Потерпев поражение от Кенесары российское правительство изменило стратегию. В 1845 г. среди кочевий Кенесары были основаны два мощных укрепления: одно на реке Иргиз, другое — на Тургае. Их постройка сильно затруднила положение повстанцев. От Кенесары потребовали не вступать во внешние сношения с государствами и отдельными лицами, которые считались «неприятелями» России. Ему намекнули, что он не имеет права присваивать себе титул хана и что это — прерогатива царя и разрешили кочевать только в небольшой местности под названием Каракуга.
После этого Кенесары принял решение откочевать в Семиречье и попытался найти политическое убежище в Китае. Он отправил туда посольство во главе с султаном Кудайменды, но китайцы ответили отказом, не желая портить отношения с Россией, что было зафиксировано в фондах Исторического архива Омской области: «Посланные возвратились спустя месяц с двумя китайскими чиновниками и одним переводчиком, которые объявили Кенисаре, что он под покровительство Китая принят быть не может»{7}.
Получив отказ от китайцев Кенесары решил подчинить себе кыргызов. Однако, у кыргызов, в отличие от казахов, не было традиции подчинения чингисидам, и они поддерживали дружественные отношения с российскими властями. Они разгромили посланный к ним более чем трехтысячный отряд Кенесары. Часть отряда была уничтожена, часть — вернулась раздетой, без коней и вооружения. В плен попали более, чем 2,5 тыс. человек, за которых кыргызы потребовали выкуп. Выплата выкупа разорила сторонников Кенесары.
После ряда приграничных столкновений, в которых повстанцы Кенесары, по утверждениям кыргызских и некоторых казахских источников, показали особую жестокость (например, «Первые удары Кенесары Хана против Кыргызов начались от рода Мундуз где проживал Дядя Ормон Хана. Кенесары полностью перебил всех жителей, не жалел ни детей, ни женщин и оставил только одного коня и то раненного»{27}. «Кенесары начал жечь их аилы, жестоко убивая всех кыргызов за их отказ помогать ему в войне с Россией. Они тогда стояли перед угрозой полного геноцида. Справедливости ради следует отметить, что точно также Кенесары уничтожал и казахские аулы за неподчинение. Он был далеко не демократ, и время было военное, жестокое»{54}) и череды попыток мирных переговоров в апреле 1847 года Кенесары с 10-тысячным (по другим данным, 20-тысячным) отрядом вторгся в земли кыргызов и попал в окружение. Большая часть повстанцев, договорившись с кыргызами, ушла, оставив Кенесары с тысячью воинов и 500 ружьями. После трех суток боев Кенесары с остатками войска, попал в плен.
Кыргызские манапы на съезде приняли решение казнить Кенесары.
Широко распространено мнение, что Кенесары отрубили голову, которую затем кыргызский манап Ормон передал в подарок генерал-губернатору Западной Сибири Горчакову в знак верноподданности кыргызов Российской империи.
Есть мнение, что голову Кенесары не отрезали. «К ханам было особое отношение. Простой человек не мог убить хана — это мог сделать только хан по традициям того времени. Когда нашли захоронение Джучи, то у него был переломлен хребет. Ханам нельзя было кровь выпускать — они должны были умереть так, чтобы не было крови»{31}.
О казни Кенесары в письме генерал-губернатору Западной Сибири Петру Горчакову манап племени сарыбагыш Джантай Карабеков писал следующее: «…во время же второго его (Кенесары) пришествия три дня держал его в осаде, не давая ему ухода ни в какую сторону. После того прибыл к нам Урман батыр, и тогда по обращении Кенесары в бегство, преследуя его, много истребили из его скопища, и в это время трое родственников из подведомственных мне кыргызов, захватив Кенесары, представили к нам; тогда Кенесары сулил нам выкуп за себя по 60 верблюжьих вьюков разного имущества и сколько угодно червонцев: но мы… не согласились на его предложение и будучи убеждены от обретающихся торговцев, что великое государство, какова есть Россия, конечно, не оставит без вознаграждения за умерщвление лжеца и мятежника Кенесары, и так я, не позволив ему видеть свое лицо, приказал своему родственнику Коджибеку отрубить ему голову, и за эти оказанные мною услуги не воспоследовало мне, как я думаю, достойной награды…. Посылаю к вам почетного моего человека бия Сартая Джантемирова, всегда посылаемого мной во все стороны посланцем вместе с Джамбою Атамбековым, сей последний в числе трех человек подведомственных мне чеченовского (речь идет о кыргызских племенах. — Авт.) рода, Калджой Атимбеком захватили мятежника и хищнего лжеца Кенесары»{8}.