Все это привело к волнениям в Орта жузе, охвативших районы Кокшетау и Улытау. Во главе повстанцев в 1824–1836 гг. стоял, старший брат Кенесары, Саржан Касымов.
Потерпев поражение от царских войск, он откочевал в южные земли Орта жуза, которые в то время были зависимы от Кокандского ханства. Вместе с ним ушли роды Алтай, Тока, Керей, Уак и др. Всего в количестве 40 000 кибиток.
В 1832 г. Саржан вновь начал активные действия против России, что испугало кокандских правителей и в 1836 г. он был убит, будучи приглашенным якобы на переговоры правителем Ташкента.
После смерти брата Кенесары стал во главе антироссийского движения. Его целью было восстановить ханскую власть и казахскую государственность времён своего деда хана Аблая, остановить продвижение русских в глубь степи, разрушить построенные на казахской земле российские крепости и остановить возведение новых.
Готовясь к военным действиям против России, Кенесары предпринял ряд дипломатических шагов, отправив письма императору Николаю I, Оренбургским генерал-губернаторам В. А. Перовскому и В. А. Обручевскому, Сибирскому генерал-губернатору П. Д. Горчакову. Наряду с этим, он проводил боевую подготовку своих отрядов, привлек беглых русских и иностранных мастеров оружейного дела.
В 1837 г. Кенесары захватил караван, шедший из Петропавловска в Ташкент в сопровождении конвоя из 55 казаков, что принесло ему известность. Активные военные действия против Российской империи он начал в 1838 г., осадив с 5-тысячным отрядом Акмолинское укрепление. После его разорения и сожжения повстанцы переместились в район Тургая.
В восстании, кроме родов Орта жуза, приняли участие роды Киши Жуза — шекти, тама, табын, алшын, шомекей, жаппас и др., роды Старшего жуза — шапырашты, уйсуны, дулаты и др.
В 1840 г. отец Кенесары Касым, был убит кокандским ханом и Кенесары начал вести войну на два фронта — на севере с карательными российскими отрядами, на юге — с Кокандским ханством.
В сентябре 1841 г. на собрании казахской родовой знати и султанов Среднего и Младшего жузов с участием отдельных представителей Старшего жуза Кенесары был избран общеказахским ханом, и по традиции был проведен ритуал на белой кошме.
Он восстановил суд биев, разбиравший дела по нормам шариата. Своей налоговой политикой Кенесары закреплял нормы мусульманского права: для скотоводческих районов сохранил зякет (налог, взимавшийся со скотоводов в пользу хана и султана), для земледельческих — ушур (налог, взимавшийся с оседлого населения).
Кенесары, считал казахские жузы своим наследственным достоянием и следуя заветам деда Аблая, проводил жесткую политику в отношении лояльных царским властям родов и аулов. С внутренними врагами казахский хан разбирался, применяя угрозы уничтожения или уговаривая принять его сторону. Как? Выполнить его требование — откочевать от граничащих с имперскими властями округов{29}. С несогласными жестоко расправлялись.
В 1843 г. Кенесары удалось отразить наступление русских войск и казахских конных отрядов во главе с султаном Ахметом Жанториным и Б. Айчуаковым, которые понеся большие потери, были вынуждены были вернуться в Оренбург и Омск. К 1844 г. ему удалось создать боеспособную армию в 20 тысяч бойцов. Армия была дисциплинированна, сарбазы проходили постоянное обучение военному делу, на вооружение были пушки и ружья, наладили производство пороха, делали попытки отливать пушки. Оружие покупали или добывали в бою.
В 1845 г. Кенесары удалось захватить ряд кокандских крепостей: Жанакорган, Жулек и Созак, а в 1846 г. — крепость Мерке.
В то же время, деспотизм Кенесары вызывал возмущение у народа, начавшего открыто выступать против него. В 1844 г. в аулы рода жаппас приехал брат Кенесары султан Наурызбай с отрядом есаулов и начал взыскивать зякет, отбирать имущество и продукты, захватывать женщин и девушек. Жаппасцы выступили с оружием в руках против произвола султана Наурызбая, поощряемого ханом Кенесары, и стали убивать их сподвижников{30}. В ответ, повстанцы Кенесары за одну ночь вырезали более 500 аулов жаппасов. Долгое время после этого представители многочисленного по тем временам рода жаппас пылали ненавистью к Кенесары, ведь в своё время они были его надёжной опорой в войне против России, выступая в авангарде его войск{28}.