Но одно из предложений А.Х. Бенкендорфа Николай I отверг сразу же. В своем январском проекте Бенкендорф предлагал в качестве централизованного органа государственной безопасности использовать возрожденное Министерство полиции. Для царя, воспринимавшего себя как «отца народа» и испытывавшего после событий декабря 1825 г. потребность держать защищающее его власть ведомство, что называется, под рукой, подобный бюрократический подход оказался неприемлем. В одном из последних черновых вариантов проекта, явно отражавшем мнение Николая I, отмечалось: «...высшая полицейская власть в тесном, основном ее смысле должна проистекать от самого лица монарха и развиться по всем ветвям государственного управления. Посему и самый источник, в котором сосредоточиваются все сведения Высшей наблюдательной полиции, должен состоять при лице государя».
При реализации этой принципиальной установки происходит возврат к изначальной схеме еще царя Алексея Михайловича, совмещающей орган политического сыска с личной канцелярией царя. Последняя в 1826 г. реформируется, и интересующая нас структура органично включается в ее состав, получив официальное название Третьего отделения собственной Его Императорского Величества канцелярии. Помимо кардинальной реорганизации политического сыска данное преобразование одновременно привело к существенному изменению властных полномочий в масштабах всей государственной структуры. Исследовавший этот вопрос И.В. Оржеховский так оценивает произошедшую перемену:
«Личная канцелярия царя, возникшая еще в 1812 г., с созданием 3 июля 1826 г. III отделения превратилась в орган верховной власти, концентрирующий в своих руках почти все стороны управления государством и, по существу, подменяющим ряд министерств. Как часть императорской канцелярии, III отделение, подчиняясь только Николаю I, стояло вне общей системы государственных учреждений, а в известной степени и над ними. Министры и главноуправляющие должны были выполнять все его указания по поводу беспорядков и злоупотреблений в их ведомствах, генерал-губернаторы и губернаторы по вопросам, входившим в сферу деятельности III отделения, доносили не министру внутренних дел, а непосредственно императору через главного начальника отделения».
Новый орган госбезопасности стал гораздо могущественнее своих предшественников и в этом отношении.
Третье отделение собственной Его Императорского Величества канцелярии под руководством А.Х. Бенкендорфа было образовано царским указом от 3 июля 1826 г. В качестве «нейтрального штаба по наблюдению за мнением общим и духом народным» этот орган официально наделялся весьма разнообразными функциями. По указу к их числу были отнесены:
«1) Все распоряжения и известия по всем случаям высшей полиции.
2) Сведения о числе существующих в государстве сект и расколов.
3) Известия об открытиях по фальшивым ассигнациям, монетам, штемпелям, документам и проч., коих розыскания и дальнейшее производство остаются в зависимости министров: финансов и внутренних дел.
4) Сведения подробные о всех лицах, под надзором полиции состоящих, равно и все по сему предмету расхождения.
5) Высылка и размещение людей, подозреваемых и вредных.
6) Заведывание наблюдательное и хозяйственное всех мест заключения, в коих заключаются государственные преступники.
7) Все постановления и распоряжения об иностранцах.
8) Ведомости обо всех без исключения происшествиях.
9) Статистические сведения, до полиции относящиеся».
Третье отделение разительно отличалось от учреждений политического сыска при Александре I по самому уже подходу к организации их деятельности. Прежняя децентрализация и дублирование ведомств заменялись жесткой централизацией. В проекте об устройстве «высшей полиции» А.Х. Бенкендорф недвусмысленно обозначил одно из важнейших условий ее эффективной деятельности:
«Для того чтобы полиция была хороша и обнимала все пункты империи, необходимо, чтобы она подчинялась строгой централизации, чтобы ее боялись и уважали и чтобы уважение это было внушено нравственными качествами ее главного начальника».
Исключительное значение Третьего отделения особенно возрастало за счет одной его важной функции, не упоминавшейся в официальном указе о его образовании. Оно обладало правом надзора и контроля за деятельностью всех государственных учреждений и местных органов, что было закреплено в секретных инструкциях по Корпусу жандармов. Третье отделение принципиально отличалось от своих предшественников чрезвычайно существенной чертой – из всех отечественных органов госбезопасности оно первым стало иметь под своим началом разветвленную территориальную сеть местных органов политического розыска в виде жандармских подразделений. Опираясь на них, оно смогло гораздо эффективнее выполнять стоящие перед ним задачи. На новом этапе развития повторялась принципиальная схема «интеллектуальный центр – вооруженные исполнители», появившаяся в зачаточной форме уже в деятельности Преображенского приказа. Сочетание деятельности небольшого гражданского органа, игравшего роль мозгового центра, со значительными по численности военизированными жандармскими подразделениями дало на первых порах ощутимые результаты.