В правление императора У-цзуна (Ли Янь) развитию шаолиньского боевого искусства был нанесен удар: начались гонения на буддизм. Монахам запретили оставаться в монастыре, они разбрелись по стране и за пищу и кров обучали желающих мирян боевому искусству. Много книг, содержащих опыт поколений шаолиньских мастеров, было утрачено.
Возрождение боевого искусства Шаолиня началось в период династии Юань (1260—1368) благодаря деятельности Цзяо Юаня.
Цзяо происходил из знатной семьи, имел прекрасное образование, изучая боевой искусство в шаолиньском монастыре, добился больших успехов. Развив и обогатив старую систему, он создал новую систему боя из 72 приемов. В соединении этих 72 приемов с опытом Бай Юйфана из Шаньси и методом захватов (циньна) и поражения уязвимых мест (тянь сюэ) Ли Соу были разработаны новые комплексы из 170 приемов. Пять новых комплексов приемов соотносились с пятью животными: драконом, тигром, леопардом, змеей и журавлем. В зависимости от ситуации и физической предрасположенности монах-боец мог применить наивыгоднейшую технику и тактику одного из комплексов.
Монастырь сыграл свою роль в освобождении страны от монголов. Из монастыря на помощь первому императору династии Мин (1368—1644) Чжу Юаньчжану (девиз правления — Хунъу) были направлены шестеро мастеров, которые обучали воинов императора рукопашному бою.
В правление императора Чжу Ди (Юн Лэ) (1402— 1426) монастырю были выделены дополнительные земли и немалая сумма денег, а монах Чжан Во возглавил при дворе тайную полицию.
На эпоху Мин приходится пик развития боевого искусства монастыря. Монастырь посещает генерал Юн Даю и вносит свой вклад в технику владения шестом. Мастера Хуэй Мэи и Хун Хуэй вводят дыхательные упражнения (цигун) и метод использования энергии дыхания (юнци), что значительно повышает эффективность защитных и атакующих действий, способствует восстановлению сил организма. Шаолиньское кулачное искусство, проникая в сопредельные страны, дает начало национальным видам боя: во Вьетнаме — вьеводао, в Корее — квонпоп и хапкидо, на Окинаве — окинаватэ.
В правление императора Хунси влияние Шаолиня на политику двора снижается, Чжан Во казнят. Но в правление императора Ванли (1572—1620) Шаолинь снова заявляет о себе благодаря деятельности двух его питомцев: Чэн Чундоу (1522—1587) и Ци Цзигуана (1512—1587). Первый славился искусством владения алебардой и посохом, второй был не превзойден в фехтовании на мечах. Странствуя по Поднебесной, они вызывали на поединок наставников различных школ и неизменно побеждали. Чэн Чундоу отличался высоким ростом и большой физической силой. Ци Цзигуан был худощав, но очень ловок и вынослив.
В 1575 г. Ци Цзнгуан, возглавляя императорскую армию, с отрядом шаолиньских монахов разгромил мятежников в северных провинциях Китая и нанес поражение маньчжурам. А позже руководил борьбой с японскими пиратами у южного побережья.
В 1644 г. войска маньчжуров, разгромив повстанческую армию Ли Цзычэна, заняли Пекин. Минский император покончил с собой, и малолетний сын правителя маньчжуров Абахая был провозглашен первым императором новой династии Цинь.
Монастырь заявил о своем нейтралитете к новой династии, но тайно принимал противников Цинь и помогал подготавливать бойцов в повстанческо-освободительных отрядах. Обучение в монастыре длилось 10—15 лет, после чего сдавался трудный экзамен, введенный Фу Юем, включающий бой с вооруженными и безоружными противниками и прохождение коридора, оборудованного 18 автоматами-манекенами (последнее оспаривается некоторыми специалистами). После сдачи экзамена на предплечьях выпускника выжигались изображения дракона и тигра.
В 1723 г., в правление императора Канси, маньчжуры захватили и сожгли монастырь. По преданию, при его защите погибло 128 монахов, а уцелевшие пять человек разошлись по Китаю и основали новые школы боевого искусства.
Позже монастырь отстроили заново при императоре Цяньлуне (1735—1795), и он уже не принимал никакого участия в освободительном движении.
Вторично Шаолинь был сожжен в 1928 г. генералом Ши Юсанем. Но боевые традиции монастыря не были утеряны. Некоторые монахи участвовали в боях против милитаристской Японии и были отмечены званиями и наградами. Самый известный из них, Юн Ян, вступил в Компартию Китам и достиг должности командующего Гуанчжоуским военным округом при Мао Цзедуне.