министерстве военных дел. Он состоял из политической секции и отдела по контролю международной корреспонденции, а также телефонной и телеграфной связи, который позднее был передан в Министерство внутренних дел. Методы и направления деятельности департамента принципиально отличались от характера работы II Отдела ВКВП. Он занимался контрразведывательной деятельностью в широком ее понимании, охватывая всю территорию страны за исключением фронтовой территории.
Руководитель II Департамента Министерства военных дел должен был обеспечивать общественный порядок в тылу фронта и выполнять различные обслуживающие функции для линейных воинских частей. Для этого работники департамента подготавливали информационные сообщения для соответствующих командований, занимались борьбой с антигосударственной агитацией как в армейских рядах, так и в политической жизни, а также разрабатывали мероприятия по контрпропаганде. Наряду с этим проводилась соответствующая работа среди солдат, возвращавшихся с фронта, и военнопленных из Красной Армии, которые находились в специальных лагерях. Департамент взаимодействовал с различными представителями антисоветских и антиреволюционных сил, например с остатками корпуса генерала Бредова, сконцентрированными в лагерях в глубине страны. Разведывательно-пропагандистской инфильтрации особенно сильно подвергались украинцы и белорусы. В Бресте-над-Бугом генерал С. Булак-Балахович обучал белорусские части. В то же время украинские солдаты и офицеры были собраны в лагере Ланьцуче. Большой поддержкой Информационного департамента пользовался Борис Савинков, который получил согласие на формирование военных отрядов для выступления против большевиков. По договоренности с полицейской контрразведкой они активно занимались борьбой с коммунистической пропагандой.
В феврале 1920 года Министерство военных дел было основательно реорганизовано на французский манер. В созданном Штабе министерства вместо ликвидированных департаментов появились отделы. Вопросы контрразведки оказались в ведении II Информационного отдела Штаба Министерства военных дел. Сначала в него входили 3 секции: общеорганизационная, контрразведывательная и информационная. В июле 1920 года была создана плебисцитная секция. Она состояла из 3 отделов, которые должны были действовать на плебисцитных территориях: Верхняя Силезия, Цешинская Силезия, а также Вармин и Мазуры. Все специальные акции, организуемые на этих территориях, должны были согласовываться с руководителем данной секции. Это было вызвано интересом военных властей к положению регионов, вопрос о государственной принадлежности которых должны были решать плебисциты. Там оказывалась помощь действующим гражданским парамилитарным польским организациям (диверсионный реферат ПВО). Следует также напомнить, что в то же самое время члены Совета обороны государства приняли решение о создании Добровольческой армии. В рамках Главного инспектората Добровольческой армии был создан II Отдел информации и пропаганды.
Как уже упоминалось, большинство задач информационных служб Министерства военных дел относилось к контрразведывательным направлениям. В целях более результативной деятельности было начато создание территориальных контрразведывательных отделений Министерства военных дел. Уже в ноябре 1918 года стала вестись работа по разделению страны на генеральные округа, которых сначала было 5, а в 1920 году их насчитывалось уже 9: Варшавский, Гродзенский, Поморский, Келецкий, Лодзинский, Краковский, Львовский, Познаньский, Любельский. Командующие округов располагали штабами, которые создавали внутренние подразделения-отделы. Одним из них был II Информационный отдел, который отвечал за борьбу со шпионажем и антигосударственной деятельностью на территории округа. Руководители этих отделов подчинялись, с одной стороны, своему непосредственному начальнику — командующему округа, а с другой — руководителю II Отдела Министерства военных дел.
Особого внимания заслуживает деятельность жандармерии во время войны 1919–1921 годов. Эти подразделения выполняли 2 вида задач. Одни охватывали вопросы нарушения дисциплины в войсках, т. е. нарушения устава, дезертирство, самовольные отлучки и т. д. В период войны жандармерия выполняла задачи, которые в нормальных условиях находились в компетенции гражданской полицейской службы, т. е. охраны здоровья и жизни граждан и борьбы с криминальными преступлениями (военная полиция). В некоторых регионах страны, в Восточной и Западной Малопольше и Великопольше, отделы жандармерии являлись зародышами будущей Государственной полиции. Второй вид задач был связан с деятельностью отделов жандармерии как исполнительных органов для служб военной разведки и контрразведки, т. е. они занимались борьбой с антигосударственной деятельностью. Жандармерия в зависимости от территории своей деятельности делилась на полевую (фронтовая зона) и внутреннюю (тыл фронта). Первая подчинялась Верховному командованию ВП, вторая — министру военных дел.