В конце мая 1769 года Самборский отправился в Санкт-Петербург, где в сентябре был рукоположен сначала в сан дьякона, а затем — священника. В конце того же года он возвратился в Лондон.
Во время своего пребывания в Англии Андрей Афанасьевич завел добрые отношения со многими знаменитыми англичанами, прославившими себя достижениями в различных областях науки и искусства. Так, в самом конце 1778 года он познакомился с Иеремеем Бентамом[13]. 2 января 1779 года английский правовед сообщал своему брату Сэмюэлю: «Я только что провел вечер с Самборским. Мы сошлись друг с другом, как два вора, — он считает себя сильно обязанным тебе»[14].
Несколькими же годами ранее Самборский познакомился с английским эсквайром Артуром Юнгом, прославившимся своими работами по организации и ведению сельского хозяйства[15]. Андрей Афанасьевич серьезно увлекся агрономией. Летом 1775 года он представил Екатерине II записку, в которой предложил отправить из России в Англию для обучения рациональным методам земледелия четырех молодых людей. Императрица согласилась с этим предложением и распорядилась отобрать четверых юношей, способных к агрономической науке, и выделить каждому из них необходимые для обучения в Англии денежные средства. К этой группе, которую Самборский повез летом 1776 года в Лондон, добавили еще двух семинаристов. Андрей Афанасьевич желал, чтобы среди русских священников были люди, способные вести сельское хозяйство на основе последних достижений передовой европейской агрономии. Для помощи им в изучении данной науки Самборский составил специальное учебное пособие. Эта книга будет напечатана в 1781 году под следующим названием: «Описание практического аглинского земледелия, собранное из разных аглинских писателей А. А. Самборским, протоиереем, находящимся при Российском посольстве в Лондоне, изданное под смотрением профессора Семена Десницкого, в Москве, в унив. типографии у Н. Новикова».
В конце 1779 года Самборский снова возвратился в Россию. 7 февраля 1780 года Иеремей Бентам писал брату Сэмюэлю, что «с большим удовлетворением» узнал от Самборского о том, что «императрица собирается учредить в Петербурге комиссию земледелия по проекту, составленному Самборским», и что «он сам должен быть в ней директором». Однако, судя по тому, как события развивались дальше, Екатерина II вскоре отказалась от своего намерения. В августе 1781 года канцлер А. А. Безбородко передал Самборскому, что императрица выразила желание, чтобы Андрей Афанасьевич сопровождал великого князя Павла Петровича с супругой Марией Федоровной в их путешествии по Европе. Самборский вынужден был еще несколько лет провести вдали от своей семьи.
За успешное исполнение возложенной на него миссии Андрей Афанасьевич получил от императрицы в марте 1783 года украшенный бриллиантами крест. Спустя ровно год он был назначен законоучителем и преподавателем английского языка к сыновьям Павла Петровича — великим князьям Александру и Константину. В июле 1784 года Самборский в последний раз отправился в Лондон — на этот раз только для того, чтобы вывезти в Россию свою жену Элизабет и двух дочерей: четырнадцатилетнюю Анну и двенадцатилетнюю Софью. Кроме них у Самборского было двое сыновей: родившийся в 1776 году Александр и 1779 года рождения Исайя, но Александр остался в Англии для продолжения образования, а Исайя умер в 1783 году.
Осенью 1784 года Самборские прибыли в Санкт-Петербург. Андрей Афанасьевич приступил к исполнению своих новых обязанностей. Будучи наставником великих князей, он одновременно отправлял должность настоятеля Софийского собора, заложенного в Царском Селе в 1780 году и открытого в 1788-м.
Среди петербургских священников Самборский выделялся своим вольнодумием, которое проявлялось уже в самой его внешности: он брил бороду, одевался на манер английского священника. Митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский Гавриил пытался увещевать Самборского. «Знаешь ли, что из Киева пишут? — говорил он ему. — Неурожай в хлебе оттого, что ты бороду бреешь, новую ересь заводишь! Брадобрение подает повод к расколам и к возмущениям народным. Что ты умничаешь? Отрасти бороду, или предам и предаю тебя суду Божию».