Смерть Керим-хана в 1779 году снова поставила Иран на грань кризиса. Начались феодальные междоусобицы ханов, борьба за власть в стане самих зендов. В разгар этой борьбы из заточения бежал пленник Керим-хана каджарский Ага Мухаммед-хан, который вслед за тем в жестокой борьбе за власть в вотчине каджаров Астрабаде сумел одолеть соперников и провозгласил себя в Тегеране новым шаханшахом Ирана.
Пока на основной территории Ирана шла борьба за наследие Надир-шаха, восточная его часть, как упоминалось, оказалась под властью афганцев.
На протяжении веков территория Афганистана находилась под властью различных государств — Ахеменидского, Бактрийского, Кушанского, Сасанидского. Затем она стала частью халифата, потом принадлежала эмиратам — Газневидскому, Гуридскому. На рубеже XIV и XV веков она вошла в состав державы Тимура, затем была покорена Великими Моголами. Различным по этническому составу было и ее население, причем на протяжении веков одни племена сменяли другие и, в свою очередь, служили основой для последующих этнических напластований. Собственно, афганские (пуштунские) племена начали складываться и расселяться на этой земле в XI–XIV веках, а в XVI–XVII веках их, по некоторым данным, здесь насчитывалось уже около четырехсот, условно объединяемых в четыре большие группы.
В долинах афганцы занимались земледелием, но большинство их были воинственными кочевниками, которых использовали в качестве наемного войска влиятельные правители соседних государств, в частности Ирана и Индии. Именно афганцы наряду с тюрками были основой того войска, с помощью которого завоевали Северную Индию на рубеже XII и XIII веков военачальники Гуридов, объявившие себя затем султанами в Дели. Афганцы же были немалой частью войска Бабура, завоевавшего Индию в начале XVI века и основавшего династию Великих Моголов. Неприхотливые и воинственные, они считались хорошими солдатами — неслучайно их охотно брали в свои войска и иранские шаханшахи.
Патриархально-племенная внутренняя структура афганцев способствовала формированию у них, особенно под влиянием внешних контактов, протогосударственных образований во главе с вождями-ханами. Это наиболее отчетливо прослеживается на примере таких племен, как абдали и гильзаи, где должность вождя-хана уже в XVII–XVIII веках передавалась по наследству, тогда как в других племенах в то время она была выборной. Важной частью структуры были племенные советы старейшин, которые служили для решения всех внутренних дел племени, включая подлежавшие суду споры. Большую роль в жизни афганских племен играло мусульманское духовенство, особенно наследственные группы «святых людей» из числа потомков пророка сейидов, имевших немалые привилегии, включая особое право на земли (нечто вроде вакуфов). Все остальные земли обычно подлежали спорадическим переделам.
Первые собственно афганские ханства на племенной основе стали играть заметную политическую роль с XVI–XVII веков — Хаттакское близ Пешавара, Гератское, Гильзайское со столицей в Кандагаре. С середины XVII века племена абдали (Герат) и гильзаев (Кандагар) оказались под властью сефевидского Ирана. Афганские воинственные племена во главе с их ханами сыграли заметную роль в междоусобных войнах в Иране в начале XVHI века, когда гильзаи во главе с Мир Вайсом не только провозгласили Кандагар центром независимого государства, но и двинулись на Иран, где сын Мир Вайса Мир Махмуд вступил в Исфахан и провозгласил себя в 1722 году шаханшахом. Вплоть до 1729 года, когда Надир восстановил на троне Сефевидов шаха Тахмаспа II, афганские предводители, сменяя друг друга в междоусобных схватках, находились в Исфахане. За это время независимости добились и абдали, создавшие свое государство в Герате, которое, впрочем, пало под ударом Надира в том же 1729 году. А в 1738 году Надир занял и Кандагар, включив в конечном счете весь Афганистан в свою державу.
