Вскоре его непосредственный начальник вместе с министром полиции А.Д. Балашовым сумели убедить Александра I согласиться на арест и ссылку М.М. Сперанского. Однако это была пиррова победа. Если А.Д. Балашов сохранил за собой формально должность министра, то де Санглен был официально лишен своего влиятельного поста. На его место правителем Особенной канцелярии 26 марта 1812 г. назначается статский советник фон Фок. Литератор Н.И. Греч, состоявший осведомителем политической полиции, оставил о своем патроне восторженный отзыв: «Он был человек умный, благородный, нежный душой, образованный, в службе честный и справедливый... Бенкендорф был должен ему своею репутацией ума и знания дела...» Подобной явно пристрастной характеристикой можно было бы пренебречь, если бы почти все мемуаристы того времени не отзывались положительно об этом деятеле политического сыска. О его незаурядном уме свидетельствуют и составленные им документы. Когда в 1819 г. Министерство полиции было слито с Министерством внутренних дел, Особенная канцелярия во главе с фон Фоком в полном составе переходит в новую структуру и продолжает там заниматься вопросами государственной безопасности.
Восстание декабристов наглядно продемонстрировало неэффективность системы политического сыска Александровской эпохи. Новый император Николай I взамен нее решает создать принципиально новый орган государственной безопасности, в основу которого был положен проект А.Х. Бенкендорфа, поданный императору в январе 1826 г. Однако записка будущего руководителя Третьего отделения решала вопрос в теоретическом плане и почти не касалась конкретных сторон деятельности нового органа. В марте 1826 г. фон Фок направляет А.Х. Бенкендорфу записку относительно «высшей наблюдательной полиции». Автор предлагает для создания полиции «по новому образцу» «на первый случай» перевести шесть ««благонадежных и опытных чиновников из Министерства внутренних дел в разряд «чиновников по особым поручениям», подчинить их непосредственно начальнику Третьего отделения и поручить организацию новой агентурной сети, простимулировав их деятельность высоким годовым жалованьем. Новая структура должна была состоять из нескольких секретарей, служителей, управляющего и полностью подчиняться одному начальнику. На основе объединенных предложений А.Х. Бенкендорфа и М.Я. фон Фока в конечном итоге и создается Третье отделение, куда последний вместе с большинством своих подчиненных и переходит из Министерства внутренних дел.
Один из первых исследователей архивов новой структуры государственной безопасности Б.Л. Модзалевский так характеризует роль бывшего руководителя Особенной канцелярии МВД:
«...душою, главным деятелем и важнейшею пружиною всего сложного полицейского аппарата был неутомимый фон Фок, сосредоточивший в своих опытных руках все нити жандармского сыска и тайной агентуры. Его деятельность была поразительно обширна, он отдавался ей, по-видимому, с любовью, даже со страстью, в буквальном смысле слова не покладая рук... Своим большим образованием и кипучею деятельностью он как бы дополнял Бенкендорфа, человека малообразованного и вялого, ленивого; их отношения друг к другу были самые дружественные, хотя Фок в своих письменных сношениях с «шефом» никогда не терял тона почтительного уважения».
Фон Фок и его опытные подчиненные налаживают агентурную сеть для Третьего отделения, охватывающую все слои общества – от лакеев и извозчиков до генералов и лиц, близко стоящих к трону. Поскольку Николай I и А.Х. Бенкендорф стремились «облагородить» политический сыск и привлечь в его ряды людей, которые с готовностью служили бы за чины, награды и благодарности, чем за денежное вознаграждение, бывший начальник Особенной канцелярии быстро приспосабливается к новым веяниям и в письме от 17 июля 1826 г. характеризует А.Х. Бенкендорфу завербованных им новых агентов:
«Г[осподин] Нефедьев имеет деревню под Москвой... Это очень благоприятно для нашего дела. С этим господином не знаешь никаких затруднений: ни жалованья, ни расходов. Услуги, которые он может оказать нам, будут очень важны вследствие его связей в высшем и среднем обществах Москвы. Это будет ходячая энциклопедия, к которой всегда удобно обращаться за сведениями относительно всего, что касается надзора... Нефедьев – статский советник и имеет орден Св. Владимира 3-го класса, он честолюбив и жаждет почестей... Граф Лев Сологуб... может принести нам большую пользу в Москве... С этим человеком также никакого жалованья, никаких расходов... Предложение его – действовать заодно с «надзором», цель же быть покровительствуемым во всем, что касается ведения интересующего его дела. Граф – человек скромный и способный выполнять даваемые ему поручения».