Весьма плодотворной явилась сама организация работы экспедиции в эти годы, когда раскопки памятников производились на фоне сплошного обследования ирригации и топографии целых оазисов. При этом использовались аэрофотосъемка и современная методика ее дешифровки. С помощью данной методики специальный археолого-топографический отряд экспедиции под руководством Б.В. Андрианова составил подробную карту ирригации Хорезма с нанесением на нее памятников разных эпох. В ходе этой работы были открыты многие ранее неизвестные памятники раннего средневековья, уточнены планы оазисов того времени (Андрианов, 1969, с. 137–140).
В 1953–1964 гг. продолжалось обследование Беркуткалинского и Якке-Парасанского оазисов, были предприняты раскопки более десяти усадеб и за́мков, в том числе самых крупных — Беркуткала и Якке-Парсан (Неразик, 1959, с. 96–127; 1963, с. 3–40).
С 1958 г. сотрудники Каракалпакского филиала АН УзССР занимаются историей низовьев Амударьи, где, согласно арабоязычным авторам, локализуется область Кердер, тесно связанная с Хорезмом. Ее называют Северным Хорезмом, что не вполне точно. Здесь проведены раскопки Токкалы (Гудкова, Ягодин, 1963, с. 249–263; Гудкова, 1964), Курганчи (Ягодин, 1973), Куюккалы (Неразик, Рапопорт, 1959; Ягодин, 1963, с. 9) и Хайванкалы (Ягодин, 1981, с. 78–101). Во время раскопок Токкалы сделаны замечательные открытия памятников раннесредневековой письменности (более 100 хорезмийских надписей на оссуариях, покрытых интереснейшей росписью) (Гудкова, 1964, с. 74–106). Вслед за этим новым успехом были найдены оссуарии с росписью при раскопках обширного некрополя близ Гяуркалы — Миздахкана (Ягодин, Ходжайов, 1970, с. 129–155). В итоге работ в низовьях Амударьи значительно пополнились сведения о направлении культурно-исторических связей населения Хорезма, его календаре, социальной структуре общества, были поставлены интересные проблемы по его этнической истории (Толстов, 1962, с. 244–252; Гудкова, Ягодин, 1963, с. 267; Гудкова, 1964, с. 80–84 и др.).
В 1977 г. началось сплошное археологическое исследование Якке-Парасанского оазиса, на территории которого раскапывались шесть усадеб. Рядом, возле Аязкалы 2, с 1985 по 1990 г. исследовался большой раннесредневековый комплекс построек, где почти целиком вскрыт дворец V (а может быть, и IV)-VI вв. н. э.
Получены важные материалы, касающиеся проблем формирования кушано-афригидской культуры. Особенно большое значение в данном аспекте имеют раскопки городища Топраккала (1965–1969 и 1972–1975 гг.), которое С.П. Толстов считал эталонным памятником для этой культуры. На городище вскрыто около 5000 кв. м многослойной застройки, уточнены общие принципы планировки в IV–V вв., собрана большая коллекция предметов из глины, кости, металла, впервые извлеченных из слоя. Прежде экспедиция располагала только подъемным материалом. Обобщение полученных сведений не только расширило характеристику указанной культуры, но и позволило иначе взглянуть на отдельные ее аспекты. Кроме того, появились первые данные о городе IV–VI вв., а также о культовых постройках того времени, прежде совсем неизвестных.
Вместе с тем сведений о важном и интересном периоде IV–VI вв. пока еще недостаточно. Мало того, нечетко выделяются и его хронологические границы (IV–VI вв.? IV–X вв.?). В последующем тексте мы придерживаемся первой, хотя VI век пока трудно «уловим» в археологии Хорезма. Лишь памятники VII–VIII вв. четко датированы хорезмийскими монетами, встречающимися вместе с согдийскими.
В политическом отношении Хорезм IV–VIII вв. представлял собой, согласно Бируни, государство, где на протяжении указанных столетий правили представители одной династии. В литературе она получила название Афригидской по имени своего первого представителя — Африга, пришедшего к власти в 305 г. н. э. (Бируни, 1957, с. 47, 48). Бируни приводит список имен правителей этой династии, часть из них читается на монетах, найденных в памятниках Хорезма. Однако эти совпадения немногочисленны и относятся главным образом к VIII в. н. э. В целом же многие имена из списка Бируни на монетах еще не выявлены (Гудкова, Лившиц, 1967, с. 10, 11; Livshits, 1968, p. 441–444; Вайнберг, 1977, с. 81, 82), не зафиксировано в нумизматическом материале пока и имя родоначальника династии Африга. Как полагал С.П. Толстов, этому правителю пришлось столкнуться, видимо, с политической децентрализацией в стране, проявившейся в появлении медных монет с разными тамгами (Толстов, 1948а, с. 209). Есть и другое объяснение данного явления: несколько серий монет могут относиться к чекану одного правителя (Вайнберг, 1977, с. 81), однако это маловероятно. На нумизматическом материале могла отразиться и сложная внешнеполитическая ситуация в Средней Азии: имеются в виду хионито-эфталитские войны, а также походы первых Сасанидов — правителей Ирана на Хорезм и возможное завоевание ими этой страны (Henning, 1965, p. 169, 170).