Он состоял примерно из 140 галер, 20 гребных судов меньшего размера, 20 махонов9 и парусников. Численность армии составляла 30 тысяч человек. Армада вышла из Наварина в ночь с 12 на 13 мая и 18 мая подошла к Мальте.
Понятно, что новости о турецких приготовлениях распространились по всему Средиземноморью, и хотя их цель не была точно известна, предполагалось, что турки планируют захватить Мальту. Поскольку такое действо было эквивалентно прямому удару по Испании, собственные интересы, помимо обязанностей покровителя рыцарей, потребовали, чтобы Филипп II сделал все от него зависящее, чтобы поддержать орден.
Концентрация флота и армии из Испании и Италии была всегда длительным процессом, и Испании всегда требовалась длительная помощь, чтобы материализоваться, даже когда необходимость была острой. Но первые шаги к сотрудничеству были достаточно уверенными. Гарсия де Толедо, теперь совмещавший две должности – генерал-капитана средиземноморского флота и вице-короля Сицилии, в начале апреля 1565 года лично прибыл на Мальту и привел 27 галер. Он осмотрел фортификационные сооружения и обещал отправить подкрепление и запасы с Сицилии. В обмен на это он попросил, чтобы галеры ордена были добавлены к его флоту. Оставив своего сына с отрядом из 800 человек на острове в качестве первого «транша», он отправился в Голетту, укрепил гарнизон города и вернулся в Мессину ждать сбора испанских сил.
Представляется сомнительным, что великий магистр когда-либо намеревался лишить себя флота галер. В любом случае он настоял на его сохранении, и неожиданно раннее появление противника помешало обеим сторонам сделки ее выполнить. До этого мальтийские галеры, большой галеон ордена и разные другие суда использовались для доставки продовольствия и амуниции. Рыцари призвали в строй и новые войска с Сицилии и материка. Галеры под командованием П. де Гиу вернулись из последнего рейса 8 мая, а галеон даже позже. В то же время Хуан де Кардона, генерал сицилийских галер, доставил последнее подкрепление из 400 человек на двух галерах и до возвращения на Сицилию обследовал мальтийские гавани, имея в виду будущую высадку.
Турки намеревались сначала высадиться в Марсашлокке, большой гавани на юго-восточной оконечности острова, но были вынуждены отказаться от этого намерения из-за сильного восточного ветра. Поэтому они направились в бухту Муджарро, что на западном побережье, где бросили якоря. После наступления темноты, когда ветер стих, 35 галер вернулись к восточной оконечности острова и высадили около трех тысяч человек в бухте Святого Томаса, что между Марсашлокком и Большой бухтой. Попыток помешать высадке не было, и к вечеру 20-го вся турецкая армия уже была на берегу.
В это время города Валетты, который стоит на косе, выдающейся в море в северо-восточном направлении между Большой бухтой и Карантинной гаванью, еще не было. Он был основан в следующем году великим магистром Жаном де ла Валеттом, героем осады. Штаб-квартира рыцарей находилась в Борго (Биргу), городе, построенном после прибытия рыцарей на остров, на одном из двух выступов, которые вдаются в Большую бухту с северо-востока. Борго был укреплен с сухопутной стороны, а его морскую сторону защищал форт Сайт-Анджел о. Другой выступ, так называемый остров Сенглея, также был защищен линией фортификационных сооружений с южной и западной стороны. Гавань располагалась между двумя этими выдающимися в море выступами и была закрыта тяжелой цепью, протянутой от замка Сант-Анджело до мыса Сенглея. В дополнение к этим фортификационным сооружениям существовал еще форт Сент-Элмо – там, где сегодня находится Валетта. Небольшие гарнизоны были оставлены в Нотабиле (Читавеккья), старой столице в центре острова, и на острове Гозо. Для защиты этих позиций было выделено около шести тысяч человек.
Понятно, что, учитывая многократное превосходство турецкого флота, мальтийские военно-морские силы не могли ничего сделать. Галеры появились в устье Большой бухты, когда проходили турки, но после этого они могли только найти надежное убежище под прикрытием фортификационных сооружений. Одна галера находилась в море, и еще одна была послана в ночь с 23 на 24 мая к вице-королю Сицилии, чтобы проинформировать его о создавшемся положении и попросить помощи. Пять оставшихся галер были заведены под стены форта Сант-Анджело и покинуты. Галеон также подтянули к берегу и, насколько это было возможно, защитили от огня.