Главным вопросом Константинопольского собора явилась ересь Македония, который, развивая арианство, доказывал сотворение Св. Духа. Осудив македонианство и другие ереси, собор подтвердил Никейский символ веры об Отце и Сыне, добавив к нему часть о Св. Духе, равном и единосущном Отцу и Сыну. Также устанавливалось старшинство константинопольского епископа над другими епископами, «так как Константинополь есть новый Рим».
Если ранее императоры, даже поддержав одно направление, все же проявляли относительную терпимость к другим течениям, то Феодосий занял принципиально иную позицию. Избрав никео-константинопольскую формулу как единственно правильную, он утвердил ее законом, наложив полный запрет на другие религиозные направления в христианстве и на язычество. Однако на практике Феодосий вполне терпимо относился к арианству готов-федератов и позволял отдельным язычникам занимать высокие посты. Языческого ритора и философа Фемистия он назначил на пост префекта города и доверил ему воспитание своего сына Аркадия.
В начале 90-х годов IV в. усилилось соперничество между Западной и Восточной империями. В 392 г. полководец Арбогаст возвел на западный престол сторонника язычества Евгения (392–394), пытавшегося возобновить политику Юлиана Отступника. В кровавой гражданской войне победу одержал Феодосий и вновь на короткое время объединил Римскую империю. Но Феодосий перед смертью разделил ее между своими сыновьями. Запад достался одиннадцатилетнему Гонорию, Восток — восемнадцатилетнему Аркадию.
Окончательный раздел Римской империи
395-й год считается годом окончательного разделения Римской империи, хотя официально сохранялась видимость единого государства и императорские указы издавались от имени обоих августов. Опекуном Гонория Феодосий оставил вандала Стилихона, опекуном Аркадия был назначен галл Руфин. Отношения между обоими правительствами сразу приняли враждебный характер. Стилихон стремился присоединить к Западной империи всю префектуру Иллирик, не довольствуясь западной его частью. Руфин был убит по приказу магистра армии Востока гота Гайны (возможно, по наущению Стилихона). Бразды гражданского правления на Востоке достались Евтропию, препозиту священной опочивальни (евнуху, ведовавшему личными покоями императора).
Один из вестготских вождей, Аларих, после смерти Феодосия поднял мятеж. Он без помехи грабил Балканский полуостров, доходя до Пелопонеса. Византийская дипломатия сумела направить Алариха против Западной Римской империи и выдворить готов из пределов Византии. Удалось остановить и продвижение гуннов. Однако создать боеспособную армию и освободиться от необходимости пополнения ее варварами Византии еще долго не удавалось. В 403 г. разразилось восстание исавров, живших в горах на юге Малой Азии и мало поддававшихся воздействию греческой культуры. Восстание удалось подавить с большим трудом. Впоследствии исавры стали набираться на службу в византийскую армию, и исаврийская клановая знать начала оказывать влияние на политическую жизнь империи.
В 405 г. пост префекта претория Востока занял представитель служилой аристократии Анфимий, связанный с языческой интеллигенцией. Он стоял во главе гражданского управления империей, продолжая удерживать его и после смерти императора Аркадия (в 408 г.), когда императорский трон перешел к его семилетнему сыну Феодосию II. Анфимий проводил политику умиротворения.
С Сасанидским Ираном поддерживались дружественные отношения, в чем были крайне заинтересованы торговые круги Константинополя и Сирии. Император Аркадий даже обратился к шаху Иездигерду I с просьбой быть опекуном своего сына Феодосия. В то же время была построена флотилия на Дунае, где имперские войска не появлялись после смерти Валента уже сорок лет, и была положена преграда гуннским набегам. В 413 г. Константинополь укрепили со стороны суши новыми стенами. Анфимий широко расширил пределы городской территории. В новую стену была включена Триумфальная арка Феодосия I, которая составила парадные ворота города, получившие название Золотых. Новые стены являлись вершиной военно-инженерного искусства и на долгие века превратили Константинополь в неприступную крепость.