2-й отдел — контрразведка (по личному составу). Отдел ведал проверкой, приемом и увольнением личного состава подразделений, проводил среди его сотрудников агентурную работу. Начальник отдела — ст. лейтенант Бондаревский.
3-й отдел. Проводил пропаганду с целью разложения партизанских отрядов. Начальник отдела — член НТС А. Э. Вюрглер.
4-й отдел — административно-хозяйственный. Занимался снабжением сотрудников штаба и резидентур продовольствием и вещевым довольствием. Начальник отдела — Плотников.
Структура органа неоднократно менялась. Так, в июле 1943 г. был ликвидирован отдел пропаганды, а наименование «3-й отдел» было присвоено административно-хозяйственному отделу. В это же время при контрразведывательном отделе был сформирован осведомительный сектор во главе с бывшим начальником отдела пропаганды Вюрглером.
Всю практическую деятельность «Зондерштаб-Р» проводил через межобластные резидентуры, имевшие наименование «разведывательно-резидентские области». Вся оккупированная советская территория делилась до июля 1943 г. на пять, а позднее на четыре таких области.
Разведывательно-резидентская область А. Штаб дислоцировался в г. Симферополе на Крестьянской ул., д. 1. Ее деятельность охватывала всю территорию Крыма. В Симферополе, Севастополе, Феодосии были районные резидентуры. Начальник — Бобриков Г. Г., майор РОА, затем зам. начальника Вайгельсдорфской разведшколы.
Разведывательно-резидентская область Б. Штаб — в Киеве, затем — в Умани. Охватывала собой среднюю и южную часть Украины. Резидентуры располагались в Киеве (Дарницкий район), Днепропетровске, Черкассах, Полтаве, Виннице, Кировограде, Белой Церкви, Умани, Николаеве, Пирятине, Фастове и Иванкове. Начальник — бывший полковник армии УНР Ребарчук (Рыбачук) Н. М., ранее сотрудник Абвергруппы-205.
Разведывательно-резидентская область Ц. Штаб дислоцировался в Чернигове. Действовал в северных районах Украины и юге Белоруссии. Резидентуры располагались в Бобруйске, Гомеле, Полоцке, Новозыбкове, Клинцах, Лоеве, Калинковичах, Чернигове, Стародубе, Прилуках, Ковеле, Козельце, Овруче, Слуцке и местечке Куликовка. В сентябре—октябре 1943 г. резидентуры в Бобруйске, Полоцке и Слуцке были переданы в состав разведывательно-резидентской области Ц1. Главный резидент — Отрожко (он же Арский).
Разведывательно-резиденстская область Ц1. Действовала на территории Белоруссии. Областной аппарат вначале находился в Могилеве, а с 15 октября 1943 г. — в Минске. Резидентуры были в Орше, Себеже, Могилеве и с осени 1943 г. — в Слуцке, Бобруйске, Жлобине, Полоцке. Главный резидент — Хоментовский А. Ф. до октября 1943 г.
Разведывательно-резидентская область Д. Действовала на территории Прибалтики и в северных областях России. Областной аппарат находился в Пскове, затем в г. Выру (Эстония). Резидентуры — в Нарве, Луге, Порхове, Гдове, Опочке, Острове и Себеже. Главный резидент — Ливотов (он же Леготов А. Н.), подполковник РОА.
Связь руководства разведывательно-резидентской области с резидентурами проходила через курьеров, которые 2 раза в месяц доставляли отчетные материалы. Агентурная сеть состояла из штатных агентов, находившихся на полном ее содержании, разъездных агентов-разведчиков и информаторов по населенным пунктам. Агенты и разведчики состояли на связи у резидентов, а информаторы — у штатных агентов.
Областные и районные резидентуры создавались главным образом в местах наиболее активной деятельности партизанских отрядов и действовали под прикрытием различных хозяйственных организаций — дорожных и строительных отделов, заготконтор и пр.
Через сеть информаторов и разведчиков из местных жителей резидентуры вели работу по выявлению дислокации партизанских отрядов, их руководящего состава, численности, партийной прослойки, наличия работников НКВД, средств связи, районов действий, баз снабжения и вооружения. С целью разложения и склонения партизан к переходу на сторону немцев резидентуры внедряли агентов в состав партизанских отрядов.
