Папа Адриан скончался в то время, когда рушились его мечты о папском суверенитете. Об избрании его преемника Льва III (795–816) Карл Великий был извещен посольством. Лев столкнулся с ожесточенной оппозицией в лице провизантийски настроенных римских аристократов. В 799 году на него было совершено нападение, папу избили до крови. Спасая собственную жизнь, Лев III бежал к Карлу. Король использовал ситуацию в своих интересах.
К этому времени он был самым могущественных монархом в Европе. Возникла идея о возрождении Западной Римской империи. Возложить же на себя императорскую корону можно было только в Вечном городе. В канун Рождества 800 года в Риме была совершена торжественная церемония, в ходе которой Карл Великий получил из рук спасенного им Льва III императорский титул.
С тех пор как папа возложил корону императора на голову Карла Великого, произошло переплетение папских и императорских учреждений. В результате слияния клира с феодальным господствующим классом религиозные и политические дела оказались неразрывно связаны. Император считал папу одним из своих вассалов. Папа, в свою очередь, основываясь на праве, в соответствии с которым только он может короновать императора, претендовал на сюзеренное верховенство над императором. Верх брала то одна, то другая стороны. Наиболее острый характер эта борьба приобрела позже – во второй половине X–XII веков.
После смерти Карла Великого франкская держава начала быстро распадаться. Наступала эпоха феодальной раздробленности. Это сказалось и на отношениях между франкскими монархами и папством. Уже при первом преемнике Карла – Людовике Благочестивом – имперская власть оказалась зависимой от могущественных франкских епископов. Избранный папой Стефан IV (816–817) был возведен на папский престол без утверждения императором. Последовавший за ним Пасхалий I (817–824) также не обратился к императору за утверждением. Более того, в 817 году между Людовиком Благочестивым и папой было достигнуто соглашение, по которому император не только подтвердил статус Папского государства, но и отказался от юрисдикции, осуществлявшейся над ним Карлом, а также от вмешательства в выборы пап.
Впрочем, император Лотарь I восстановил положение, существовавшее при Карле Великом, возобновив имперский суверенитет над папским престолом. Папа Евгений II (824–827) вынужден был признать преимущественные права императора при избрании папы и в церковном государстве. Но после Лотаря в империи наступила анархия. Центральная власть стала формальной, фактическая власть перешла в руки крупных землевладельцев-епископов и графов, которые полученные от императора бенефиции (вассальные владения) сделали наследственными. Верденский мир 843 года официально разделил империю на три части. Но ослабление императора не сделало пап сильными независимыми правителями. Наоборот, отсутствие надежной опоры и защиты в лице «всеевропейского» монарха сделало понтификов игрушкой в руках местных феодалов. Тем более, что отсутствие наследственной передачи папского престола делало невозможной создание династии, которая имела бы какие-то законные права на корону. Претендентов могло быть очень много.
Став независимыми князьями, бывшие франкские маркграфы (правители пограничных областей империи, образованных во множестве Карлом I) Фриули, Сполето, Тосканы, лангобардские герцоги бросились делить между собой территорию бывшего лангобардского королевства – то есть Италии. В Южной Италии лангобардские герцогства Беневенто и Салерно воевали за еще существовавшие византийские территории (Калабрию, Апулию, Неаполь). В 827 году в Сицилии появились новые завоеватели, арабы (сарацины), представлявшие все более серьезную опасность для всего полуострова. В центре полуострова находилось Папское государство, которое попало под власть римских аристократических семей, восстановивших сенат и звание патриция. Между этими семьями, естественно, велась кровопролитная борьба за утверждение на папском престоле своих ставленников.
Для баронов папа был лишь самым богатым, сильным и крупным феодалом. В их интересах было подорвать могущество понтифика и заодно увеличить за его счет собственное состояние. Смерть каждого папы вызывала раздоры в среде родственников и приближенных. Папа избирался не всеми соперничавшими между собою баронами Папского государства, а лишь небольшой группой феодалов собственно Римской области, которые пренебрегали установленным в свое время правилом о том, что право голоса имеют только представители духовенства. Избранный становился одновременно главой римской церкви и светским правителем Папского государства. Так, дело утверждения христианства и руководство церковью во всей Западной Европе передавалось в руки зачастую совершенно случайных представителей знати очень небольшой области на юге Европы, которые иногда имели лишь косвенное отношение к собственно церковным делам, плохо разбирались в богословии и вовсе не собирались руководствоваться нормами христианской морали. Многие подданные понтифика в Папской области считали себя подданными императора, отдельные области вели самостоятельную внешнюю и внутреннюю политику.