К этому времени король на заседании Тайного совета приказал лорду Амхерсту взять Лондон под вооруженный контроль. С 8 июня войска стали теснить мятежников, а к 10 июня мятеж был подавлен. В ходе подавления мятежа было убито и скончалось от ран 285 человек, 135 арестовано. Из арестованных 59 были осуждены, при этом 21 был казнен.
Вскоре после подавления мятежа в Лондон пришла весть о том, что после долгой осады англичанами был взят Чарльстон. Историк X. Баттерфилд писал, что эта новость была встречена с ликованием в Англии: «Значение новостей о капитуляции Чарльстона, которые прибыли через несколько дней после подавления бунта Гордона, может быть понято, если учесть те волнения, которые запечатлены в переписке и в газетах в предыдущие недели, когда за рубежом распространялись различные слухи и зловещие сомнения… Казалось, что наступил поворотный пункт в войне». Эта радость была объяснимой: Чарльстон был главным центром американского масонства. Утверждалось, что именно здесь хранились главные реликвии мирового масонства, в том числе череп и пепел гроссмейстера ордена тамплиеров Жака де Молле, считавшегося масонами основателем их организации. Падение Чарльстона наносило удар не только по масонским вождям американской революции, но и по их агентуре за пределами Америки.
Позже было высказано предположение о том, что резкий переход в деятельности лорда Гордона от парламентских выступлений в защиту американцев к попытке захвата власти был вызван тревожными сообщениями из района боевых действий вокруг Чарльстона. Хотя события 2–10 июня показали, что «Союз протестантов» смог парализовать жизнь в столице Британской империи и едва не захватил власть, многое в действиях руководителей «Союза» оказалось непродуманным. Возможно, что они слишком спешили, стремясь сорвать штурм Чарльстона.
В то же время хаос в Лондоне, погромы, грабежи и пожары, разгул уголовников не позволили многим наблюдателям увидеть тщательно продуманную организацию, скрывавшуюся за кажущейся стихийностью бунта. В ходе расследования обстоятельств мятежа Генеральный прокурор Великобритании лорд Мэнсфилд утверждал: «Действия толпы диктовались зловещими планами наших закоренелых врагов… Происшедшие бунты были частью тщательно разработанного плана захвата власти в стране». Многие видные государственные деятели Великобритании были убеждены в том, что за спиной лорда Гордона стояли зарубежные силы. Адвокат Бэтт утверждал: «Я считаю, что в основе всего — действия американского правительства и измена англичан, а религия является лишь предлогом для этого». Судья Л. Бэррингтон писал 12 июня: «Говорят, что в большинстве случаев мятежников было немного. Это — правда, но не вся правда. Самыми активными были парни, подготовленные людьми доктора Франклина для дьявольской практики поджогов».
Тогда многие говорили о ведущей роли посла США во Франции Бенджамина Франклина в организации мятежа Гордона. По свежим следам английская полиция представила разрозненные сведения о присутствии различных американцев в окружении Гордона и в рядах «Союза протестантов».
Так, информация тайного агента полиции от 10 июня гласила: «Господин Джон Темпл, проживающий по улице Полумесяца, последнее время часто навещал лорда Джорджа Гордона. Его друг доктор Оливер Смит сейчас направляет в Голландию значительное количество товаров, предназначающихся для Бостона. Американец Бейл-стон, который был одним из руководителей толпы в Бостоне, уничтожившей чай, сейчас находится в Лондоне. Аукционер в Хеймаркете Джон Гринвуд тоже американец. Ввиду его рвения, способностей, активности и опасных талантов за ним также следует наблюдать. (Историк Р. Блэк отмечал, что в доме Гринвуда часто проходили заседания правления «Союза протестантов». — Авт.) Он пользуется доверием господина Джона Темпла и оратора доктора Смита. Он часто выполняет роль курьера, перевозя письма доктора Франклина каким-то корреспондентам, живущим здесь. Однако имена корреспондентов неизвестны».
Однако все эти отрывочные наблюдения и отдельные суждения тех дней не увенчались разоблачением подлинной подоплеки событий. Секретарь лорда Гордона Роберт Ватсон в своей книге «Жизнь Гордона» писал: «Мало событий в британской истории, которые возбудили бы больше внимания, чем бунты 1780 года, и, возможно, ни одно из них не покрыто таким мраком». Сам Ватсон ничего не сделал для того, чтобы развеять этот мрак. Вероятно, раскрытие тайн могло бы так сильно ударить по авторитету английских правящих кругов, допустивших измену национальных интересов, что власть имущие постарались замять расследование».