Сильная, чувственная, смелая женщина, бросившая вызов косности мрачной средневековой эпохи и могущественной католической церкви стала притягательной фигурой для литераторов и романтиков от истории. Особое же звучание легенда о женщине на престоле Св. Петра получила в эпоху Реформации. Некоторые противники католической церкви использовали ее как часть своей антипапистской пропаганды и делали это вплоть до конца XIX века. Однако один из видных авторов-кальвинистов, Давид Блондель, в середине XVII века отрицал достоверность этой легенды, посвятив ей отдельный труд «Тщательное освещение вопроса: Как женщина могла занять папский трон в Риме». За это он, кстати, был строго осужден единоверцами.
С XVI века стали отрицать возможность пребывания Иоанны на папском престоле и католические историки: кардинал Бароний, Панвинио, Авентинус и др. Заклеймили историю о женщине-папе как выдумку и немецкий философ Вильгельм Лейбниц, и французские энциклопедисты. Большинство историков перестало воспринимать сказку о папессе после фундаментального исследования, проведенного в середине XIX века немецким ученым фон Дёллингером.
Интерес представляют рассуждения Стендаля на тему папессы. В своих дневниковых записках «Прогулки по Риму» 26 июня 1828 года он поместил беседу с высокопоставленным римским священником об истории с папессой Иоанной. Стендаль замечает, что «многие современные авторы рассказывают, что после Льва IV в 853 году престол Св. Петра заняла некая женщина, немка по происхождению, которая преемником своим имела Бенедикта III». Высказывая собственное суждение, Стендаль пишет: «То, что существование папессы Иоанны маловероятно, еще не является доводом против него… Существование папессы Иоанны доказывается выдержкой из хроник древнего Кентерберийского монастыря (в Англии)… В хронике (которой я сам не видал) в списке римских пап сразу же после 853 года находятся следующие слова: «В это время скончался Лев IV, годы которого, однако, считаются вплоть до Бенедикта III, потому что в это время папой сделана была женщина».
А после 855 года: «Иоанн. Он не считается, так как это была женщина».
Кентерберийский монастырь поддерживал частые и тесные сношения с Римом; кроме того, доказано с достаточной степенью точности, что выписанные мною строки были занесены в список в ту самую эпоху, когда была составлена хроника».
Обосновывая мысль о достоверности пребывания на папском престоле женщины и опровергая тех, кто считает эту историю маловероятной, Стендаль замечает: «В продолжение IX и X веков Рим волновала борьба партий и беспорядок был полный. Но папы были нисколько не хуже, чем современные им государи. Агапит II был избран папой, когда ему еще не было восемнадцати лет от роду (946). Бенедикт IX вступил на престол в десятилетнем возрасте, а Иоанн XII – в семнадцатилетнем. Сам кардинал Бароний, официальный историк римской курии, признает это. Ведь нет большой разницы между лицом восемнадцатилетнего юноши и лицом какой-нибудь женщины с характером решительным и смелым, какой нужно было иметь для того, чтобы добиваться папского престола. В наши дни, несмотря на неизбежную в военной жизни интимность, многие женщины, переодевшись солдатами, заслужили крестик Почетного легиона, и к тому же в эпоху Наполеона».
В 1866 году греческий писатель-сатирик Эммануил Роидис снова пробудил интерес к этому сюжету, написав роман «Женщина-папа». Он не сомневался в том, что эта женщина существовала в действительности, хотя сам писал, что своей задачей видел не подробное описание ее жизни, а отображение нравов эпохи. Уже 4 апреля 1866 года синод греческой православной церкви издал специальную энциклику о «Женщине-папе», в которой обвинил автора «в нечестивом высмеивании догматов, таинств священных обрядов, нравов и обычаев православной церкви, в оскорблении добрых нравов непристойнейшими описаниями и рассказами». На этом основании синод отлучил от церкви этот роман и предал его анафеме как антихристианский и безнравственный. Впрочем, книга все равно приобрела популярность. Она же, вероятно, является и первоисточником целого ряда современных легенд о жизни папессы, которые кочуют из издания в издание. Вероятно, греческий писатель и не подозревал, что выдуманные им подробности, которые он перемешал с фантазиями средневековых летописцев, перестанут от них отличаться.