Крупнейший идеолог средневекового католицизма Фома Аквинский, взвешивавший все выдвигавшиеся тогда варианты о соотношении философии и теологии, науки и религии, отверг как теологический рационализм, так и теорию «двух истин». Он разработал свою концепцию соотношения знания и веры, которая, допуская известные элементы философского размышления в области христианской теологии, имела своей главной целью подчинение научно-философского знания положениям христианского вероучения, объявленным им не противоразумными, а сверхразумными, доступными в своем подавляющем большинстве не человеческому, а божественному разуму.
Концепция Аквината, утвержденная в дальнейшем в качестве официального учения римско-католической церкви по фундаментальнейшему вопросу о соотношении веры и знания, не могла, конечно, положить предел ни развитию теологического рационализма, ни распространению теории «двух истин». Прогресс научного знания, с одной стороны, и социальная обусловленность религии — с другой, способствовали большой популярности теории «двух истин» среди многих передовых философов и ученых эпохи Возрождения. Эти мыслители стремились ко всемерному развитию науки, каковое было возможно только в условиях невмешательства в этот процесс ревнителей церкви, но как идеологи господствовавших классов не хотели посягать на общественные функции религии, остававшейся наиболее универсальной духовной пищей народных масс. Достаточно указать в этой связи на Фрэнсиса Бэкона и Галилео Галилея, двух наиболее значительных представителей теории «двух истин» в рассматриваемом столетии. Эта «теория», главным образом ее вышеупомянутый вариант, подчеркивавший принципиальное разделение предметов философии и теологии, продолжала играть в пек Спинозы весьма положительную («охранительную») роль, способствовавшую прогрессу научного знания.
Но как бы ни хотели передовые философы эпохи не затрагивать традиционных основ религиозности, то есть господствовавших тогда официальных церковных вероисповеданий, сами они в подавляющем своем большинстве не могли рассматривать их догматы и положения в качестве истин, согласующихся с «естественным разумом», с помощью которого было открыто тогда столько действительно научных истин, освещавших не только мир природы, но и человека. Уже многие философы-гуманисты стали противопоставлять историческим религиям, не только христианской, но и мусульманской, и иудейской, некую всеобщую религию, свободную от многих и даже большинства догматов, присущих этим монотеистическим вероисповеданиям, но сохранившую некий минимум важнейших религиозных положений. Этому направлению философско-религиозной мысли, наиболее ярким представителем которой выступил в XVI в. Эразм Роттердамский, было в особенности присуще отождествление религиозности с моральностью.
В конце того же столетия и в особенности в следующем, XVII в. названное направление трансформировалось в могучее деистическое течение. Характерно, что это течение, имевшее многие аспекты (выше мы касались преимущественно естественнонаучных взглядов деистов), началось с французского мыслителя Жана Бодена как направление «естественной религии», содержание которой тогда сводилось прежде всего к морали. Источником ее положений, общих для всех людей, признавался бог. Его другие религиозные функции затушевывались этим направлением. Поскольку же вместе с тем в деистическом движении существовал и естественнонаучный аспект, это влиятельнейшее направление передовой философско-религиозной мысли стало важнейшей формой наступления ее на традиционные монотеистические вероисповедания. Минимализация роли чисто догматического содержания религии, сводимой к моральности, и подчеркивание естественнонаучной закономерности, находящейся лишь в более или менее отдаленной связи с богом, а также насыщение религиозных положений философским содержанием составляют главные признаки деистического направления, которое, по определению Маркса, представляло собой одну из буржуазных разновидностей христианства (см. 2, 89). Оно включало в себя самых различных деятелей. Некоторые из них были преимущественно философами, уделявшими более или менее значительное внимание вопросам интерпретации религии. Такими были, например, английский мыслитель Герберт из Чербери, продолживший идеи Жана Бодена относительно «естественной религии», а также Гоббс, Локк и многие континентальные деисты, у которых философское содержание явно преобладало над религиозным. С точки зрения многочисленных ревнителей господствовавших в Европе христианских вероисповеданий, эти мыслители представлялись «натуралистами», приписывавшими деятельности природы более важную роль, чем деятельности бога. Их же они именовали и атеистами. Термина «материалисты» материализм XVII в. почти не знал.