Как ни критиковали моралисты и мистики нравы новых школ и новые методы образования, именно отсюда, а не из монастырей, выходило все большее число церковных руководителей — будущих епископов и кардиналов. Так, папа Александр III некогда был блестящим преподавателем права в Болонье. При нем церковь попыталась навести порядок в хаосе школ. III Латеранский собор 1179 г. постановил, чтобы в каждом диоцезе выделялись церковные доходы на содержание преподавателей, дабы те не брали платы с учеников. Клирикам рекомендовалось не гнаться за науками, сулящими земную выгоду: за римским правом, медициной. Право на преподавание — лицензию — нужно было выдавать лишь достойным, подвергать их экзамену, и ни в коем случае не брать за это денег.
В городах школяры были чужаками, а к таким людям в те времена относились с подозрением (часто обоснованным), заступиться за них было некому. Между ними и горожанами случались стычки и споры. В 1158 г. император Фридрих Барбаросса взял студентов под свою защиту, даровав им право судиться особым, церковным судом. В 1200 г. такую же грамоту король Филипп II Август выдал парижским магистрам и студентам. Но в первую очередь им приходилось рассчитывать на себя, на силу солидарности.
Для взаимопомощи студенты и магистры создавали союзы, связанные клятвой. Им удалось вскоре добиться независимости не только от городских властей, но и освободиться от контроля епископов, от имени которых выдавались лицензии. Теперь они подчинялись только римскому папе или (реже) императору. Корпорация магистров и студентов судила своих членов, решала вопросы преподавания, следила за правильностью выдачи лицензий. Такие корпорации назывались «университетами». Собственно университетами первоначально назывались также союзы горожан, союзы ремесленников и прочие, но термин этот сохранился впоследствии лишь за объединением магистров и студентов.
Грозным оружием в руках университетов была сецессия: в случае конфликта с местными властями студенты и магистры покидали этот город и переселялись в более благоприятные места. Потеря университета ощутимо подрывала престиж властей и наносила значительный экономический ущерб. После конфликтов в Болонье студенты основывали университеты по соседству — в Виченце, Ареццо, Падуе, Верчелли. В 1229 г. парижские королевские чиновники после драки студентов с горожанами поддержали последних. Университет в полном составе покинул Париж: кто-то уехал в Оксфорд, кто-то в Анжер, Орлеан, Тулузу. В 1231 г. при посредничестве папы Григория IX университет торжественно «вернулся» в Париж, получив полное подтверждение своих прав и вольностей.
Подобно крупным феодалам и вольным городам, университеты добились определенных свобод и привилегий (право забастовки — сецессии, право своего суда, свободу от налогов и др.) и столь же упорно готовы были их защищать. Если первые университеты в Болонье, Париже, Монпелье, Оксфорде возникли сами собой (поэтому никто не может назвать дату их образования), то начиная с XIII в. университеты основывали папство, а позже — короли, князья, города, наделяя их правами и уставами по готовым образцам, чаще всего — по парижскому. На пустом месте, конечно, университеты создать было трудно — они приживались там, где ранее были какие-то образовательные центры. Но далеко не все прославленные школы XII столетия стали университетами — пришли в упадок школы в Салерно и Толедо, так и остались соборными школы в Реймсе, Лане, Шартре. От школ XII в. университеты отличались своей жесткой структурой, корпоративным устройством. Они образовывали единую систему, их статуты при всех различиях все же походили друг на друга. В определенной последовательности изучались одни и те же предметы, присваивались одни и те же степени. Официальное название университетов — "всеобщие школы" (studium generale) означало, что степени, выдаваемые там, признавались во всем христианском мире. Они, кстати, назывались: "право преподавать повсюду". Были случаи, когда один университет отказывался признавать степени, полученные в другом университете. Но в принципе универсальность степеней гарантировалась папством и теми властями, кто выдавал привилегии университетам. К концу средних веков вся Европа была охвачена сетью университетов (их было уже около восьмидесяти).
