Ни мальтийцы под командованием Гонзаги, ни флорентийцы под командованием Марко Центурионе не успели прийти вовремя, чтобы принять участие в экспедиции. Пять мальтийцев, однако, присоединились к объединенному флоту в Малаге и вышли с ним оттуда 23 июля, имея целью нападение на Пеньон-де-Велес-де-ла-Гомера, что на африканском побережье. Санчо де Лейва, вернувшийся из плена в Турции и снова принявший командование неаполитанскими галерами, отвечал за весь флот, пока Мендоса был болен. Он высадил четыре тысячи человек, но обнаружил, что мавры были начеку, и почти сразу отступил. 2 августа он вернулся в Малагу. Четырем флорентийцам повезло меньше. Одна из галер была захвачена алжирцами в районе устья Эбро, а остальные, которым нужно было отвезти сына герцога обратно в Ливорно, не осмеливались покинуть Барселону до октября, когда смогли обеспечить себе мальтийский эскорт. Тем временем Тургут компенсировал неудачу в Оране активностью на итальянском побережье. Он даже проник в Адриатику до Анконы, где столкнулся с венецианцами и лишился нескольких маленьких судов.
Нападение на Пеньон-де-Велес-де-ла-Гомера в 1563 году было неудачным, однако повторение в 1564 году в более крупном масштабе оказалось успешным. Гарсия де Толедо, назначенный генерал-капитаном средиземноморского флота – до этого должность занимал Андреа Дориа, – покинул Малагу в конце августа, имея в своем распоряжении почти сто галер и несколько парусников, – корабли собирали из всех портов от Мальты до Лиссабона. После короткого обстрела с суши и моря островная крепость Пеньон была взята, и с тех пор ее защищал испанский гарнизон.
Мальтийские галеры приняли активное участие в этом мероприятии, но это не было их единственным делом. До соединения с объединенным флотом они осуществили несколько захватов, один из которых оказался чрезвычайно важным. 14 июля пять галер ордена под командованием нового генерала Пьетро Гиу с двумя галерами великого магистра под командованием Матюрена Ромегаса покинули Мальту и направились на северо-восток. Возле Занте они встретили и захватили крупный турецкий корабль, шедший в Венецию. Он был хорошо вооружен и упорно сопротивлялся, так что потери обеих сторон были немаленькими. Новость о захвате была послана Тургуту, который немедленно покинул Триполи, имея при себе 17 галер, в надежде отобрать приз. Однако Ромегас 3 июля привел корабль на Мальту, так и не встретив противника. Гиу с пятью галерами прибыл в Мессину, где получил приказ направляться в Барселону и присоединиться там к объединенному флоту. По пути он захватил у южного побережья Сардинии алжирскую галеру, обнаружив, что это бывшая флорентийская «Пизана», взятая в плен в конце предыдущего года недалеко от Ливорно8.
Сразу после взятия Пеньона мальтийские галеры повернули домой. До Гибралтара им сопутствовал попутный ветер, после чего они медленно прошли вдоль испанского берега до Марселя, где на некоторое время задержались, чтобы выказать уважение королю Франции. В конце ноября они двинулись дальше и 8 февраля 1565 года, после восьмимесячного отсутствия, пришли на Мальту. Пока они отсутствовали, Ромегас повел две свои галеры и четыре небольших корабля в Левант, сделав попытку внезапно напасть на турецкую крепость Мальвазия (Монемвасия), что в Морее. Потеряв три из своих небольших кораблей во время шторма в районе Цериготто (Антикитира), он привел остальные корабли к Мальвазии, но не смог преодолеть скалы и вернулся назад. На Мальте он снова был в начале октября.
Единственным результатом этой экспедиции стало укрепление решимости султана сокрушить рыцарей-госпитальеров раз и навсегда. Они изрядно беспокоили его уже много лет и теперь, по мнению султана, стали представлять собой реальную опасность. Кроме того, оккупация Мальты стала бы важным шагом к дальнейшим операциям против Испании и одновременно затруднила бы испанцам охрану своих позиций, разбросанных по африканскому побережью.
Приготовления к зимней экспедиции шли без перерыва и в Константинополе, и в других турецких портах. Пиали-паша, победитель при Джербе, снова был назначен командующим флотом, а Мустафа-паша, ветеран венгерских войн, стал командующим армией. Тургут, правитель Триполи, должен был иметь голос в советах обоих лидеров. 22 марта 1565 года флот вышел из Константинополя. Некоторые галеры достигли Модона уже в начале апреля, но только в начале мая весь флот – галеры и парусники – после захода на Негропонт и в Навплий (Нафплион) для погрузки войск наконец собрался в Наварине.