Вторая война между венецианцами и генуэзцами (1293–1299) проходила одновременно в восточных и адриатических водах. Генуэзский флот прибыл из Перы, генуэзского квартала Константинополя. В 1294 г. он разгромил венецианский флот, разграбил Лимасол на Кипре и Лайю в Малой Армении. Двумя годами позже венецианцы атаковали Перу и две генуэзских колонии — Кафу и Фокею. Генуэзцы сожгли венецианский квартал и вырезали его население. После этого генуэзский флот вновь разгромил венецианцев в водах Курсолы у далматинского берега. В этом конфликте не было ни победителей, ни побежденных. Был заключен Миланский договор (25 мая 1299 г.), согласно которому Венеция дала обещание не осуществлять интервенций против Генуи ни на Тирренском, ни на Адриатическом море, что давало Генуе возможность свободно действовать на западе и сводить счеты с Пизой. На востоке Венеция была изолирована от Византии, располагавшейся на генуэзских берегах после венецианской атаки против Перы.
Третья война разразилась после событий в Крыму, где латины столкнулись с силами татарского хана Джанибека, изгнавшего их из Таны в 1343 г. и конфисковавшего все их имущество перед осадой хорошо укрепленной и героически сопротивлявшейся Кафы. Генуя и Венеция пытались каждая по отдельности вести переговоры с ханом, разрешившим венецианцам вернуться в Тану. Генуэзцы посчитали, что их предали. В 1350 г., после эпидемии чумы, опустошившей Европу, разразилась война за проливы. На этот раз Венеция имела союзника — Византию, где она попыталась восстановить государство, помогая императорам. Основным театром военных операций было Эгейское море, где генуэзцы взяли штурмом Хиос и Фокею, затем сожгли Негрепоне. Вскоре конфликт распространился на все Средиземноморье, поскольку венецианцы нашли союзника на западе — Каталонию, оспаривавшую у Генуи право владения Сардинией. Генуэзцы вступили в альянс с Венгрией, враждебно относившейся к Венеции и желавшей овладеть Далмацией. Морские операции разворачивались в Эгейском море, где венецианская эскадра во главе с Николо Пизани потопила себя в водах Негрепонте, чтобы не сдаться Раганино Дориа. Посредничество Висконти побудило воевавшие стороны подписать новый Миланский договор (1 июня 1355 г.).
Война на море велась с большим размахом, но она не привела к разрешению каких-либо противоречий.
Война послужила на пользу османам, внимательно следившим за распрями между итальянскими республиками. Под неусыпным оком генуэзцев турки освободили проливы и ступили на европейский берег, откуда наблюдали за Византией. Именно в Византии зародилась четвертая война. Тогда император Иоанн V Палеолог, искавший союзника, способного отразить османскую экспансию, обещал венецианцам уступить им остров Тенедос, с которого можно было контролировать передвижение всех судов при входе в пролив Дарданеллы. В связи с этим Генуя стала укреплять свои отношения с турками, создавая таким образом противовес сближению венецианцев с греками. Генуэзцы не смогли изгнать венецианцев из Тенедоса, который защищал моряк Антонио Веньере. Испытывая затруднения в Пере, генуэзцы развязали новую войну в Адриатике и овладели Кьодджей с помощью венгерских и падуанских контингентов. Но это не привело к каким-либо позитивным результатам, поскольку прибывший с Ближнего Востока венецианский флот под командованием Карло Зено взял штурмом генуэзский гарнизон. Во время этой осады впервые в истории Италии были использованы пороховые снаряды для пушек. Генуэзцы сдались, и переговоры под председательством Амедея Савойского закончились Туринским миром (8 августа 1381 г.). Мирный договор не дал никаких положительных результатов. Лишь Венеция, испытывавшая усиливавшуюся турецкую экспансию, усилила оборону залива, Адриатики и подступов к ней. Венеция заняла Кафу и Бугринто (1386) для того, чтобы закрыть канал Отранте, купила Ноплию, Аргос и Монембасию (Мальвуази), находившиеся на берегу Пелопоннеса (1388 г. и 1394 г.), Дураццо и Скутари в Албании (1392), затем Антивари и Дульчиньо (1406), Лепанте и Патрас, а также распространила свое влияние на Негрепонте, в Тиносе и Миконосе и осуществляла контроль за греческими деспотами — Афинами и Мореей. Кроме того, она установила настоящий протекторат над Кефалонией и Сайте (1395) и, наконец, над Салониками (1423). В то время, когда Венеция строила линию оборонительных сооружений (в следующем веке это позволило считать ее защитником христианства от османских захватчиков), ослабевшая Генуя приняла протекторат Висконти, а затем протекторат Бусико и французов. В начале XV в. Генуя довольствовалась нападениями на венецианские суда, заполненные сокровищами. Пиратство и морской разбой (каперство) не так сильно различались между собой, как это обычно принято считать. И то и другое было оружием слабых, равно как и вооруженные походы христиан против иноверцев. Венецианцы умели добывать богатства. Государство поручало важные миссии командующим своих флотов. Хорошо вооруженные суда курсировали по водам Тирренского, Ионического, Эгейского морей, преследуя генуэзских корсаров. Эта скрытая война длилась на протяжении первой половины столетия.