Северные пустыни — Устюрт, Бетпак-Дала, Муюнкум, Прибалхашские пески, или Сары-Ишикотрау. Они характеризуются сравнительно низкими среднемесячными температурами и относительно равномерным распределением осадков в течение года. Общая сумма осадков невелика (в среднем до 200 мм, а в засушливые годы до 100 мм), что препятствует развитию земледелия без орошения. Летняя температура в северных пустынях обычно не превышает +27°, зимой -10° и ниже.
К южным пустыням относятся Каракумы, Кызылкумы, Голодная степь, низменности Западного Тянь-Шаня и высокогорные равнины Памира. Осадки здесь выпадают в основном в зимне-весенний период, с максимумом в марте-апреле. С мая по октябрь осадков либо не бывает вообще, либо количество их ничтожно мало. В это время наблюдаются большая сухость и очень высокая температура воздуха. Зимой среднемесячные температуры обычно не опускаются ниже 0°.
Абсолютный максимум температур достигает +47 °C, абсолютный минимум -23 °C. Среднемесячные температуры резко повышаются в апреле и понижаются в сентябре.
В северных районах низовья Амударьи безморозный период продолжается от 190 дней, на юге (Сурхан-Шербадская долина) — до 200 дней. Обилие тепла и света, получаемых равнинными районами Средней Азии, — важный ресурс для развития сельского хозяйства.
Как уже отмечалось, на равнинной территории Средней Азии выпадает очень мало осадков, в среднем 100–200 мм. Количество осадков в горах значительно возрастает, однако только до определенных высот. Так, в низкогорной и среднегорной областях оно увеличивается до 500–600 мм/год, на некоторых наветренных склонах достигает 1000–1500 мм/год. В высокогорной области количество осадков опять снижается до 200–350 мм/год, а на подветренных склонах еще меньше.
Низкогорные и среднегорные районы обладают более благоприятными агроклиматическими условиями для земледелия.
Своеобразный рельеф, климат и растительность Средней Азии обусловливают пестрый почвенный покров этой территории. Подсчитано, что в пределах Средней Азии почвы пустынных равнин занимают 57 % общей площади, почвы пустынно-степной предгорной полосы — 12 % общей площади, почвы годных районов — 25 % общей площади.
Для пустынных почв характерны малое содержание гумуса, незначительная мощность почвенных горизонтов, большое скопление гипса в нижней части почвенного профиля, засоленность и солонцеватость почв (следствие сухости климата). Серо-бурые почвы преобладают на плато Устюрт, в Кызылкумах и Каракумах. В верхних горизонтах этих почв содержание гумуса лишь 0,3–0,7 %, в нижних горизонтах, на глубине 0,3–0,5 км, оно достигает 40–80 %.
Такыровидные почвы и такыры занимают значительные площади в низовьях Амударьи, Сырдарьи, Мургаба и Теджена. Содержание гумуса в такыровидных почвах колеблется от 0,4 до 1 %, в такырных — от 0,3 до 0,8 %. Значительные площади этих почв засолены.
Песчаные пустынные почвы распространены на древнедельтовых равнинах рек Амударьи, Кашкадарьи, Сурхандарьи и в некоторых районах Каракумов. По сути, это закрепленные пески со слаборазвитым профилем. Содержание гумуса колеблется от 0,3 до 0,6, иногда до 1 %.
Лугово-такырные и такырно-луговые почвы развиты в умеренно влажных понижениях, в местах, где такыры граничат с лугами. В основном они встречаются в низовьях Амударьи в Каракалпакии, в долинах рек Кашкадарьи, Сурхандарьи и в некоторых районах Кызылкумов. Содержание гумуса колеблется от 0,7 до 1,5 и даже до 3 %. Грунтовые воды залегают здесь на глубине 3–5 м. Почвы этого типа местами засолены.
Луговые и болотно-луговые пойменно-аллювиальные почвы распространены по долинам рек. Содержание гумуса в них изменяется от 0,6 до 2 %. На водораздельных участках оно падает до 0,7–0,9 %.
Почвенный покров предгорных и горных районов Средней Азии характеризуется четко выраженной вертикальной зональностью: в районах низкогорий — в основном сероземы, в среднегорьях — коричневые и бурые почвы, в высокогорьях — лугово-степные светло-бурые и пустынные (на Памире). В целом почвы этих районов отличаются большим содержанием гумуса, хорошей структурой и плодородием.
Сероземы в основном распространены на предгорных равнинах, сложенных суглинками. Они протягиваются причудливой полосой у подножия горных систем Средней Азии от Ашхабада до Алма-Аты, отделяя песчаные пустыни, серо-бурые и такырные почвы равнин от собственно горной территории, и образуют особый пояс в предгорной зоне. Содержание гумуса в них колеблется от 1 до 1,5 %.
На речных террасах развиты гидроморфные лугово-сероземные почвы. Они характеризуются повышенным содержанием гумуса (2,5–3 иногда до 4–5 %).