По поручению Лорис-Меликова летом 1880 г. член Верховной распорядительной комиссии сенатор И.И. Шамшин провел тщательную ревизию деятельности Третьего отделения. Это было первое (и единственное) независимое расследование за всю историю этой могущественной спецслужбы. Итоги оказались на редкость неутешительными. И.И. Шамшин изучил около 1500 дел преимущественно о лицах, высланных за политическую неблагонадежность. Результатом этого труда было освобождение очень многих невинных людей. По словам Шамшина, дела велись крайне небрежно. Хранились следственные дела в чрезвычайном беспорядке, часто отсутствовали в них весьма важные документы, на которых было основано обвинение. Были вскрыты также крупные финансовые упущения. Значительная часть денежных средств, выделенных на борьбу с революционным подпольем, была выплачена «агентам, наблюдавшим преимущественно за высокопоставленными лицами...». Неудивительно, что при подобной организации работы Третье отделение часто не выполняло своей основной задачи. Доклад Шамшина укрепил зревшую у Лорис-Меликова решимость в первую очередь в пропагандистских целях ликвидировать Третье отделение, превратившееся в глазах общества в самое непопулярное, жестокое и неразборчивое в средствах учреждение.
Еще до начала ревизии Лорис-Меликов 11 апреля 1880 г. представил Александру II всеподданнейший доклад, в котором сформулировал программу дальнейших действий Верховной распорядительной комиссии. В докладе указывалось, что для вывода страны из кризиса необходимы реформы, касающиеся различных сторон общественной жизни Российской империи. Ключевую роль в их проведении «диктатор сердца» отводил самому себе. В области «охранения государственного порядка и общественного спокойствия», т.е. сфере своей прямой компетенции, Лорис-Меликов предлагал царю «идти твердо и решительно в деле преследования злоумышленников, но не смешивать с ними людей, виновных лишь в проступках, не имеющих прямого отношения к социально-революционным проявлениям», т.е. сузить сферу необходимых репрессий. «Либеральный диктатор» специально подчеркивал, что необходимо «стремиться к возвращению от чрезвычайных мер к законному течению дела», и перечислял конкретные меры по нормализации общественных отношений. В этой связи в докладе говорилось о пересмотре паспортной системы, облегчении крестьянских переселений, преобразовании губернских административных учреждений, установлении отношений нанимателей к рабочим и т.п. То есть Лорис-Меликов предлагал сочетать ограниченные репрессии с назревшими преобразованиями в либеральном направлении.
Доклад был одобрен Александром II. Однако осуществить даже эту довольно скромную программу Верховная распорядительная комиссия не успела, так как ее глава неожиданно подал императору идею об упразднении самого этого органа. 26 июля 1880 г. Лорис-Меликов в очередном всеподданнейшем докладе отметил «некоторые благоприятные признаки, свидетельствующие о заметном успокоении умов», но при этом подчеркнул, что «вредные для государственного строя проявления социальных учений... могут быть парализованы не в короткий срок», что сама ликвидация почвы для развития крамолы возможна только в результате объединения усилий правительства и общества». Поэтому деятельность Верховной распорядительной комиссии, «как и всякой исключительной власти, не должна быть продолжительною». А так как с марта по июль 1880 г. не произошло ни одного террористического акта, Лорис-Меликов считал
«...настоящую минуту... наиболее удобным временем» для ликвидации самой Верховной распорядительной комиссии, равно как и Третьего отделения, с одновременной концентрацией всех жандармско-полицейских функций в одном из центральных государственных учреждений. При этом явно подразумевалось, что «создание прочного порядка» потребует нахождения во главе этого ведомства неординарного человека наподобие автора проекта. Царь одобрил доклад. 6 августа 1880 г. на свет появился императорский указ «О закрытии Верховной Распорядительной Комиссии, упразднении III отделения с. е. и. в. канцелярии и об учреждении Министерства почт и телеграфа». Согласно указу комиссия, как выполнившая свою ближайшую задачу, ликвидировалась, Третье отделение упразднялось, а функции политического сыска переходили к Департаменту государственной полиции – новому учреждению, создаваемому этим указом в составе Министерства внутренних дел. Новым министром внутренних дел, являвшимся одновременно и шефом Отдельного корпуса жандармов, был назначен, естественно, Лорис-Меликов. К немалому изумлению окружающих, директором вновь созданного Департамента государственной полиции он назначил И. О. Велио, много лет руководившего Департаментом почт и телеграфа в рамках МВД, преобразованного последним указом в самостоятельное министерство.