На стенах можно было разобрать какие-то надписи, которые, как легко догадаться, главным образом и заинтересовали ученых. Из надписей явствовало, что мавзолей предназначался в основном для язычников, и лишь в некоторых из гробниц покоился прах христиан. Стало быть, правоверных хоронили здесь еще на заре христианства, и задолго до того, как Константин велел выстроить на этом месте храм. Выходит, некоторые христиане сами выбрали это языческое кладбище в качестве своего последнего пристанища, предпочтя его пещерам, где покоились одни только их собратья. Но для этого нужна была очень серьезная причина: может быть, часть правоверных хотела обрести вечный покой рядом с мощами святого, к которому были устремлены все их помыслы — рядом с Первоверховным Апостолом, рядом с Петром.
Ученые определили время сооружения мавзолеев и склепов в этой части кладбища и узнали их историю. По мере приближения к огороженному пространству, число захоронений возрастало, а в непосредственной близости могилы обступали его сплошным кольцом. Еще до 161 года, когда на престол взошел Марк Аврелий, как явствует из надписей на камнях, вокруг таинственной могилы было возведено дополнительное ограждение — «красная стена» высотой 2,5 м, толщиной 60 см и длиной 7 м. Таким образом, она ограждала прямоугольник площадью более 20 м2.
Очевидно, что «красная стена» в свою очередь была укреплена контрфорсом длиной 85 и толщиной 55 см. Поскольку стена эта была испещрена христианскими надписями, археологи окрестили ее «стеной знаков».
Кроме того, в «красной стене» были обнаружены 3 ниши. Одна из них находилась под землей и была выложена из известнякового туфа. Другая была выбита прямо над ней, на уровне земли, и накрыта сверху большой известняковой плитой, задний конец которой уходил глубоко в стену, а передний держался на двух изящных мраморных столбиках. Однако на этом поиски не закончились, ученые пошли еще дальше — в конце концов они установили, что эта конструкция и есть те самые «трофеи святого Петра», о которых в конце II столетия упоминал священник Гай — иными словами, гробница Первоверховного Апостола.
На языческом кладбище были обнаружены христианские могилы. Дело в том, что в III веке Святой Киприан предавал анафеме христиан, которые, проявляя слабость духа, погребали своих покойников рядом с язычниками. Однако, несмотря ни на что, верные Христу римляне предпочитали хоронить усопших не в «христианских» пещерах, а на языческом кладбище в Ватикане. Значит, у них была на это какая-то причина? Быть может, причина эта как раз и заключалась в том, что именно здесь, на языческом кладбище, покоились мощи Петра?
Более того: на «красной стене», рядом с нишами, ученые обнаружили и расшифровали надпись, в которой упоминалось имя «Петр», написанное по-гречески. Однако по поводу смысла следующего слова мнения специалистов разошлись. Ж. Каркопино, к примеру, расшифровал эту надпись так: «Петр исчез. Петра здесь нет!» А Хоси истолковал ее вот как: «Здравься, Петр!».
Тем не менее, 16 января 1952 года отец Ферруа заявил, что в одном из мавзолеев возле «огороженного места», он видел изображения двух голов, аляповато нарисованных углем одна над другой. Рядом с головами его преподобие обнаружил частично стершееся латинское слово «ПЕТРУ», имевшее явное отношение к Петру. И тут возникает вопрос: хорошо, допустим, что гробницу святого Петра все-таки нашли, но куда, в таком случае, делись его мощи?
Вот что говорит об «огороженном месте» отец Ферруа: «Мы обследовали его вдоль и поперек и установили, что это и есть гробница Святого Петра. Но, к сожалению, она оказалась пустой!» Но некоторые ученые вспомнили о трех нишах в «красной стене».
Один специалист по истории католицизма отмечал, что в одной из ниш были найдены человеческие останки без черепа, и уже первая медицинская экспертиза показала, что это — кости одного человека, притом преклонного возраста… В отчете об останках упоминается лишь вскользь, к нему приложен их фотоснимок. Тем не менее, о том, кому могли принадлежать эти останки из главной могилы, в отчете не говорится ни слова. Разумеется, любой научный анализ требует крайней осторожности в суждениях, но в упомянутом отчете его нет и в помине, а это уже никуда не годится! По мнению этого ученого, останки, найденные под «красной стеной», принадлежат именно могиле святого Петра, и они никогда ее не покидали. Внимание Ж. Каркопино привлекло углубление в «стене знаков», перпендикулярной «красной стене». Он говорит, что эта ниша, аккуратно облицованная мраморной плиткой, уходила довольно глубоко в стену. Там, внутри, были найдены человеческие кости: судя по тому, что их спрятали в столь падежное место, они являлись реликвиями, а раз эти реликвии замуровали под собором святого Петра, значит, они могли принадлежать только святому Петру и никому другому.