Следующий шаг в развитии методологии делает французский мыслитель Р.Декарт: сформулировав проблему познания как проблему отношения субъекта и объекта, он впервые ставит вопрос о специфичности мышления, его несводимости к простому и непосредственному отражению реальности; тем самым было положено начало специальному и систематическому обсуждению процесса познания, т. е. вопроса о том, как достижимо истинное знание — на каких интеллектуальных основаниях и с помощью каких методов рассуждения. Методология в то время начала выступать как философское обоснование процесса познания. Другая линия специализации методологии связана с английским эмпиризмом, прежде всего с учениями Джона Локка (выдвинувшего сенсуалистическую теорию познания) и Д. Юма (обосновавшего эмпиризм путём критики теоретического знания с позиций скептицизма): здесь получили свою философскую опору усиленные поиски методов опытной науки.
Вплоть до немецкого философа И.Канта, проблемы методологии тесно переплетались с теорией познания. Кант впервые обосновал особый статус методологического знания, проведя различие между конститутивными и регулятивными принципами познания, т. е. между объективным содержанием знания и формой, при помощи которой оно организуется в систему. Этим было положено начало анализу познания как специфической деятельности со своими особыми формами внутренней организации. Эту линию продолжил И.Фихте, философия которого была попыткой построить универсальную теорию деятельности, а своей вершины в идеалистической философии она достигла в системе Г.Гегеля, по существу представляющей собой методологию рационализированной деятельности абсолютного духа и производной от неё (по Гегелю) деятельности человеческого познания. Объективно важнейший результат, полученный немецким классическим идеализмом в изучении проблем методологии, состоял в подчёркивании роли диалектики как всеобщего метода познания и духовной деятельности вообще.
Именно этот результат был удержан и коренным образом переработан на материалистической основе в марксистско-ленинской философии атеизма. Вся последующая история трансформации содержания понятий методология и диалектика показала, что вне связи человека с Богом (вне диалога человека в добром настроении с Богом) обе системы философских знаний несостоятельны.
Учитывая, что логик (алгоритмов, путей познания) много, каждой вере, каждому вероучению (также как и каждому научному знанию) соответствует своя логика, свой путь познания. Зачастую, как это принято в крупных религиозных учениях, методология, как способ познания жизни заменяется на логику частной веры (либо науки, либо идеологии), которая искусно имитирует для толпы, «элиты» и большей части служителей культа веры — методологию. Логика частной веры входит в культуру общества, становясь для людей основой формирования их мировоззрения. А методология познания жизни и истины остаётся уделом узкого клана знахарства, который поддерживает в толпе и «элите» логику социального поведения и логику мышления (культуру мышления), соответствующие логике частной веры — на основе доминирующего в обществе мировоззрения.
Таким образом логика частной веры (взамен методологии познания жизни) становится эффективным средством управления толпой и «элитой» и средством поддержки толпо-«элитаризма»; то есть логика частной веры это средство третьего приоритета обобщённых средств управления, относящаяся не к методологии (1-й приоритет), а к социальым технологиям.
Толпо-«элитаризм» — всегда основа для рабовладения, будь эта форма в условиях рабовладельческого общества (открытая форма рабовладении), либо под прикрытием современных форм «демократии» (скрытая форма рабовладения). В ходе глобального исторического процесса менялись лишь формы рабовладения, суть которого оставалась неизменной: эксплуатация невежества толпы в вопросах методологии познания жизни с помощью «элиты», которой знахарство предоставляет необходимые для эксплуатации толпы «преимущества» в управленческих знаниях.