После победы Альморавидов при Заллаке натиск испанских христиан был приостановлен, но реконкиста продолжалась. В 1118 году Сарагоса была отвоевана Арагоном, затем пала власть мусульман в Лиссабоне (1147 г.), Аларкосе (1195 г.) и других городах северо-запада.
В XII веке местные андалусские феодалы, которые лишь формально были подчинены власти североафриканских правителей, воспользовавшись недовольством населения против все усиливавшегося налогового бремени, восстали против Альморавидов, В Альгарве, Кордове, Мурсии и Валенсии были созданы независимые андалусские государства, о появлением которых начался второй кратковременный период власти удельных эмиров. Они платили дань королю Кастилии, но не оставляли надежды на создание крепкой центральной власти мусульман в Андалусии. Когда в Северной Африке восстали под руководством Ибн Тумарта берберы — Альмохады («аль-муваххидуна» — «защитники единобожия»), один из андалусских эмиров, правитель Бадахоса, призвал их на помощь. В 1150 году власть Альмохадов признали эмиры Южной Андалусии, Португалии и Эстремадуры. К 1172 году Альмохады овладели всей территорией Андалусии.
Новые правители продолжали вести войны с Леоном и Кастилией и в 1195 году одержали победу при Аларкосе. Но ничто уже не могло сдержать натиска испанских государств. XIII век — высшая точка реконкисты, и с 1212 года, когда Альмохады потерпели сокрушительное поражение в битве при Лас-Навас-де-Толоса, власть мусульман в Андалусии все больше стала клониться к закату. В 1236 году кастильские войска захватили Кордову, в 1229—1235 годы Балеарские острова — центр мусульманского флота — окончательно отошли к Арагону, а в 1238 году Арагон присоединил и Валенсию. С 1248 по 1262 год мусульмане потеряли почти все свои земли с городами Аликанте, Мурсия, Кадис, Севилья, Хаэн и другие.
Многочисленные посольства в Магриб и панические призывы к мусульманам всего мира остаются без ответа, так как XIII век — время татаро-монгольского нашествия, падения великих держав Ближнего и Среднего Востока и Средней Азии, Андалусцам оставалось лишь слагать горестные стихи об утрате своих «твердынь», подобных Валенсии и Севилье, и бежать в Магриб, где до сих пор их потомки с гордостью вспоминают великолепие родины своих предков и хранят ключи от их домов.
Под властью мусульман в Испании остался лишь Гранадский эмират, куда, кроме Гранады, входили города Малага и Альмерия. Эмиры из рода Бану-ль-Ахмар, или, как их называют иначе, Бану Наср, правили здесь более двухсот лет — с 1231 по 1492 год. Основателем этой династии был эмир Абу Абдаллах Мухаммад I аль-Галиб — «Победитель», при котором была заложена знаменитая Альхамбра, расширенная затем наиболее прославленным эмиром династии Насридов Абу-ль-Хаджаджем Юсуфом I (1332—1355). Последним эмиром Гранады и последним мусульманским правителем в Испании был Абу Абдаллах Мухаммад XII, или Боабдил (сокращенная форма имени Абу Абдаллах). Боабдил покинул Гранаду после победоносного наступления Фердинанда и Изабеллы Католических в 1492 году.
Восемьсот лет просуществовали в Андалусии арабское государство и мусульманская цивилизация, и это не прошло бесследно. Переплетение исторических судеб народов привело к тому, что в средневековой Андалусии на основе различных национальных традиций была создана самобытная и своеобразная культура. Местное население Испании не забывало собственных обычаев и традиций, даже вплотную соприкоснувшись с арабо-мусульманской культурой.
В течение многих веков Андалусия играла роль передатчика культуры, связующего звена между арабо-мусульманским регионом и Европой. Этому способствовало причудливое смешение языков и наречий в Андалусии. Языком книжной культуры здесь был литературный арабский язык, доступный лишь образованным людям. Как второй литературный язык в Испании продолжал существовать латинский. Очень часто латынью владели и мусульмане местного происхождения.
Параллельно арабскому литературному языку и латыни существовали бытовые разговорные языки — андалусский диалект арабского языка и «романсе» — предок нынешнего испанского языка с его говорами и диалектами. Многие жители Андалусии, особенно крестьяне, не знали даже разговорного арабского диалекта, и когда кто-нибудь из них приезжал в город по торговым или судебным делам, то нуждался в толмаче. Кроме этого, в Андалусии был распространен также берберский язык.