Потерпев поражение в Москве казахские горе-историки 14–16 июля 1948 г. устроили обсуждение книги Бекмаханова в Институте истории, археологии и этнографии Академии наук Казахской ССР в Алма-Ате. С обвинениями против Бекмаханова выступили Т. Шойинбаев, Х. Г. Айдарова, М. Б. Ахинжанов, С. Е. Толыбеков, А. Нурканов, М. В. Жизневский, Б. Сулейменов (последний сам вскоре был осужден на 25 лет тюрьмы) Эти участники дискуссии в один голос подвергли книгу Бекмаханова обструкции.
Прозвучали обвинения, что «казахские буржуазные националисты пытались использовать борьбу Кенесары с российским царством для восстановления ханской власти в Казахстане; вместо того, чтобы по-большевистски разоблачить буржуазных националистов, Бекмаханов повторил их суждения в том же виде, что и в трудах; превознес руководителя буржуазно-националистической партии „Алаш“ А. Бокейханова»{36}.
О выступлении Бегежана Сулейменова на дискуссии по книге Е. Бекмаханова «Казахстан в 20–40-е годы ХХ века» в Академии наук Казахской ССР в июле 1948 г. «Критический тон Б. Сулейменова становился все неистовее. Он уже более получаса только фактами крыл коллегу. В зале стояла полная тишина. А с трибуны лился словесный поток. Кое-кто уже стал думать, неужели у известного и уважаемого историка накопилось столько желчи, чтобы так бить младшего коллегу». Свое часовое выступление Бегежан Сулейменов заканчивает семью выводами, которых вкратце приводим ниже, сохраняя текст без изменений. «Первое — характер восстания антиколониальный… Второе — восстание, возглавляемое Кенесары Касымовым, является стихийным… Третье — Кенесары Касымов является одним из крупных, весьма талантливых, восприимчивых умов своего времени. Никто не собирался его вычеркивать из истории. Четвертое — автор допускает большие ошибки… представляя восстание казахов под предводительством Кенесары Касымова [как] борьбу против русской экспансии, (за освобождение) от гнета русские… Пятое — автор напрасно считает, что якобы в движении Кенесары участвовали „крепостные крестьяне“… Шестое — никак нельзя согласиться с автором, что якобы Кенесары стремился ликвидировать институт барымты, феодальной раздробленности. Вся история движения полна барымтой, разорением мирных казахских аулов (родов Жаппас, Шекты, Аргын и др.), об этом достаточно приводит фактов сам автор… седьмое — Автор считает, что у Кенесары было государство почти сложившее. В самом деле, у него не было и не могло быть такого государства… Автор напрасно оправдывает агрессивные действия Кенесары против киргизского народа». Бегежан Сулейменов закончил свое выступление со словами: «итак, мы решительно выступаем против бездейственности и извращений истории казахского народа в книге Бекмаханова, которая является с практической стороны не доброжелательной, а в идеологическом отношении — несостоятельной. Мы прямо ставим вопрос автору — хватит ли у него смелости открыто отказаться от своих ошибочных взглядов и признать свои ошибки…»{6}.
Нужно отметить, что среди выступавших были и люди, поддержавшие Бекмаханова.
Казахские коллеги продолжали травить Бекмаханова. 25 декабря 1950 г. в газете «Правда» вышла статья Т. Шойынбаева, Х. Айдаровой и Я. Якунина под заголовком «За марксистско-ленинское освещение вопросов истории Казахстана». Вслед за этим Научный совет Института истории Академии наук СССР 21 февраля 1951 года обсудил статью газеты «Правда» и оценил книгу Ермухана Бекмаханова как: «С политико-теоретической точки зрения вредный, ошибочный труд, написанный с позиции буржуазного национализма».
ЦК Коммунистической партии (большевиков) Казахстана 10 апреля 1951 г. принял постановление по поводу этой статьи и дал указание «о коренном уничтожении вируса национализма».
Е. Бекмаханова исключили из коммунистической партии, а 24 апреля 1951 г. на расширенном заседании научного совета в Высшую аттестационную комиссию было внесено предложение о лишении Ермухана Бекмаханова степени кандидата исторических наук и степени доктора исторических наук.
Получили строгие выговоры, были лишены научных степеней и освобождены от занимаемых должностей Е. Дилмухамедов за труд «Восстание казахов в 1837–1847 годы под предводительством Кенесары Касымова» и А. Жиреншин за труд «Абай и его русские друзья». Именно они во время дискуссии в Алма-Ате защищали труд Ермухана Бекмаханова.
В июне 1951 г. президиум Академии наук Казахской ССР принял постановление «О реализации постановления бюро ЦК КП (б) Казахстана от 10 апреля 1951 года». Высшая аттестационная комиссия 6 октября того же года лишила Ермухана Бекмаханова ученых степеней и званий.