Коричневые горно-лесные и горно-степные почвы обычно располагаются в горах на высотах от 1200–1600 до 2500–3000 м. В среднегорной полосе Северного и Центрального Тянь-Шаня развиты плодородные каштановые и черноземные почвы. В целом почвенные условия Средней Азии благоприятны для развития орошаемого земледелия. Почвы предгорий и горных территорий более плодородны, чем почвы равнин.
Водные ресурсы Средней Азии слагаются из поверхностных и подземных вод. Это крупные и мелкие реки, временные потоки (саи), ручьи. На равнинах речная сеть развита слабо; в горных районах с высотой она становится гуще. Здесь насчитывается 10–12 тыс. рек, которые, сливаясь, питают основные водные артерии. Горные реки отличаются большой скоростью течения, огромным количеством взвешенных и влекомых по дну продуктов эрозии и разрушения горных пород. Многие реки, начинаясь высоко в горах, не доходят до крупных водоемов, иссякая в песках на равнинах. Это реки Зеравшан, Теджен, Мургаб, Сарысу и др. Большинство рек относится к бассейну Аральского моря, часть — к озерам Иссык-Куль и Балхаш, некоторые реки принадлежат к бессточному бассейну р. Тарим.
Основную массу стока дают талые воды снегов (сезонных и «вечных»), а также ледники, дожди, подземные воды. Суммарный сток рек Средней Азии, по некоторым оценкам, изменяется в пределах 136,06-140 км3/год. В том числе по Амударье и Сырдарье 100–110 км3/год. Но большая часть воды Аральского бассейна разбирается на орошение.
Реки Средней Азии по источникам питания и режиму стока можно подразделить на ряд типов.
Самая крупная по водоносности река Средней Азии — Амударья образуется слиянием рек Пянджа и Вахша. В горах Таджикистана эта река имеет притоки только на протяжении первых 176 км, а потом она течет 1270 км по равнине, теряя воду на испарение и фильтрацию. Общий сток с горной области составляет 2500 м3/с.
Режим Амударьи исключительно благоприятен для поливного земледелия, так как период максимального подъема полностью совпадает с периодом вегетации культурной растительности. Начало вегетационного периода относится к марту, в 20-х числах которого начинается первый паводок, называемый в Хорезме «паводок зеленого камыша». Второй паводок («паводок белорыбицы») приходится на середину апреля. Третий проходит в середине мая. Самый продолжительный — четвертый паводок, связанный с таянием ледников в верховьях Вахша. Он начинается во второй половине июня и кончается в начале августа. Расход воды осенью достигает минимума.
Вторая после Амударьи по объему стока, но первая по протяженности река — Сырдарья, впадающая также в Аральское море, образуется слиянием рек Нарына и Карадарьи. Ее длина свыше 2200 км. Почти 300 км река течет по Ферганской долине, принимая большое число притоков, стекающих с гор. После выхода из Ферганы Сырдарья принимает ряд рек (Архангаран, Чирчик, Келес, Арысь). Вместе с Нарыном длина реки до впадения в Арал достигает 2790 км.
Весенний паводок на Сырдарье проходит в марте-апреле, формируясь от таяния снегов в предгорьях. Второй — самый значительный — достигает максимума в июле.
В своем низовье Сырдарья течет по пологому возвышению из собственных наносов, из-за чего даже при небольшом поднятии уровня реки воды переливаются через береговые валы, затопляя обширные пространства. Стихийные разливы реки, особенно значительные в прошлом, происходят как в летнее половодье, так и зимой во время заторов льда.
Наиболее многоводный приток Сырдарьи — р. Чирчик начинается в горах Западного Тянь-Шаня двумя реками — Чаткалом и Аскемом. Чирчик имеет длину 161 км, а средний многолетний расход по выходе из гор 224 м3/с. Он орошает Ташкентский оазис.
В южных горах Тянь-Шаня в зоне ледников начинается р. Зеравшан. Ее длина 877 км. В верховьях река течет почти 300 км по узкому ущелью. Течение воды быстрое и бурное. Ниже Пенджикента река не принимает ни одного притока и заканчивается ниже г. Каракуля в соленом пересыхающем озере Денгизкуль. Когда-то воды реки достигали Амударьи.
Ежегодно Зеравшан несет в среднем 4,5 млн т наносов в виде разнообразных мелких и средних твердых частиц. Мутность воды увеличивается в нижней части, где приходится очищать каналы дважды в год. По своему химическому составу зеравшанская вода лучше вод Амударьи и Сырдарьи. Земли в бассейне р. Зеравшан засоляются гораздо медленнее, чем на Амударье или Сырдарье.
Река Или в бассейне оз. Балхаш имеет длину в пределах Казахстана 802 км. Она протекает по широкой долине и образует при впадении в озеро обширную дельту. Объем среднегодового стока у с. Илийского 464 м3/с. Имеет паводки в мае и июне.