Обучаясь в семинарии, Михайло одновременно исполнял обязанности пономаря в своей родной деревне, за что получал 6 рублей в год, ровно столько, сколько платила ему казна как семинаристу. Вместе с тем его как обладателя хорошего голоса приняли в архиерейский хор. Кроме того, с 1787 года семинарист Сперанский являлся келейником префекта семинарии игумена Евгения, и эта должность была для него много важнее пономарства. Прислуживая игумену при богослужениях и дома, Михайло имел возможность пользоваться его богатой библиотекой, да и само общение с этим человеком много значило для душевного развития юного семинариста. Внук Т. М. Смирновой — Н. И. Флоринский опубликует в 1874 году в журнале «Душеполезное чтение» статью «Некоторые черты из жизни графа Сперанского», в которой напишет об этом эпизоде его семинарской жизни: «Михаил Михайлович с детства имел любовь к чтению книг, и, когда представился ему удобный случай пользоваться достаточной по тому времени библиотекой префекта Владимирской семинарии — игумена Боголюбовской обители[21], отца Евгения, взявшего гениального юношу к себе в келейники, Сперанский со всем усердием предался любимому своему занятию. По приготовлении классных уроков он посвящал чтению целые вечера. Зная об этом, товарищи Михаила Михайловича, глубоко уважавшие его высокую личность, обращались к нему с усердными просьбами поделиться с ними богатством собираемых сведений… Следствием просьб товарищеских было то, что в курсе, где шел Сперанский, образовались собственные, ученические лекции».
Префект Владимирской семинарии Евгений (в миру Емилиан Романов) был в апреле 1789 года переведен на должность настоятеля Волоколамского Иосифова монастыря в честь Успения Пресвятой Богородицы. В декабре того же года его определят на место архимандрита располагавшегося во Владимирской епархии Цареконстантиновского монастыря. В 1794 году он станет ректором Ярославской духовной семинарии и настоятелем ростовского Борисоглебского монастыря. В 1795 году Евгений займет место архимандрита Новоторжского монастыря во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба. С 1 марта 1798 года он будет исполнять должность ректора Тверской духовной семинарии. 13 января 1800 года его назначат архимандритом Макариева Калязинского монастыря во имя Святой Живоначальной Троицы. 4 марта 1800 года Евгений будет возведен в сан епископа Костромского. Сперанский сохранит общение со своим наставником — в основном, правда, через посредство переписки — вплоть до самой его смерти 9 декабря 1811 года. И будет писать ему о своих душевных состояниях с такой откровенностью, с какой обыкновенно пишут лишь близкому по духу человеку.
К последним годам обучения Сперанского во Владимирской семинарии относятся его первые творческие опыты. К сожалению, пожар, случившийся в Черкутине в 1834 году, уничтожил бумаги, на которых он писал свои отроческие сочинения. От огня уцелели только некоторые обрывки этих бумаг. На одном из них, представляющем собой лист календаря за 1786 год, сохранилась следующая запись, сделанная рукою семинариста Сперанского: «Бежи во Египет. Бог всемогущ и повелевает убегать. Он бы мог избавить; но мы не должны надеяться непосредственно на Бога, зная, что Бог чудес без причины не делает. Человек имеет разум. Если бы Бог непосредственно промышлял о человеке, то чрез сие человек повергнулся бы в праздность, и будучи в праздности и удовольствии позабыл бы Бога».
Летом 1788 года Владимирская семинария была объединена с Суздальской и Переяславской семинариями. Поместили новое учебное заведение в Суздале. Для Михаилы переезд сюда был не только переменой местожительства. Во Владимирской семинарии он обучался в философском классе, в Суздальской же ему предстояло учиться в классе богословия.
Между тем ко времени, о котором идет речь, его духовный интерес совершенно определился: Сперанский увлекся наукой сугубо светской, а именно математикой. Объясняя, почему завлекла его к себе эта отрасль человеческого знания, он говорил: «В прочих науках, особенно в словесных и философских, всегда есть что-нибудь сомнительное, спорное, а математика занимается только достоверными, бесспорными выкладками». Что было делать ему в данной ситуации? Михайло решил обратиться к Самборскому. Летом предшествующего года, когда Андрей Афанасьевич находился вместе со своими учениками великими князьями Александром и Константином Павловичами в Москве, ожидая прибытия из Крыма императрицы Екатерины II, Михайло Сперанский посетил его[22] и имел случай убедиться в благом расположении его высокопреподобия к нему, сыну простого сельского священника.