Начальное образование было разнообразным — кого-то учили дома, кто-то учился в школе при церкви или в городской частной школе, существовали подготовительные, «грамматические» школы и при университетах. Затем в возрасте примерно от двенадцати до пятнадцати лет подросток становился студентом, давал присягу на верность университету, записывался в книгу ректора, в матрикулы — списки членов корпорации. Возраст поступления в университет не оговаривался, следовало лишь отучиться в нем не менее положенного срока. Поэтому рядом с совсем «зелеными» юнцами можно было встретить седобородого студента-старожила. В южных университетах, специализировавшихся на преподавании права, студентами были люди вполне зрелые, поэтому в Болонье ядро корпорации составлял союз студентов, в то время как в Париже (и во всех университетах "парижской модели") студенты искусств не имели права голоса на ассамблеях университета.
Имматрикуляция (то есть принятие в члены университетской корпорации, в студенты) обставлялась торжественно. Иногда студенты устраивали новичку неофициальное посвящение. «Желторотому», как их называли, цепляли рога и зеленые ветки, потом срывали их, награждая тумаками. Это должно было означать разрыв с прежней дикой «сельской» жизнью и превращение в "цивилизованное существо" — студента.
Студент приписывался к определенной «нации» — землячеству. Именно «нация» оказывала ему необходимую помощь, защищала его права. Сначала студент поступал на факультет свободных искусств. Здесь он должен был провести от пяти до семи лет. Как правило, нигде все "семь искусств" в равной мере не изучались. Основной упор делался на изучение риторики, чтобы уметь составлять письма и акты. И, конечно, главное внимание уделялось диалектике — с ней знакомились по книгам Аристотеля. Типичный образовательный процесс представлял собой лекцию: преподаватель читал книгу, лежащую в основе курса, затем давал комментарии. После обеда устраивались так называемые экстраординарные лекции. Они доверялись начинающим преподавателям, которые повторяли пройденное либо рассматривали какой-нибудь частный вопрос. Не реже раза в неделю устраивались ординарные диспуты — ученики спорили друг с другом и с преподавателем. Они учились формулировать тезисы, подбирать аргументы, опровергать. В предпраздничные дни устраивались диспуты экстраординарные — между учениками разных магистров или между самими магистрами, посвященные каким-то особо важным злободневным вопросам. На них собиралась многочисленная публика: приходили горожане, знатные особы. Самым ярким впечатлением были кводлибеты — "диспуты о чем угодно". Диспутант (часто это был какой-нибудь заезжий магистр), демонстрируя свое искусство, брался отвечать на любой вопрос без подготовки, что требовало крепкой памяти (нужно было приводить ссылки на авторитеты), находчивости, красноречия. Существовал особый кодекс диспута, как на турнире рыцарей. Запрещалось, например, обвинять оппонента в "заблуждениях в вере", т. е. в ереси. Университет гарантировал полную безопасность во время диспута.
Прослушав определенное число курсов и приняв участие в нескольких диспутах, студент допускался до экзаменов на следующую степень. Специальная комиссия задавала ему вопросы (экзамен порой длился целый день). Затем устраивались пробные уроки: оценивалось умение быть преподавателем. Студент становился бакалавром, продолжая слушать лекции, но имея право читать экстраординарные курсы. Бакалавр становился лиценциатом, а затем — магистром искусств. Это давало ему право преподавать самому или же поступать на высшие факультеты медицины, права, теологии. Там также становились бакалаврами, лиценциатами и докторами. Для того чтобы стать доктором теологии, нужно было затратить лет пятнадцать. Обучение на факультете медицины и права занимало пять-семь лет. Но из всех когда-либо поступивших на факультет искусств студентов степени магистра достигали не более трети. На высшие факультеты поступало меньшинство из них, а шапочку доктора получали и вовсе единицы. Как правило, студенты довольствовались начальными степенями: они давали возможность устроиться секретарем к какому-нибудь феодалу или прелату, стать стряпчим в суде. Получение степени, особенно на высших факультетах, было процедурой разорительной: надо было покупать мантию, шапочку, украшать зал, устраивать банкет для докторов факультета.