Бодуэн из Фландрии был избран императором. Согласно договору, патриархом мог стать только венецианец, и пятнадцать латинских епископов избрали Тома Моросини. Они постановили, что в будущем только венецианцы смогут занимать синекуры каноников Св. Софии. Иннокентий III с трудом согласился принять эти совершенно чуждые для канонического права нововведения, но объединение церквей считалось угодным Богу, и в январе 1405 г. он признал нового латинского патриарха. Это оказалось последним успешным делом престарелого дожа Дандоло, которое имело место в июне и которое завершилось основанием не нового Рима, а второй Венеции. Многочисленная венецианская община Константинополя (купцы, моряки, воины-крестоносцы) не хотели оставаться без предводителя и выбрали Марино Зено, взявшего титул подеста (dominator) и властителя ¼ и ⅛ части Римской империи. Как восприняла Венеция этот жест независимости? Новоизбранный венецианский дож Пьетро Зиани отреагировал немедленно, и каждый новый подестат должен был принести клятву верности дожу и венецианской Коммуне. Титул dominator упразднили. Венеция сумела навязать свои законы флоту и колониям.
Соглашения, заключенные в марте 1204 г., предусматривали следующее: венецианцы возвращали себе все привилегии и владения, которыми обладали ранее на всей территории империи. С тех лиц, которым дож жаловал вотчины, брали клятву верности. Раздел земель (particio tenrarum) завершился в середине сентября, венецианцы присвоили земли в столице (⅜), во Фракии, в континентальной Греции (на западном побережье, возле Ионического моря, от Албании до Морей) и островные территории (Ионические острова, две крайние точки Эвбеи). Кроме этих территорий Дандоло добился включения в свои владения Крита. Венецианцы желали обладать прибрежными и островными территориями, чтобы контролировать торговые пути при выходе из Адриатики к Средиземному морю. Оставалось лишь завоевать эти земли, а это оказалось трудным делом. Экспедиционные отряды, завладевшие Дураццо, Корфу, Короном и Модоном, представлявшими собой морские гавани, заняли островные территории и отступились от Террафермы.
Крит доставлял еще больше трудностей. Там властвовала византийская аристократия (архонты). С 1206 г. остров стал опорным пунктом генуэзских пиратов. Венецианцам потребовалось пять лет на овладение всем островом. Джакомо Тьеполо, ставшему герцогом Крита в 1209 г., приходилось подавлять греческие бунты вплоть до 1219 г., когда венецианцы решили предоставить местной аристократии должности в правительстве острова. В Эгейском архипелаге завоевание территорий было делом прибывших из Константинополя венецианских авантюристов, чей образ воплощал Марко Занудо, племянник дожа Дандоло. Впрочем, эти авантюристы всегда согласовывали свои действия с Коммуной и императором. Занудо на свои средства построил галерный флот и овладел Наксосом, гнездом генуэзских пиратов, затем вернулся в Венецию, где представил новому дожу план завоевания островов и получил его одобрение. В 1206 г. Занудо, принимавший участие во взятии Корфу, вернулся в Константинополь. Там ему удалось завербовать несколько венецианских нобилей, принявших участие в завоевании островов. На исходе 1207 г. Занудо занял Наксос, Парос, Мило и Санторин, Марино; Дандоло овладел Андросом; братья Гизи разделили между собой Киклады и Спорады. Все эти лица практически не зависели от своей малой родины, поскольку они стали хозяевами островов, являвшихся вотчиной императора, а не Венеции. Два венецианских нобиля — Марко Веньере и Джакомо Виаро отправились с Крита, чтобы занять Сериго (Цитеру) и Сериготто. Наконец, в 1224 г. венецианцы, совершавшие пиратские набеги в Эгейском море, были казнены. Коммуна, склонная ограничивать действия венецианцев, не одобряла личные инициативы, в особенности, если они сводились к бандитизму.
Договоры оставались для Венеции одним из основных средств действия. Венеция отказывалась от территорий, предоставленных ей при разделе, чтобы не связываться с проблемами управления на континенте. Но в 1209 г. она заключила с завоевателями договоры, в которых признавался суверенитет Венеции и торговые концессии. Такие же трактаты Венеция заключала с деспотом Эпира (столица — Арта), с графом Орсини, владевшим тремя ионическими островами — Кефалонией, Итакой и Закинтосом, с князем Ахейи (или Морей), Виллардуэном, племянником летописца Крестового похода, поклявшимся получить от дожа весь Пелопоннес в качестве вотчины, и, наконец, с «третейцами» Эвбеи, названными так потому, что ее предводители прежде получали во владение по третьей части острова от Бонифаче де Монферра. Дож теперь становился сюзереном всех сеньоров, как греческих, так и латинских, и правителем территории Греции, расположенной на полуострове и на крупных островов. Дож собирал дань со своих вассалов, а венецианцы могли торговать повсюду, они сами и их имущество были надежно защищены. Они организовывали свои колонии по принципу метрополий. Расположенные в Константинополе советы и учреждения назывались так же, как и в Венеции. Венецианский подеста был членом правительства Латинской империи. Он заключал договоры, действие которых распространялось на подвластной ему территории и был своего рода вице-императором.