Особенно активно действовала под прикрытием военно-строительной конторы межобластная резидентура в Чернигове, возглавляемая бывшим полковником армии УНР П.Дьяченко, и там же областная резидентура во главе с бывшим белым офицером Подоляком (он же Навроцкий Алексей). Резидентура Дьяченко проводила контрразведывательную работу против партизанских соединений Ковпака и Федорова.
Помимо засылки агентуры к партизанам люди Хольмстона-Смысловского занимались созданием собственных лжепартизанских отрядов, примером чему может служить отряд Роздымахи, оперировавший в Брянской области после ее освобождения. В Рипкинском районе Черниговщины аналогичный отряд был создан летом 1943 г. стараниями Дьяченко, результатом чего стала ликвидация советского партизанского отряда и убийство его руководителей.
В белорусском городке Осиповичи действовал под видом рабочего сотрудник «Зондерштаба» (Бобруйская резидентура) Виктор Курцын. Результатом его деятельности стала ликвидация городского подполья в сентябре 1943 г. Уцелевшие подпольщики были вынуждены уйти в лес, свернув свою деятельность в городе.
Агентура подбиралась и вербовалась из бывших членов партии и комсомола, советских активистов, неустойчивых партизан, лиц, ранее репрессированных, женщин, имевших связи с руководящим составом партизанских отрядов. Вербовка производилась под угрозой ареста или отправления на работу в Германию, либо с учетом тяжелого материального положения вербуемого.
Для выявления партизан и их связей использовались также старосты, полицейские, лесники, а также родственники и близкие агенты резидентов.
В контрразведывательной работе резидентуры широко применяли маршрутные поездки агентов в районы действий партизанских отрядов под видом переписи скота, учета беспризорных детей, торговли штучными товарами. Эта агентура добывала сведения путем разработки лиц, связанных с партизанами.
Зондерштаб также проводил работу по выявлению советских разведчиков-парашютистов.
Помимо разведработы и контрразведки велась антисоветская пропаганда на оккупированной территории. Сотрудники отдела пропаганды распространяли агитационную литературу, организовывали собрания и беседы, вербовали военнопленных в ряды РОА.
Штаб работал в тесном контакте с СД и ГФП, отделами 1Ц воинских частей, фельд- и ортско-мендатур, куда передавали добытые материалы для реализации.
Для подготовки квалифицированных агентов при «Зондерштабе-Р» в Варшаве действовали специальные курсы «внутренней разведки». Занятия с курсантами проводились в помещении общежития сотрудников штаба на Хмельной улице, д. 7. Преподавателем курсов бьш бывший полковник РККА Старунин И. А. (он же Зудков или Зуев). Курсантам читали лекции о способах установления дислокации партизанских отрядов, их численности и вооружении, о методах подбора, заброски и внедрения агентуры. Проводились практические занятия по составлению донесений, разработке легенд и заданий. Агенты также изучали топографию, слушали лекции о политическом строе Германии, ее истории.
Председатель Польского отдела НТС А. Э. Вюрглер в 1942–1943 г. возглавлял 3-й отдел «Зондерштаба-Р» и был убит при загадочных обстоятельствах. В начале войны многие солидаристы с помощью «Зондерштаба» получали надежные документы, немецкую униформу и действовали на оккупированной территории СССР, отстраивая свои первичные организации и пытаясь создать «Третью силу» в среде партизанских отрядов. Б. Прянишников пишет, что цели НТС и Смысловского не совпадали, и Вюрглер и другие солидаристы, в противоположность Регенау, пытались направить партизан как против немцев, так и против Советской власти. О тайной деятельности НТС у себя под боком Регенау узнал от собственной агентуры и принял меры. Вюрглер был обвинен в заговоре, а один из руководителей НТС Байдалаков и того хуже — в связях с польским подпольем и английской разведкой. 23 декабря 1943 г. в Варшаве среди белого дня А. Э. Вюрглер был убит двумя выстрелами в затылок. Тайна этого убийства не раскрыта до сих пор.