С распадом империи после смерти Надир-шаха вождь племени абдали Ахмад-хан, руководивший военным отрядом афганцев в войске шаха, прибыл в Кандагар и на состоявшейся в 1747 году джирге был избран шахом Афганистана. Племя абдали, переименованное в дуррани («жемчужное»), заняло в новом государстве ключевые позиции. Государство Дуррани, как оно стало теперь именоваться, за годы правления Ахмад-шаха (1747–1773) сильно расширило свои владения, присоединив Кашмир, Синд, Белуджистан, Хорасан, Балх и некоторые другие территории, налог с которых в основном и пополнял казну. Престиж власти и влияние личности шаха в регионе были велики. На протяжении ряда лет Ахмад вел довольно успешные войны с Индией. А когда армия китайского императора Цяньлуна захватила Восточный Туркестан, все местное центральноазиатское и среднеазиатское мусульманское население строило свои расчеты на освобождение от власти Китая именно на вмешательстве Ахмад-шаха. И хотя Ахмад, вначале действительно предполагавший вмешаться, позже отказался от этого намерения и даже послал посольство в Пекин, сам упомянутый факт весьма показателен.
После смерти Ахмад-шаха Дурранийская держава стала слабеть и понемногу распадаться. Начались племенные смуты и феодальные распри, результатом чего сало появление в начале XIX века на месте бывшего единого государства нескольких ханств (Гератское, Кабульское, Кандагарское, Пешаварское и др.). Правда, вскоре после этого эмир Дост-Мухаммед вновь начал борьбу за объединение Афганистана и после победы в первой англо-афганской войне на рубеже 30 — 40-х годов, казалось, сумел достичь цели. Однако объединение оказалось не слишком прочным: вторая англо-афганская война в 1878–1880 годах остановила движение в этом направлении, и Афганистан, пусть и не сломленный, но раздробленный, на долгие годы оказался под фактическим протекторатом Британской империи. Только в конце XIX века эмиру Абдуррах-ману удалось создать централизованное государство, которое в 1919 году было объявлено Амманулой-ханом независимым.
Провозгласивший себя в 1796 году новым шахом Ирана Ага Мухаммед-хан был беспощадным тираном, стремившимся восстановить единство Ирана в основном методами грубого насилия. Жестокость шаха и общая атмосфера подозрительности даже в среде его ближайшего окружения сыграли, видимо, немалую роль в том, что уже летом 1797 года шах был убит в результате заговора придворных. Началась борьба за власть, из которой победителем вышел наследник престола, утвердившийся на каджарском троне в 1801 году под именем Фатх Али-шаха (1801–1834).
Политическая структура каджарского Ирана немногим отличалась от прежней. Возглавляли правительство министры во главе с первым вазиром — садразамом. На местах власть была у правителей областей (их было около тридцати) и нескольких важных провинций (обычно их было четыре), каждая из которых имела свою администрацию. Правителями наиболее значительных провинций и областей назначались влиятельные ханы, в первую очередь сыновья и родственники шаха. Так, во главе Азербайджана традиционно был наследник престола. Определенная сумма налогового сбора с каждой провинции и области должна была поступать в казну шаха, хотя в реальности это происходило не всегда.
Важным отличием шиитского Ирана от суннитских государств было существование в его структуре наряду с шариатским судом, где заправляли в качестве судей-кади шиитские улемы и муджтахиды (законоведы), еще и суда урф, в котором дела вели сами правители областей или их чиновники. Следует заметить также, что в шиитской административной структуре вообще не было предельного слияния религии и политики, характерного для суннитов. Шиитское духовенство, чье влияние всегда было огромным, обычно держалось несколько в стороне от администрации и вмешивалось в ее дела как бы извне, даже несколько сверху, от имени святого скрытого имама Махди, чьего пришествия не уставали ждать шииты и кому, что само собой разумелось, должна была принадлежать подлинная власть в стране (шах в этой системе взглядов — лишь временный заместитель скрытого имама, что не могло не сказываться на сакральной легитимности его статуса).