Для раннего средневековья особенно показательна структура Пенджикента, поскольку он возник в V в., тогда как Самарканд, Бухара и другие города во многом сохранили свою древнюю структуру. Укрепленный шахристан Пенджикента отделен от мощной цитадели широкой и глубокой ложбиной. К югу располагался некрополь в виде цепочки мавзолеев-наусов, а с востока и юго-востока город окружали небольшие усадьбы (табл. 13, 1).
Центральносогдийский город второго ранга — нынешнее городище Дурмен (табл. 12, 9), — основанный в период после походов Александра Македонского в 19 км к западу от столичного Самарканда, в первые века н. э. имел с ним общую судьбу. От первоначальной городской территории площадью 27 га отпали северный и западный участки. Раннесредневековый город приобрел прямоугольные очертания и занял площадь уже только 19 га. У подножия новых городских укреплений на северном и западном фасах широкие ложбины (быть может, рвы) уничтожили древнюю городскую застройку. На месте отмерших участков древнего города и за его пределами строятся пригородные усадьбы.
Сходная судьба у городов и крупных поселений Бухарского Согда. Трудно сказать что-либо о самой Бухаре этого времени. Однако отмеченный археологами факт отсутствия оборонительных сооружений на бухарской цитадели в промежуток между концом I тысячелетия до н. э. и IV в. н. э., когда укрепления первых веков до н. э. затягиваются надувным песком, свидетельствует о серьезных изменениях в жизни города.
В Варахшинском оазисе в первые века н. э. происходят большие перемены. На значительных площадях перестают возделываться орошаемые земли, в результате чего начинается наступление песков. Перестают поддерживаться оборонительные сооружения Варахши, и они начинают постепенно разрушаться. Башни крепостных стен используются как жилые помещения. Песок засыпает окрестные поля, ров и подножия городских стен. Пройдет длительное время, прежде чем город экономически окрепнет и в V в. восстановит свою обороноспособность.
Возможно, только с IV в. Варахша обретает черты города. (Существует предположение, что поначалу это была крепость.) Структура города необычна: центр укрепленного подтреугольного пространства занимает высокий холм, в основании имеющий пахсовую платформу и окруженный широким рвом. Пока неизвестно, когда начали застраивать пространство между внутригородским рвом и городской стеной. Около второй половины IV в. вдоль южного фаса сооружается мощная цитадель, включающая за́мок-кешк и прилегающую к его подножию площадку, занятую дворцом бухарских правителей — бухархудатов и дворцовыми службами.
В раннем средневековье с момента, когда вновь активизируется жизнь Варахши (V в. н. э.), в городе постоянно реконструируются и ремонтируются оборонительные сооружения, цитадели, дворцовые здания. Интенсивная строительная деятельность продолжается и в период борьбы согдийцев с арабскими завоевателями и миссионерами новой религии. Сохраняется структура предполагаемой крепости, однако меняется характер застройки. Укрепленный за́мок в центре городища осваивается горожанами, а на южном фасе возле оборонительной стены возводится цитадель.
Город-крепость становится городом-резиденцией бухархудатов. В округе радиусом 1,5–2 км располагались за́мки землевладельцев и возделанные земли, им принадлежавшие.
Историю крупного купеческого города Бухарского Согда — Пайкенда (табл. 12, 1) ученые рассматривают как последовательное развитие от небольшой (1 га) крепости III в. до н. э. до городской цитадели. На следующем этапе роста населенного пункта возле цитадели, прилегая к ней, появляется возвышенная площадка (Мухамеджанов, Мирзаахмедов, Адылов, 1984, с. 83). В V в. Уже развившееся поселение оформляется как город возведением вокруг него крепостной стены (первый шахристан, около 13 га). Рост города, вскоре (в конце V — начале VI в.) стесненного границами оборонительной линии, потребовал расширения укрепленной зоны. Строится новая городская стена. Таким образом, возникает второй шахристан, и город разрастается до 20 га. Схема простая, однако в свое подтверждение требующая дополнительных исследований. Стена, разделявшая оба шахристана, существовала еще в 715 г., когда арабами, как сообщают источники, была взята половина города. Микрорельеф этой части городища и археологические исследования показывают, что к последней трети VIII в. сохранились лишь два отрезка стены, а значительная часть ее была уже разрушена и на ее месте возведены постройки, в числе которых было квадратное здание VI–VII в. со стороной около 15 м, интерпретированное как химическая лаборатория (Мухамеджанов, Мирзаахмедов, Адылов, 1986, с. 210–220).